DreINT0160182 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000056550 | tango2
Description
transport and golgi organization 2 homolog (Drosophila) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040808-42]
Coordinates
chr5:26087183-26097307:+
Coord C1 exon
chr5:26087183-26087327
Coord A exon
chr5:26087328-26097218
Coord C2 exon
chr5:26097219-26097307
Length
9891 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAT
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
TAATTTCTTTTTGAATGCAGGCT
3' ss Score
4.84
Exon sequences
Seq C1 exon
TCATGGTCTCATTCTCTTCATCCAGCACCTAGCGCATCCAGTCTCTGACCTCACTGTGATTGAAAACTCCTGCCATCAGTGACCTCCTCATGTGCATCATCTTCTTGAAGTTCGACCCTCGGCCTGCATCCAAAAATGCCTACAG
Seq A exon
GTACATTAGTAGCTCCCAGAAAATGCACTGTGTGAATGTGTTAAATGCAAATAGGGATGTGGAACATTTTTATACAGCTTCTGTGTTTTGATTTAATACTTTAAGTAGTTTTAGAGTTGCCATGCACATCTAAAGCAAAAACAAAATATCTGTGCTGTATTTCAGATTTTAAGTCTTCACATTTATTGTTCAACCTGCTGATTTGCTTGTATTGAACTTAGTTTGACACTGTCCAGTGGATGCTGAATCATGCAAAAAAATACACATAGAAATGAGCGAATGATGTTATTATAAGTTTAAATGCCATAAGCAAATGTGTCCAGCAACAGAGGGGCGTGATATTAATATTTACCAGTTCATTAAGTTCATTGTCATATTGAAGAAAACTCTAAATACTTTTTTTCACATTTATTTATTTTATTTTGATAACAATACCAGAGTTCATATGGTCATGGAAGACCTGGAAAAGTCATGGAATTTTCCAGACCTGCTGTAATAAATGTAAACGTATTGTTTTTTACCATGCATATGTAGACATTGCATGAAACATTAGGTCATAAAAATTTGCTTAAAAGTCTTGGAAAAATCATGGAAAAGTCATGGAATTTTAGTAGTTAAAATGTGTATGAACCCTGCAATACATTTTTTGGGGTGTGAGTTTGTTATTATGTTCGTAACCAGACTGGTACCTGTAACAGATAAATGAATACAGCACAAAAACTGCCTTTTCTTTTGTTTTAGTTTGTTTCAATGGCTGATTCGTTTAGAAAGTCAATTGTGAAAGTGACTTCATGACACTATTGAGCGAGTGTCTTTATGAATGGATCATTTAGTTATTGACTCAAATAATTTGTTCAAAATCAGTTTAATGAAGTAACGAAACACCACAGATGCACAAATGCAGACTTTGTTTGGAATACTTTGTTGATGAAGCTTAAACATAAAAGAGTCACTCAATTTAATGTATTGTTCATGGAATTGTTTGAAATCACATTTGCAAAGGCACTCAAATGATAATATTCAGGGAAATGGAACTCTTGCTTGTGTGATATATCAGTTATATCATGTATTATAAATATATATAAAAAAACAAAAGCTTATACATTGATATTATTGCTAGTTCCACTTTAAAAGGCTTCATCAAACAGGGAATCTTACATGTTTTTGCTTCTGCATGTCATGCTCAATAAGGTCAGGTCATTGTTAAAACAACCATATTTTCCTATTTTAATATATTTTATTCTATTTATTTTTTATTTTTTTGGCAAACCTAAATTCTCAGCATGATTACAGTACATCTCCTCTCTCAATAAAAAATTTTCAGAAATCTTTCCAGTATGCTGCTACTTGAGAAAGGTATATTATTATTATTATCTTATCAGTGTTAAAAGTAGTTCTTATTAGTTATTTATTAATTAGTGTATTGTGATTGTTCAGGATTCTTTGACTTGAAAGCATTAGTTTGAAACTGAAATATTTGCCTTCATTTTTGAAATAAGTTGTATGCACCTTTGTTGAGTGAATGTATCAATTTCTTAGAAAAAAAATCAGTAACACTTTAAAATAATGGTCCATTAGTTGCATTAGTTGAATGATATTTAATGTTTTAGCTGATGCATTTACTAACATGAACAATTTTTTAGTAGTAACAAAACAATTAGTCAGTAATAAATAAACACATTTGTTACTACATTTATTCCTCTTTGGTAATGTTAAGTTAAGTAACATTAGTTTATGTACCTCACAGTGCACATTACCTAATATTAACAATAGAAAGCACCGAAATTCTTGCCTGAAACCGTAAACTGTAAACCGAAAAAGGGGAAACCAAGGCCGACCAACACAGAAAGAAATTATGCCAATTATTAGTAGCATAGTATTTATGGGTAACTTTACTATGATCGAGGCACTGCAATTGTATAAATTAAATTAAGTTTATATGTTAAAGAATATTAAGTTTCAAAAGATAAATTAATTAATTACAAATTCTGAAAATATTTATTTAACACATTTTAACAATGGGTCATCACTTCTGGGAATGGGGACTTCATACAGATAACCATCAATCTAGTTGTTGAGTGGTTGAGCTTTTCTCCCTGAGGAAGTGTATTTAGCACAACTTATGATAGCATTTCGATATTCATTTTTGATTTATGATTAATAAATGCTTAACAAGATTGGTCATAATTAAACTTGTATGGTAAATAGTAGTGCTGTAAAATTGTCAAATGATTAATCGCCTCAAAAATAAAAGTTGCTTGACTATATTATAAAAGACATTTGTTTATAGTTTTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATATACATAAATATAAATATAAATATTCACAGTACACATGTATATAGTATGTAAATACAAACTATTATCTTGGATGTGATTAATCACAATTAATCATTTGACAGCACTAGTAAATACATTAACTAATGGACCATTATTTGAAGTGTTACCAAAAAAAATCTGGCCTAATCCAAACGGTCTATTTACATTCTAAAAAAAAATGTTTTGTTTGCTTTCATTTTACATTATCACATCCTTTTGTCATTGCGTCATATAGTCTTAACCTCTACGTTTGTTTAAGATACGGTGTTTACTTAAAAACCCATAAAAGCAGTGAATGAGCAGCACTACATTAGGGCTACAGAGTGCCAAGGTGAAGGTAGACATCTGCCACAATTTTAAGCTCTCAGTCCCTATAAAGGACATGTGTCTAGATCAGGGTTTGCTGAATGTTAAAGAGCTACAGTTTAGAAGAAACCAAATCAGTGATTCAGAGCTCTGAATCATGTGTATGTAATCAATTTGCATGTGCTAGTGTTCAACGTCTTCTTTCCCCTTCACTGCTGTGAGGTTACCTCCACTAATACCATCAGATTGAAACACGCTACGCTAATCAGGATTATTGCCCAGCAAGCTGTAATTTGATTATCTAATATCGAGTCAGTCACAGTGGTTCAGTGTCACAGATGACTCAACCCAGGATGTAAAATCTAATCAATGACGCTGCTGTGTCTTGTCTTATGCTGCATTGGTTCCTCTGATTTAGTGTAGCATCAACTTGTTTACAAAACAGACGAAAGATGTACTGTGATTAAGTTCGGGGAAATGCGTAAACAATCTCACAAAATGTACAGCTGTTTAGTCTGCAATTATGCTTGTTTTGCATCCTGTAACCAAGCAACAAACTAAATTGGTATAAAGGGTATTTATGGAGGTTTTTTTAGTTAGTTGATTGATTGATTGATTGATTGATATAAGCTTTTGCTTTTATGAGCCATTAACCCCCCTGTCTCAGCAGGTTGTTTTCACACCTCTAGTTTGAAAAAAGTCTGGAAAGTGATGGAATCAAGTTTTGTTTAGGTGGGAGTGTCAAGTGGCGAAAGAGGGAAGGGTTTGCATGAAAAGGGGAATTTTTATTACGTGCACGCACTGACAGTGACTAAGTTCACATGGACATTAGTAATCAAATAATTTGTTTTAATTTCAATAGACAAAAATATGATTTAGGTGTTTACATGAGTTGCTTTTTGAATGTTTCTTTCATGATCCCATTTTACATGTTATAGCACATAATTCGATTAACGTCATTGTGTCACCACTTCATCCATTACCTCTAGAGTTTTATGTCGTTTCGGATGTTTTGTTGTTAATTTGTCGACTTTACTGCAGTTTGGCACTTTCACTTTTGTTCAGGAACATTTCATGCATGCCCACCGTGACAAATGAGATATTGGATGCGAGTATGAACTGCTGGAAGAGTGTTGTTTTAGTGGAATTTAATACCGCACACTGAATAGGAAAAAAAAAACACTTGCCATGCGGTTGTCTGTGGTCCTTCACTAACTTGATAGGTGCAGAGAACAGCATCAAACAGCCATGTGTATAGACAATTCTGTTGCAAATTGCGGTGAAAATCATTGTGGCAAAAATCCTACACGACGGTAATAGTTTGATTTAAGGTGTTATGTTTACATTCAAAGAGCAGCATTTAGAGTGGATCTTTCAATCCATAATATTGTAGTGATATTTCTGTAAATGTAGTAAACTAAATTTTGACTAAAATATGTGTTTAAAAACTGAAAGAGTACTAGCTAACTTTGCCATCTGAATAAACATAAACAAAGACACTGATCGCACACATACCAAATCCAAGGACAATCAACACGAACTGGAACCGTGTCTCTTTTTAAAAGAAGAGTGGCAGATCTGAATTTCATCACATTTCCAGATTCGAAAAGCTTTCGGATAAAATAGTTCCTTACTCACATATTTAGGTTGTGTGTTAGCAGACCACTGGTGTTTTGTGACCCTTGAAATTGCTTGTAAGAAAATGTAGGGTAATTTGTTTCAACATTTATTAAGAAGTTTGACCAACTGACTGAGTGTCCAGCAATATGGAAAAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATTAAAGCAGTTTATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGATAGATTGATAGATGCATGTTTTACATTTTTAATGCATGTTTTACATGTTTAACATGCAGATAGCTTAAAAGAAATTAATTTGAAGCCATAAACATTTGAGTAACATTAAACATTACTGTCAGTA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Seq C2 exon
GCTCATTCTGGCTGCTAACAGAGATGAGGTCTACAGCAGACCGTCCAAAGCTGCAGAATTCTGGGGCAGCAGCAGCGAGATCCTCAGCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000056550:ENSDART00000079064:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.066
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF057427=NRDE=PU(6.7=94.7)
A:
NA
C2:
PF057427=NRDE=FE(11.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]