RnoINT0145353 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000010150 | Strbp
Description
spermatid perinuclear RNA binding protein [Source:RGD Symbol;Acc:620673]
Coordinates
chr3:21860400-21875204:-
Coord C1 exon
chr3:21875093-21875204
Coord A exon
chr3:21860493-21875092
Coord C2 exon
chr3:21860400-21860492
Length
14600 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
ATTCTTGTAATTGTTTGTAGGTG
3' ss Score
7.44
Exon sequences
Seq C1 exon
CATGCACTTAGACTATCAGCCTTTGGCCAGATTTATAAAGTACTGGAGATGGACCCTCTTCCATCTAGTAAGCCTTTTCAGAAGTATTCCTGGTCAGTTACTGATAAAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGCCGGGTCTTCAGCTCTAAAGAGGCCATTTGAAGATGGATTAGGGGATGATAAAGATCCCAACAAGAAGATGAAACGAAACTTAAGGAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000010150:ENSRNOT00000066377:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.053 A=NA C2=0.781
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=PD(8.9=57.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]