DreINT0156551 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000037363 | st5
Description
suppression of tumorigenicity 5 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-2547]
Coordinates
chr7:28202480-28214144:-
Coord C1 exon
chr7:28213996-28214144
Coord A exon
chr7:28202658-28213995
Coord C2 exon
chr7:28202480-28202657
Length
11338 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGA
5' ss Score
7.66
3' ss Seq
CTTTTTCTCTTTCTTTACAGTAC
3' ss Score
11.11
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGATTGAGTTAAGGAGGCCCATGGACTCTAGACTGGAGCACGTGGACTTAGAGAGTCTGTTCAACTGCCTGAGCGTACGACAGGTGGTTCGTGTTTTTGCCTCTCTGCTGCTGGAACGAAGGGTCATCTTCGTGGCTGACAAGCTGAG
Seq A exon
GTGAGACACTCTTGTGTTCGCTCAACTGTGAGTTCTCAAGCGACTGCAGCCTTTGAGCACATGAATATGAACCGTCAAGTGTAGGCAGCATATCATCTCACATAACGCACTCTTCATTCCCATGAGAAACGTCTTGCTTTTTCAGACCAAACATGGTCTGAAACAGTCCTCCCAAAACGGAGCTGTGTTTCTAAGACATGCTGACCACTGTGACAACAGCAGTCTGAGTGTGGCCTAACAGCAGATGTTCTCAATAACCTCTTTCTTCACTGATGTGCGATGTCACTTCCAGTTTTCCGTCTGCTCATTCAGAGCCCATAAAATAACATCTGCTACAAATGAAAGATTTTTATCTTTTTGGGTCACGCTTTTTCTCCTCGTTTTCGTTGTTGTAGTCTTTTTCTTTCAGACCTGTTTATTTCTAATTCTTAAGTTAGAAGCACTGCCATAAGACAGGACAAAGTTTAGGAAAACAAAATTCGGTATTTTTGTCTGTGACCATGGGGATTCTGAATGGAATACCAATCATAGTATTGGTCTGAATGCTCTAGCCAATCTGTCTTTGCTTATCTGGGCAGAAAATAGCTGTTTTCAGGCCCAATTCAGTTGTGTCTGTCAGTGTCCAGCCGGTGCATCTGTTAAATAGCAGCTTTCCACTGCGGTTTTGGGTAAGGGTGACCCAATGGCTGCTCCGTGCAGGCCACTGCTAAATTCATCAGAGAAAGCATATTTGACCACACCCTCTAACACTGGGCTAACCTCCCAGGAGTCCCTGCTGATCTAAATGAAGAAGTGGGTCAGGGCAGAGATGGGCTTTTGGTTGTGTTTGGGATGGTATGATCCCCCGGAGGGTTCATCTCCCCCGCCTCTGAGCCTTCGTGCTTGGTCACGGAAGCTTGTGGCCGGGCACGGGGGGTCATTAGGGAGTAGGTTATTTGTGAAAGCTTAATCTCCACAAATCATCAGCCAGTTTAAACAAACAGCAGCGGGGTATGTGGGGTGGGCAGTTGCTGTGAAGGAAGGAATGCACTTCCTGTGTGACTGACTGCGCGTGTTTCTCTCCTCAAATTGGTGGCGATGTTGTCACAGAGTGACAGATGTACCTTAATTACAAATTTTGCCGTCACTTTTGGATCAGAACAAATCATTTTTGCTGAGTTTTTTACTCTGTTTGTACTTTAAAATGAAATGTCTTCAGTAGAATATTAAATAAATGGTATAACTGAACTTTTTTTTCATTGGTGATTCATAAATAGCAGGTCAATGTCTATCAGCACTTTAATGGTCAAAAAAAGTATATATAGGTGAAGTAAAATCAATGTCAGTGGCTCCTTAGAATACACTGAATACACTCACAGCAAATGGTCCCGAACACGCTCATGACAGTCTGGAGCTCAAGCTTCCTGTTTTTGCACTTGTTAGTTTGAGCACACAGTCTCAACTCTGAACTGGGCCATTGTTTAACAGTCAGAAAAGAAATGAAGGAGAGAGAACAAGAATGACAACAAATGACTTGAGTCAGCAGAAACAAAATAATAGACATGTTGACAAGTGCATTTGTGAGGGGATTCCGTTTTTCAAACCAATCTATTTTAAACAAGTAAGCAGGACATTTTTTTGAAAATTACACTAATAACTATAGGAGAGAAAAAGCACAGACACTGGACAAGGATGAATGTTTTTAGTGAGTGTGTCTTCTTTTGAATGTATATATTTTAAATGTATTAAATTTAAATGTTTATCAAATGTAGTGACCTGTGAAAAGCTTTTTGTTAATGGAGCACTCAATTTTTTTTCAGAAATAGGCTCATTTTACAAGTCCCCTAAAGTTAAACAGTTGAGTTTTTCCATTTTCGAATACATGCAGCCAATCTCTGGGTATGGCGTGAGCACTTTTAGCTCAGCTGAGCATAAATCATTGAATCGGATTAGACCAATAGCATCTTGATTACAAAGTTAAAAAGAGTTTAGATAAATTTCAAGTTTTAACGCTTGACTTTTCTGTAGTTTGATTGTGTAATGAGACTGACTAAAAAAATTAAAAGTTGCTACTTTCTAGGTTCATATGCCCAGCATGGTTTTTGCTACATTTATTTTTTCATAGCAGGTCAAAATTCATCAAAATTCATCCCGCCATGGCTACATTACAAACATTCAGTCGTTGTTTTTTAATAACGGATTCTAATCGCACCAAAACGTATTAAAATGTAAGTGAATTATTACAGCGCAAACTTTTCTGCAACCGCAGTAGAGCTGTGCATTATTTGTTTAACCTTTTAAGGTGACAGGCTGACTGACTGATAGGTGCGTGATGCGTGAGGCTAGCAAACATGACGTAGCTTTCTGTTACGATGAACACAGTTTCCATAATTATACTTTATAGATAAAGGTCCATGGCTCTGCATACAGTGACTTTATCTTGCTGGAGTTTATATCTAATAAATGTTGGAGACATTGTTACATAAAAGCACTAAATCGCTCTTCAGAAGCGTTTATTTGAGAGCACACAAGAAAATCTGAGCTTGAGTGGAGTATATTTGAGGGCGTGCAAGAAGTTTTGCACACGAACAGAGGAAATCAGCACGCAAACAAAGAGATTCGCTTGCCTGTATTACATGAATGTGATCTCGACTGGTAATACTGCGCTCACGACATTTGTCATTGAAATAACGCCATATGTGGTTGTAGATCTGCGTAAAAGGCCTGCTGCCACAGCTGGACAAAATCCTAGAGGAATATGTAGGAATTATACTCTCATTCTGGTGTAAAAATCAAGGAACTTGCTGCTGTACCATGTTTGCAGCTGGCGCAATGATATTAAAGTACTCCTGCCAGACCCAAGTATTGGCTGTTAGATTCATAAACAATAAAACTCAACTGTTTAACTCTTGGGGAGTTGTAAAATGAGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTGTTTCTTCAAGGTAGCCTGATGTTTGCTTTAAAACAAACAAGTGTACTTTTATTTTTGTTCTACTGAAATCAAACTATTTTTTTTATGAATTCATATTAACATGTCTTTTGAAGCTTACTTAATCTGGGATGTATTCATGTTAATCCAGTTTATAAATCAAGTAAAACAAAATAAGAGACTTCAAAAACTTAAAGAAAGATTTATTAACATTTCAAACTAATATATTATTATGAAAATGATTCATGTTTATGTTAGTCATAAATAAACTAAAGTAATCTATCTTAAATGCTAAACAAATAAATTATTTTTACCCCTCAATAACATTTGTTTTTCACAGTTCACCAATGTATGAGTGAACATACTTGGTGTCATTGACCTAGCTGAAGTCATTGCCCTCCTCTTCTCCCATGGTACATATGTACTTTAGATCACCTACTTAAAGATTAAAAACATGATTTTTTTTTTTAAACAAAAGTAATGTGTTCTCTGTTGTAACCCTAAGTAAGCTTTTAAAATCCCGCTCTTTGTGAATGGGTTTGACTCACACCCATTATCATAATAGATATAGCTCTAGTTACAACATATTATGCTGTTAAGCCAACTATTGACATTCCATGGGCTTGGCTTTCGTCAAAACAGGATAGGTGGATTGATGGGATTTGGTCCAGGCCTAGCAGTGTTGCCCAGCAACCTTTAGGTGGATTATGGGCCATGTTAGAACTAAAGTAGAAAAATCTCTTTTCTACCACATCAATGACATTGTTGCGGCTCTCCTGGGTAAGACCACTGTTCCAAAAATGTCTGCCAACAGTATATGATGTATATGCTTCAGTAGCTTGTAACATATATTTGTAACTCAGGATCTGGCAGAAAATTCCACATTAGGCAATGCAAATTTGAACCCTTTATGAGCCTTTAAACATCCCATTTCTTGTGGCACAGAAAGTAATTGTTCTCGAATCGCAAACTTTTCCATTAGCTGTGTGATTGTCTGGGGAGCTCCAAACCAGACACTGATATTCAATCAAGCTGCCAAGTGAGTTCCTGTAGGGAGAGAGAGACGCTTTGATTGCTAATGAAATAAGTGCATCACCGTTAAAGTATAAGCAAATAATACGTTTGTCTTTAACCGTTGCATTCAGATTGCTGCTTGCTGAAATTTGTCTCCTAATGATGCATTTTATGTGGTTAAAAATGGCAGGAAGGAGATAAACTCTGCGATGTGTTGCCTGGTTTTGTCATTTCTAAACGACTTCCTTTTGCTTGAGGACACTGGGTGTGCAAATTTTGCTGTAGAATGTTGCTGTTGAATCAGAGCACAGAAAAGCAGGTGGAAAAATGTTTTGTGTCCCAGACAAGAGGGAAGGAAGGCCTTTAGGAGAATGCAATCGCCGAGTAGCCTAGAGACTTTTGTGTGGTTAGATTCTATAATAAGACAAAAAAAATCATTAAGATTTAAAAGTACATCTCAAGGTTCAAAAAAGGTTTCAGACAGCATTTGTTGGTTATTATATAATTTACATATTTTGTCCTGACTGAATGTTTTCCCATTGTTCGTTTATTTTAGCAGGAATATGTGTTCAGTATGTTACATAATGGTAGGAACATATTTTACATTAGCTTCTGCATAAACTTTGTGTTATTGCCGCCTCTTTCTCATCACATACAGCACATCACCACTAGCTGAAGATGCAGAAGCTCTCATTAAATGTATAAAATTACTTCTAAAACTCTTTATCCAAAAGCCAGCTGTCTAACATTATTTTAAGGAGTTATGAAAGATGCAATATTGTTGAGAATCTGTCGGCTGGTTAAATGAAAGCATATGTATTTTTGACCGATTGGGATCTGGTGTTTTTCACCCTTGAGCTGCTTCTGTTGCAGATTATTCTTTTTAAAGCTGGGCTCACGCTGCTTGCAACAAACATGAACTTTCAGCAGTTTCTAAGTTTGACCGAAGAATTGTTATTTTAGCGTTGCTTATTTACAGTGAAGATCAATATTAGAGAGCAACCTACAATTTTTTAAATGTTTAAGTCACTGCTGAGCCATATTTAAAGGTATTC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Seq C2 exon
TACTCTTTCCAGCTGTGTTCATGCGGTGGTGGCTTTGCTCTACCCCTTCTCCTGGCAGCACACCTTCATCCCTGTGCTGCCCACCTCCATGGTGGACATCGTCTGCTGCCCGACTCCTTTCTTAGTGGGTATTTTATCCAGCTCGCTGCCAAAGCTCAAGGAACTGCCTGTGGAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000037363:ENSDART00000133050:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0214116=DENN=FE(26.5=100)
A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=FE(31.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]