DreINT0158009 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000001994 | stxbp1a
Description
syntaxin binding protein 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050626-106]
Coordinates
chr21:13816486-13824293:+
Coord C1 exon
chr21:13816486-13816640
Coord A exon
chr21:13816641-13822610
Coord C2 exon
chr21:13822611-13824293
Length
5970 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
CCCGGTGCTCATCTATGCAGGTT
3' ss Score
8.51
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCCGATATGGCCACTGGCACAAGAATAAAACCCCTGGAGAGTACCGCACAGGCCCTCGCATCATGGTCTTCATCATCGGTGGAGCATCCTTTAGCGAGATGCGTTGTGCCTATGAGGTCACACAGGCCAATGGCAAATGGGAGGCCATCGTTG
Seq A exon
GTGAGTCTGCTACTAAATATCACTGTATACTCAAGAGTTAAGCAACCACCCTTTAATGCTTTTAAATGATACCTTTAGCTTTAACTATACACGTGTTTTGTATAATTTGTGTAGACCGGCAAATCTGTCTTTTGTGTACTTTTCCTCGCTCTTGTCTTGTATTTTGTGCCTGTCATGTTTTAACTGCTTTTAAATTGCAGTCATGAGCCTCTGCTGTGTTCATAAGTCTATGTTCGTAAGTTCTTCTGTGTGTGTGTTTTGTGTGTGTGATAGGGTTTAAGTATAAGATTTGTCCTTTTAACATACCTTTAAGGCAGGGGTCTCCAACTCTGCTTCTGGAGAGCGACCTTCCTGCAGACTTAAGGTCCAATACACCTGTCTGTAATAAAAGAACTCTTTTTTTTTTTTTAGCTGGTTCAAATGAGGTTTGACTGGGTTTGGATCTGAACTCTGCAGGACAGTAGTTCTCCAGGAGCAGGGTTAGAGCCCCCTGCTTTAAGGCAGTGGCAGCCAAAACCAAAAAGTCCCAACCCCAAAAGCTCACACCAAGATGCTTATAGGTGTTTTTAACAACTAACAACTGTAATCAGGTGGTGAATCACGTGAGCCCCATTGTCTGCACCACTTCCATTACTTGTATGTCCTGAGCTACCAAGAACCCCTTTTTAGGGGGTTCTAAGAAACCCTTCCTGAAACAGATCTGCAGATGGTGGGAAATGGTGTTTTAATCCTCTTTTTTATCCTCATAAAGATTGAGGTTGGTGAAAGAACGTGAGGTGCAATGTGAGATTCATTCTGAGCGTGAAGCCACCTTTGTTCCTCCGCAGGTTCTACTCACTCGCTCACTCCAACCAAATTTCTAATGGACCTGCGGCACCCCGACTTCCGAGAATCTACTAGGGTGTCCTTTGAGGACCCTGACCCCTCAGACGAGTGAGAGAGAGAAAGAGGGAAGGGTGGGAGAGAGAAATCACACTGACAAAGTAAAGGCAGCCGATCAAAGAAACCCTTTCTGAACCCCCACAGCACAAGGGCTTTCTTTTCTTGCTCCTGTTACCACACTCTACCGTTTTACAACGCCACCACGCCTCAGGGATGGGTGTCCGGCTCCTGCCTCATCAAAAGGCCAACCTGCAAGTCTCACTCAGGCACCGCCCTTTACCAGGATCAGCCATAATTGATCTGCCTCCACTTCTCAAGTAAAACACAATTGGCTGGCATTGAGAACGCAGTGGGTGGAGCTCTTTGAGTGACAGATGCAGTGGGAGTCCTGACCCCATCCCTGTTGACCGCATCCTCTCAGTTGGGTGGATTAAACTGCATTCTCCTCACTATGCACCTTTTAATTCAATGGAGCCCCCTCTTTTGACGAGGAAGGGCTTCCTCCATTTGCCCTCCCAAATACCATTCTTTTAAAAGCTTCATTTTCCCGCAGATTTAATCTACCCTCAAGACTCACCATATTCCGATTATTTCTGAATAACAATCCAAGGCAATCACTCATATTAACTTTGTTTTTTTCCCCCCTCTGGAGAAGTAATTGCTTTGATGTTGGATGCCAGTTGCAGGATAATTTGGTTTTATTTTTTTAAACTAGTTCTTCAAACTACCTCACATCATGTCTACATGAACAAGTGGCCGTCTGCAAAGAATACTTGTTAAAATTACTTCCGCCAGAGAGCGACTGGCTCTTTTTTTTTTTTACCTTTTCTAATATTCTTCTGCAGATGCCAAAGCTTGAAATGTAGCTATGTTCTTAAGATATGCTTTAGCACTAACGCTTCCCCCAAAACACTAACAATTCAAAACCTTGGCTGTATCCTTTTCAGAAACCTTCATGTTATGCCTCAGGTATATTACATAAGATTAAACGGGACCACAACGTCACTCATGACTGTCAGTCAATGCAATGTGTGGTCCAAAACTGATCCATTAATCAGAGGATGTTTTGAACAAGCTTAGCAACAATTTATATTACACCAATGCAATTCATGTGCAGGCTTGGGATTCCAGTAAGTGTTTGGAGTTACTCATTGTAGTTTTTTCAAATCTATGGACAGGAATGTTCAGACTTATCCAGCAGACACACAACGTCATAAGACATTAACATTAGGTTAGATTTAGGTCACCAGCATTTAAGGACAATGTTATATTTACGTCCGATTACGACGTGAAATGACGTTGATATTTTATTGATTTTAGCTTGTGCTGGAAAGTGACCAAAATCCAGCATCAAGACAACATCTTAAGCCAACGTAATGTTGACTTTAAATGATATTTATTGGTCAGGTATGGCAATGTAAATCCAACATCTGATAGATGTCATATTGGTAACGTCCACACAACGTCAAGCTGTAACATCATTGGATGTTGATATTTGGTTGCGTTGGAAAGTAACGAAAATGTCTGTCTGACATTGGACATTGACCTGACATTCGGTTCAGACGCTAAGCCAATTTTTATTTCCAAACAAAATGCAACGTCCCACAACGTTGGGGTACAACATCAGTCTGACGTTCTGTGCCTGCTGGGTGAACACAAGTTTATGACACTCTGATTTACCACAGAAAATAATGTGCAATCTATAGTATCTATGGTGCATTGTATTGTAATAATGTCACAATACGCACAGATTTGAAAGAATATTAGTAAGGCTTAACAATAAGAAAAAAAAAACATTATGACTATTTATACCTGATATTGATCATGGATCATCGTCAGTTATATAGTTTGTATGCATCACTTCAGACAATCTAAAATTTCGAGAATGAAGCATGGGCGCAGCTTAAAAACAATATTTTAATGCATCTCAATTGGCAAGAAGCGCATCGTAAGTTTTTAGAAGTTTGTCCATGAAGTGCCATTGAGCTGTTTCTAAAGCACTGTACACAAATATCCTCATAACAGAGTAAACTGGTTTAGCCCAAAATGTGCAATACATTTTGCCTTTAGCTCTCTTTGATATTGATCATGGATCATCGTCAGTTATATAGTTTGTATGCATCACTTCAGACAATCTATAAATTTCGAGAATGAAGCATGGGCGCAGCTTGAAAACAATATTTTAATGCATCTCAAATAGCAAGAAGCGCATCGTAAGTTTTTAGAAGTTTGTCCATGAAGTGCCGTTGAGCTTTTTCTAAAGCACTGTACACAAATATCCTCATAACAGAGTAAACTGGTTTAGCCCAAAATGTGCAATACATTTTGCCATTAGCTCTGTTTGAGATCATGTTTGAGATACAACCTCTTCAAGCAGAACTCAGTATGCTTGTTTGGTTCGCTTTTAGTGCACACTTGAGTGCGACTGCTGCATTCACACCTGCCCAAACAAACCACACCAAATCAAAAAACAAACTCTAGTGGGATTCAATCCAACTAAATATAGCAGGTGTGAAAGCACCCTAAAGGATCAGAGAACCTTCTTCCATTGTCCAAGGTCCAGATCCGATGGGTGTGTTTCAATTGTAAGTTCTTTTGATGGTGGACAGTTGTCATAATAGGCAATCTGATTGCATTGTTGTGACCTTGATTGGCTTTTACATTCATTACCCTTATGCATCTATGAGAATTGGGTGCCGAGTTTGTGGTCCCAACTTGGCCCAATGTGCATTCTCAGCACCTCTGACCGAGCATGCCTCAATTCTCACTGTTACAGTTGCTTTGCTATAAAAGTTAGGCCCTTGGTCACTGAGATCTTTATTCCTGTCCATTTCTCCTATCCAACAAGTTTATTATAGTGACTAATTGTTATTAAGACCTTAGTCTCTGACCTTAAGTGATAATCAACAATATTCCCTTCACTTCTGACAGATTTTAAATACTTTGGTTCGTCTGGGTGTGATTATTTGAAATAGTTAAGGGCCAATCAAGTCCATTGGGCTACTTGCTCTATAGACGTCCATTATAAGAGAATTGCAACATAAAAATATTTTGATGAACAAATTTCTTTCTGTGGTAAATCAGATTCTTTCAGTCACATATAACTTGAGTTTACTCTGAATATTCAGTCAAAAAAAAAAAAAAACTGAATAAATTAACCCAACTATGAGTAAATCTAACATTTATATGCCAAGAAGTGCACAGAAACAATCTTCTGTAATACAGTGTTCTTCCAAATACTGTACCTGACTAAACTACTCACTAAACCATTGTACAGGAATGATCATTGCTCGACCCTATCAAGTGTCAGCCTGCTAAAGCTATATCCCTTTTGATTTCCCCCCTTTTTCAGTTGTTGTTTTGTGTTCGTAAAAGATCACACCATATGCAGTATGCCAGTCCTAACCCATACTGCAACATGAAACACTTTTTGACTGCTCCAGCCATTTCTGAACAAATATATGGTTTGTTTTCATGGATGTTTTGTTTTAGTCCCGTTCATCTAGTTGAACAGCTACAAATCACATTGTGTATTTGATTAGCGATGAGCAAAACTGCATGTTTACATGATAGTAACAGTTAGAGTAAAACTAACTTGCCTCTTTATGCTGGCAACCCAAGTTGCATTGTAGTTATACTCTATGTTAATCAATTGAGTTTTAGTTGCAATGTAATATTCGGAACATGCAGCTTTGCAAAACTATTTGTCTAGACGTGATTAGAATAACATTTGTCTCGTAGGGAACCAAATTATTTTAGTCCCTACATCTGTTTTTCTGGTGACCCTGCGACACAAATGTTTTAGGGTAGGTTGAACGTACAGTATTAGAAATGTGTTTTCAGCTAATTATCTACTAAAATTCTGTTTGTATTTACATTATTTTTATATTTAAAAAAATTATATACTGTACACACACTACTGACTAAAAGGATATTTTTTTCAATATCTCACCAAATATGCGTTTATTTTAACAACAAAGTCTTTTGCAACAAAATACATACAGTTGAAGTGGAAATTATTAGCCTCCCATAATTGATTAATAGGTTTACTGCAGTTTGGAAAAGTCATGGTTTTGAAACCACTAAAATGTTTTGTTACCGTTTCTAAGGTATATGTA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Seq C2 exon
GTTCGACCCATGTCGGCGGTCCCACCCAGCTTCTGGACGCTCTTAAGGCCATGAACAAACCCGACGAGGAATAAACAAGCTAAAAAAAATAAAAATAAATCACAACTTCCTCCCCAAAAACCCCCCATCGCCCAGTAACCCTCTCCCCCTCCCTCCATCCGTCACCCTGTAAATCTCCCCCGCTCCTATATAAATAGTGTATGCATCTTGCTTGAGAGAAAAAAAATTAAATAAAAAACAGATGATTGGTGACAATTAAAAAGAATATTCTATAAATTTATATATATTTAAATATATATATATAATGTTGAGATAAAATAACTGTTGCAAGTATTCTTCTGTTTTACAATGGATGCAAAACCATTAGACCGAGTTTTCATTATTTCAATTGCCATTTAAAAACCTTGAAAGTACCAAATGTTATATGTTACGGAACCTGCTAGAATGTGTAAATGGTAGAATTTTTGCATTCGTTCCTTATTTAACTCGGTGTGTTTTGTTTTACGTTTTCTTTGTTTGTTTTGGTTTAAAAGTGGTTGGGGGAGGGACTGGTTTGTATGCAAATAGACCAGTGAGGCAAAACGATGCATATCACTTCCTACACTGAAGGCTAAACTGCCGCTTTGGGTTTAATCGTTGTTTCATTTTAGATGTGCATGCCATGGACGCTACTATGTGGCCCTTTTGACATGTTTGAAAACGGTAACAAAAAAAAATATTAAGCTCTAGAAAAAGAAAATCAAGCATCTTTTTGGGACTCCAGTGATGAAGAGGAAGGAAGGAGGCCAACAGATCAAAAGCCTCAAGCTGAATAAGTGAAAAAGACACTGTAAATAAATATCCGACGTCACCCCTCCTTCAGTCGCGACTCCTGGAGCATTTACTCTCCATGTGCTTTTTCTTTTCACGTCTCCTTCCCAAGAGACCTCCTGATTTAGTGTGAAGAAGGCCGTTGCTTGCTGATTTTACGGAATTTAAAAAAAAAGGGCCAGTTGTATTTCAGTATTGTATCTCGTCCAATTAAAGTCTTATCATTGGTTAGTAAACAATGTTTAACCGGGACATGCACTGAGTAGCGTGTTGATGTATATGCCATATGTTACTGTTTTTTCGTCTCACTGTTGACTGGTGACAATTTCTGACTGTGAAGTAGTAAAACTTTCCTTTGCCGATGTGAAGCCACTGTGTTTGTGACGTATTAGCTGTAGATGTAGTGATAAACTGGGAAAAAAAATTATAATAGGTACTCTCTATCTTTGGTTTGTCCGTCCGTTTCTTTTCTGGTGCAATGTTAAATCTTCCACTGGCGAATGGCTTTGCAATGAGACGCAATCCCCCCTTTTTCAACATTTTATTTATTTTTTGGGTTTGTGTTATTCTGTTCTGGCAGAAAAGGTTGTATATTGCACTACGCGTTTTCTGTGATGCAAACGCTTTAATGGTTCTCTCTCTTTTTTAATTGCTACCTTAATTTTGGGTTTGCTGCCGTATAGCCGTGTCAACTGGATTGATTTCTATTACATTGCTTTTTTCAGAGAATATCAATAAATAAGAGCGTAGTCTGTCCTAAACCTGTTGATCTTACTGGGATTCTATGTTTGCGAGTGTTGAAGCACAAACTAAAGTATACTTTATGTGTACCAATGTACTAAGGCTGTCTAATAAATTGGCTTCCATTACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000001994:ENSDART00000015629:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.076 A=NA C2=0.458
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0099518=Sec1=FE(48.6=100),PF084476=PAS_3=PU(23.4=21.2)
A:
NA
C2:
PF0099518=Sec1=PD(2.5=56.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]