DreINT0157723 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000021455 | strbp
Description
spermatid perinuclear RNA binding protein [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030729-18]
Coordinates
chr10:9900349-9902874:-
Coord C1 exon
chr10:9902769-9902874
Coord A exon
chr10:9900433-9902768
Coord C2 exon
chr10:9900349-9900432
Length
2336 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TAACTCTCCTGTTGTAACAGGTC
3' ss Score
8.25
Exon sequences
Seq C1 exon
CATGCTTTGCGGCTCATGGCTTTTGGACAGATCTATAAGGTCTTGGATATGGACCCTCTTCCCTCAAGTAAACCTTCACAGAAATACCCCTGGTCAGATAAGGAAG
Seq A exon
GTGAGCAGACATAACTAAAATGTGTTTTATATTGTTTTCTATGTAATTGTGCAAAGCATCAGCATTTTTACTGGTATTTAAAATTTACTGGTATTTTGTTAATGATGAATGGTATTCTACTAAAACTTAGTCTGGTATTTTCACAGTGATTTCCCAGGTTTAATGTGTGGAAGGTGTCTGTTGTCTAGTCTAAATTATTATTAAGTAATTTGTTGGTTAAAAATTGTGAAAATTATAGAGCTCTAAAGGCATAGTTTACCTAAAAATTAAATGTACTTACTATCTACTCTAGCTGGGATTCTCCATGTATTTTAAAATTCTATCCCGCTATCATCCCGTTTATTTTATTTAGTATTTCCCGTTTTTCCTCTATATATTTGTAATCTTTCAATAAAAAGTCAAAGTAGCATCAAAGCACCGATCTCAAAAGAGATATAATTGTGAGAATTGTTCAAGAGAATTATGCTTTTGATTTGTTTTATTCAAATTAATATTCACTTAATTTCCATTAAAGCTATGCGTTGACTGTCACCCTTCCTATACACCATGTGAATTAATAACATTGCTGACTGACCGACGCGCTCTGTTTTAAAGATTTAAGAAACCCTTGAGTACTTTTTAAAAATATTTTAACAGATTTGTGTGTGTTGAGCATCAGTTAAGACAATGTTAGCATCTGTCAGCTTTAATTGTGGGGAAAACTGGATAATTTTGAGCGTTTGATAGCTAATTACATCTTCTGGATTTAAAATTATCTTTGGGGCGGGATTAAAATCGGTGACAGCGCAAAACTGCAAGTGGAGTGATGATGCGGTGGTTTCTCATTATTATTCAAAGCGGAGTTTTCTTATCCTATGATAAGAGCCTGTTTCTTAATTATTCATGACTGCATGGGCTTTCCAAAGGTAAGACAGACCTGCCAGTGCCAAGCTGTGAGGCCCCCTATGTTGATGACGGGATGAAACTGCGTCCACTGACCCACCGCACATAGTATTTAGCCGTTCATGAAGGGTCGTATGTGTTTGTTTCCATGATCTATGGGGGTTGTTGCATGTTTTTCCCCGCGATGCTGTCAGGGCCGATACAGCAAAGCTGTATGTGTGCAGCAAGCATTTTTGCTGGGAGAGCAGTATGAGAATTGCAGAATGGCGGACTTTGTCTTTTATCAGTTGAGTTTGTTTACATTTAGACACATCGCCATGCTGCTATGTTCGCCCAAATCCTTCAAATTACCAACAGGGCTAATGGTTGAAATAGACAGGGCAAGAGACCTGAGATGCTTTTTCTTAATTCTGAGGTAGACTTGAAACAAAAGTGGGGGGTTTCATGGCCCTTTAAGACACAGTTCCCGGATTAGCTTCGGTATACAGGCGATTTGAAGTGGAACGAAAGTGTAAACCTTTGGATTTGGGTGGGTTTTTAAACAGACAAATACACTTAATAATATGTAAACATGTCCGTCCTGGCGTGTTTTATTTTCAACACAAATGATTTTGTCTTAAATGAGCAGAAACAGTTATGATAATAATTAAATACTTTCATTATAGATCTGTGAATTCTTAAAGTGACATCTCTGTTATCGAACAAAACAGTGGAACAAAATGAGAGTTACGCTGCTCTTCGCTAAATAATTATAGTAACTTTATTTAACACAGTGATTAAAAGTGAACAAGATTTTATGACTTGATTTGATTTCTGTATTAATTTAAATAAGCTAAACCTTTTTTATTATCAATTTTCTAACACTTGTTATGTACATAATTCTATCATATAAAGCTAATTTCCTCCCCATAATTGTGATGGTTTCAACTAGGCTTAGACAGTATACCATGATATATCTCAAGCAAAATGTCAGCACCAACTCGTGTAACTTTTGTGTATACCATGATATATCTCAAGCAAAATGTCAGCACCAACTCGTGTAACTTTTGTGTTTTTAACAAAATCAGGCCAAAACAATGTTTGATTGGAGTGCTATTACATTTTATAAACACATTTGATCTACCATTGGTGTGTGGAGTTTATAAAATTGGTCAGTGTGGCTCTGAGGCTCCACCTTCCTCTCTGGTTAAGCAAAATGTATTTAATTTAGTTATTTTAATGCAAGTAAATACACGAACACTTAAGAGCTGTTGTAAGAGCTATTAAGTGTAAATCTGATAGTAGGCACTGGTTAGTTGTTTATGTTTACTACTATAAACTGCTTACTTTTAAATAATTGTATGTTTATGTACTGCTGTAAGTGCTATTGAATAAACAGCACTGGAGTGCCGACTTGCAGAGTAGTTCATTGCTTGTGTGTTATCATTAGCAAATTAACTCTCCTGTTGTAACAG
Seq C2 exon
GTCTAGGGCTGAAGAGACCTTATGAAGATGGTCTGATGGATGACAAAGACCTCATCAAAAAGATGAAACGCAACCTGAGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000021455:ENSDART00000129151:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.103
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=PD(8.9=61.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]