HsaINT0161109 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000165209 | STRBP
Description
spermatid perinuclear RNA binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:16462]
Coordinates
chr9:125910057-125920402:-
Coord C1 exon
chr9:125920291-125920402
Coord A exon
chr9:125910150-125920290
Coord C2 exon
chr9:125910057-125910149
Length
10141 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TCCCTCATAATTTTTTTTAGGTG
3' ss Score
9.74
Exon sequences
Seq C1 exon
CATGCACTCAGACTATCAGCCTTTGGCCAGATTTACAAAGTGCTGGAGATGGACCCCCTTCCATCTAGTAAGCCTTTTCAGAAGTATTCCTGGTCAGTTACTGATAAAGAAG
Seq A exon
GTGAGCATGGAAGTTTTTTATTAGGGTTGGGGGTTGGCACTGGTAGAGATAATCATGGGATTCATCTCTCATTACAACTTAGGGAACTTAATAATTGTGCATCCAAATCATATATAAAAAGCTTTCTTCCTGACTGATATAGGTTGGCTGTGTCCCCATCCAAATCTCATGTTGAATTGTAGTTCCCGTAATCCCTAGGTGTTGTGGGACAGACCGGTGGAAGGTAATTGAATCATGGAGGCAGTTACCTCCATGCTGTTGTTGTGATAGTGAGTTCTCACAGGATCTGATGGTTTTATAAGAGGCTTTTCCCCAACTTCACTCTGCACGTCTGCCACCATGTGAAGAAGGATGTGTTTGCTTCCCCTTCTGCCATGATTGTAAGTTTCCTGAGGCCTCCCCAGTTATATGGCACTGTGAGTCCATTAAACCTCTTTCCTTCATAAATTACCCAGTCACTGGTATGTCTTTATTAGTAGCATGAGAATGAACTAATACAATAAATAGAATGGACCAATACACTGACTTTCTTCTCTTCTGTTCTTATTAGGTAACGTCAGCTAATGTAACATAATCATGTTTTCTTATTAGTGACTAACTCATTTGGCTATGTTGGCCAGATGCCATTACTGCATAGACTATACTTTCAGAACCCCTGGTCTAAGGAGAAGAAATCAGCGATAAGCTAGGAGGAGACGTTATCACTATCACTAATCAGTTTGATTATCTTTCTCAAGCTTGGAAATGTTATCTAACTGAGAAAGAAAGAAAAATACAGAGGAGAAGAAAAGCATATTGGAAAATTCAGGACCATCTTCCATTTGTATTAGTCTGTTGAATTCAGAGTTTCAGCAGAAAAAATGTAGGTTTTGGGCTCAGTATGACCTGGGTTCCAATCATAGCTCCACCACTTCCTAGTTTTAGGCCTTGAGCAGTTAGCTCATCTCTCTCACTAGGGATATTACCCTCTTTCTTATTTTTTTGACTCTTGTCCGGTTAAAATGCCTGACTTGTTGCCTAGAATACAGTGGATACTCAAATGTGAATCCACTTACTGCCTTCCTTAGGCCTCAAAAATATTTTTTTTTCCCTCCCTTTCTCTTCTTTTAAACTAGAAAGTGGAATATTTAATACCGGATATTCTTCACCTGGAATGCAGCCTACCTCTAACAATGGAAATTACTCTACTTTTAGATATCACAAAAATAGTGCAGTTGCCCAGTCTGTTTATTTAGATGACAGAATTCCAGTGGGTCTGAAGACTTTCAGAGAGTCTACAACATCAAAGCTGTTGAATAGTAATAATAATATTAAGGGGTTTTTTTTTTTTTTTGGCCTTTTTCTCTCTTTCTTTCCTAAGTGTATAGTTTTCCAGAGGCTACATGTGACATGTGATGAGATCGTTGCTCTGATGGCTAATGGAATGTTTTATTTTCTATATCCTTGTGTTTAAAATTGTTTTGTTTTATTTTTAATATGCTCAATATTGACAGATATTACCCACAAAGCATAGCACTTCGGGTGCTTAATAATTTTTTAAGAGTGTAAAGTACTCCTGAGCTAAAAAGTTTGAGAATCAGTGCCTCACACTGTAAACTCCTCAGGAGAAAGAATCCTCCAGATTCTACCCTATGATTATTATAAACCAATGCTTAATATTACTTGAGGAATGAAGGCCATTTTCTTCCTGCAGGTGCTTGCTTAGTGGTGAAGAAATTATTGAAAGGGATTTACATACCCATGTGACATCAAGCATTGTCTGTGCATTGAATGATTGAATAAAAATGTTATATATATATTTAGATTCTTATGATTAGTATCAGAAAATTTTATTTCAATCACCAAATTCACAACCACTCTTTCGGTTTTATATTTTCCCCTTCACTAGATAGTAAAAGTATGTTTACTATTATGTGACTTAGTTTTTTTTTTTTTTAACTTTAAAGATCTTTCTCAAAAGTTTGGGAACTGCTGGTTTGTCAGTTGATAGCATAAAATAGAACCAGACTGCCAGTGTTCCTGTTCTAGTTCTGTCAAAGTTATATGGCCTGGGCAAGTCACTTTACCATTTTGTGCTTTGGCTATACAATGATCTCTCCAATACTTTCATGCTTTTAGCACCTAGCTTCCTGACATTCACGTTTAAACTTTATTCGTGTTATTCTCGGTGATTTCCTTATGCATCTCAGGTGATTTTTTTCAACACTAATGTCTCAGTTCTGTGACTTCTTCTCTCACAAATATTTTATCCTCTGCCTTTCCTTGGTTACTTATTCTGTGGGCATAGCCTAGTTCTTGTCTTCATCAATAACTGTACCTGTATTATTTCCATAATCATGTTTTCAAGAATCCCACTTTCCAATCTCTTGTCATTACTGTGTCTCCTACCCTTATTTCAGCTCTTGAATCTTGTCATTTTTTCCAGTACCATTGCATAGTCCTTCATCCTCCTCGTGTTCTCCCTTCTGTCCTTACCGTGCTTGTATTACATGATCCTTGATTACCACTCTCTAGCACGTACCTTTACTTCCTTGATTCTCTGTTTCTGGCAAAATTCTAACTGGTTGAAATCCATCTCTCTACCTTCTCTGTGTCTGTACTGGGTTGCTCAACATGGTTGGAGAACAGCCGTCTTGACTGTTTTCCCTTTAAGTCGGTGACACTAATTTAATAGGGCTGTTTGTGTTGCTGGGCAATCCTGTAAGTTTGAGACTTCTCCAGTTTCCTAGATAACTGTTTCACATTTTCTCACATTTCACACCTCCTTCTCTACCTCCTTATTCATCTGATGAGCTTATTTGCTTCCATTTTCTCAGATAAATATTAAGAGATAACTTGTATATGTTCTCATCACTGTCTCCAAGCCCCACTGCATCAACTCGTGTCTTTGCTTTTCCCTCCCTTGCCTCTGCAGAAAATGCCTCGCCTCTTAAGACCGACCTTTCTACTTACCCACTATCACATCCCCTCTTGCCTACCAATGGACATTATTCCAGCAATTATCTGTTCTCTCACCAGCGTCAGTTCCTCCCTGTCTACTGAATGCTTCTCATCAGCGTAAAAACCTGCTGCAGTATCTCCCATCTGAAAGACAAGGCCAAAACAAACTCTCCCTTGATTCTGTAGGTCCTGCAACAGAGTTGCATTTCTCTCCTCTTTATAAGCAGCACTTTGGGAAAGAGCAGCCCTTTTCTCTTTTCTCCATTTCCTCACTTTGAATTCTCATTGAACCTATTCTAATCAGGTTTTCTTCCTCACCACTTGCCTGAAGTATCCCTTGCGACCTTCACGTTACTACATTCACTGGTTAGTTTTCAGTCCTCATCTTAGCCATTTTCAGCAACATTTGATACAGAGGAACACTTTTCTCTCCCATATTTATTTTATAATGAGATATAGCACATATATAGAAAAGTACAAAAAATACAGTTTAAAAAATAATTATTTCTTTCAAACCCATAAAACCAGTGCCATGGGTAAGAAACAGAATTCTATCAGTGCCCCAGAAGCCATCCGTTTTATCCTTCTCATTACCTTCCTGTACCAAGAAATACCATTTCTGACTTTCTGAAAATCATTTCCTAGATTTTCTTTCCCACTTTCCCACTTGTGTATGCTTTCCTAAATAATTTGAGTTTGCCTGGAACTTTCCAGAAATGGGTCCTAAGTTTAATCTTTCGTGACTGGCTTCTTTCTGTTCAGCATTCTTTGGGATTGATTTATGTTGCTGCACATAGATATAGTTCATTTTAATAGGTATATAGTATCCACTATGAATATGCTAGTTTACTCATTCTACTTTTGAAGGACGTTTAGGTTCTTTAGTTTTGACAACCACTTACCGTGTTGCCATGAGCATTCTTCTGCATACCTCCTGAGGTATACACATAAACAACCTAGTAAATGGTTGCACATACCAATTTACACTCCCACCAGCAGTATATGAAAATTCCTGTTGCCCTGTATCCTCAAAAACATTTGGTATTGCCATGTTTTCTGAAATGAAATACCACTTTTCATTTGACTTCCAGGTCATCAGCTTCCTTTGTTCTTCTAGCTCTGTTGCCATCTCCTCAGCTGTCTTTGTTCTTTCTCATCTTCCTGACTTCTGAATGTTAAAGTGTCCTAGGGTTCAGTCCTCAGACCCTTTCTCTTTACACTGATGCTTTAGGGGACCTCATTTAGTCTCTTGTCTTCAAATACCTTTTTATACTGAAGATTGTCCCAAATTAATACTTCCATCCCAGACTACCAGCTCTTGAACTCAGACCAAAATATCAAAATGCCTCCTCAATATCGCTACATGGATGTCCAGCAGACATCTCAAACTTAAGATGTCTAAGATCTAAGCTCCTGCCCTCGCTCTCCCTTTGCTCTTCTCTTTCTATAGTTATCCCTGTCCCAGTCATTGGAAACTCTCCGTTTGCTCAGGCCAGGATTCTCTGAGTTGCCCTTGAATCCCCTCTTTCATTCACCCATATCCCAAACGTCAGCAAATCCTTTTTGCTTTTAAAGTGTGTCCAGGCCGGGTGGTAGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCAGATCACTTGAGACCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCCGTCTCTACTGAAAACATAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCATGCTCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCGCTTGAATCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCCAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTTGGTGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAGAAAAAAAAAAAAAAATGAGTCTAGAATTTAGCTTCTTCGCTGCTGACATCCTTATCTAAGCTGCCATCATCTCTCACCTGGATTATTGCAGTCACCTCCTGGTCTGGTCTTTTTGCTTCTGTTCTTGCCCCTCTATCTGTTCTCCACAAAGAAGCAATTCTCTTTATGGAGAACACCACCCCTCTTCAACTTTTT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Seq C2 exon
GTGCTGGGTCTTCAGCTCTAAAGAGGCCATTTGAAGATGGATTAGGGGATGATAAAGACCCCAACAAGAAGATGAAACGAAACTTAAGGAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000165209-STRBP:NM_001171137:11
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.026 A=NA C2=0.781
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=PD(8.9=57.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)