DreINT0161862 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000059558 | tecta
Description
tectorin alpha [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110411-120]
Coordinates
chr5:62518734-62523201:-
Coord C1 exon
chr5:62522985-62523201
Coord A exon
chr5:62518934-62522984
Coord C2 exon
chr5:62518734-62518933
Length
4051 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGA
5' ss Score
5.46
3' ss Seq
CCCTCTGTGTGTGTGCCCAGTGT
3' ss Score
8.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGGTGAGATTATGTGGACTTATTATAGACCGCGGTGGCGTGTTTGCTCGCTGTCACAGCAAAGTAGCACCAGCATACTTCTACCAGAGCTGTCTGCAGGACACATGCGTGGATCAAGGCGCAAGAGAGACCATATGCAACTGGCTACAGATCTATGCCAGCACCTGTCAGACACAAGGAGTGCCTCTCATTGGCTGGAGAAGTTCGACACCCTGTG
Seq A exon
GTGAGAATGATTTTCATTTTGCCATGGTCATATTTTGTCACAGGCAGGGCCGGAGTGGGACTCTTTTTCAGCCCTGGAGTTTCAAGCCTCAGACCGGCCTACCTCAGTTCACCACTGACTATATTAAAATAAGGTTATTTCCAATTCAGTTTCTAATTACACTATCACGTCTTTTTTTGAGAAAACAGCACTTTTAGAACTTCAAATGTTCAACAACCCTTACAGTATTATGTCTTAAGAATAAAAATGAAAAAAAAAAAAAAATTGTTACTCAGCCGCGTCATAATCTAACGTACTAACCACTGTACCACAACAGCTATATGTTGAATGGTGACTTATGTAGCTATATCATCATTAACCTGCATCCTGCTCACGAGGCTACGAGAAAATAGATAGAAAAGAGCAGAGCTGCGGTAAAATAATGAATAAGAAGGCTGTGGTCAAGTAAATAAATAAATTATTTTTAAAAAGTGTGACTGCTGAGAGCAACCGATTCTGGAACTAGGGACACCTTCCCTCGCGGCCAAAAAACGGACCGGCCCACCGGGAATTTTCCCGGTCCTCCCGATTAGCCAATCCGGGCCTGGTCACAGGAATGTACAATTGTCACAATAAATAGTTGAGGTAAGGAATTTGTTCTATATTAAATTGTGCTGCGTCTTGAAGGGATAAACCATCCAAAAATGAAAAATGATGTACTTTTTACTCACCTGCAGGGGGTTTCAAACCTACACAAGTTTCTTTATTCTGTTAAACACTTGAGAAGATATTTAAGAGACTAAAAATCTGCACCCATCATTAACATTAAAAGCAATTACTTTGGAAGTCAATGGTTACAAGTTTCCAGCATTCAACAAAATATCTTCTTTAATGTTTAACAGAAGAAAGAGAGTCAGGTTTGGAACAAATGAGAGACGAGTAAATGATTCCAGAATTTAAATAAGAATTTCTGGGTGAACTATCCTTTAAAGGAGATATGTTGTTAATTTAAGCGGTGTGGTGGAAAAAAAACAATGGACTTACAATAAAGGAGAGACAGGATCCATATCTATAGACAAGAATATAATACAGACACTGTATGGAGATCTGTATCTTTTGAATTAGATCATTATGTACGTCCACTCATCCAGCCACAATGTACTTTATTAACCACTTAGCTATGTGTTTTTGTGCAAGCATGATGCATATTCACTTAATAAAATGTATAGATGTATGGCATTGCTATGACAATTATTTATTTCATTAAAATGCAAATACTGTTTACATTTTATAATTGAAACAAAAGTATTTTAAAAAGCCCAATTATATGCAATGTTGTTTGAATATATTTTCATGTATCAGATTTCTATGTAAAACACTTTTTGATAACACTTTAGAATAATGGGCCATTAGTTCATGTATTTACTAACATTAACTAATTATGAATAATCTTGTAAAGCATTTATTAATCATTGTTCAACATTTACTAATGCATTATTATACCATCGAGGGCTTCAAGGACAACACAAACACTTAATACACAAATATACTTCATTAAACGTGTACACATAGACTCACCTACAGTGCTTCTGGAAAGCATAAAAGCATAGCACTTGACTTTGTCCTCATTTTTTTGTTACAGCCTTATTTCAAAGTGGATTAAATTAATGTATTTTCTCAAAATTTTACAAGCAATACCCCATAATGACAATGTGAAAAAATATCTTATAATTGTTGCACATTTATTAAAATTAAAAACCCTGAAAAATCACATGTATATACAGTGTAAGTATTCACAGCCTTTGGCGTGAAGCTGTAAATTGAGCTCAGCTAAATTCTGTTACCACTGATCATTCTTGAGATGTTTCAGCAGCTTAATTGGAGTTCAGCTGTGGTAAATTCAGTTGATTGGACATGATTTGAAAAGGCATACACCTGTTTATATAAGCTCCCAGTGTTTACAGTGCATGTCGAAGCACAAACCAAGCATGAAGACAAAGGAACTGTCTGTAGACCTCAGAAACAGGATTGTCTAAAGGCACAAGACTGGGGAAGGTTACAGAAAAATTTCTGCTGCTCTGCAAAGTTCCAATGAGCACAGCGGCCTCCATCATGCGTAAGTGGAAGATGTTTGGAATCACCAGGACTCTTCTGCTGGCCGGCCACTCCCCGTCTGGAATTTGCCAAAAGGTATCGGAAGCACTCTCAGACCATAAGAAACAAAATTCTCTGGTCTGATGAGACTCAAATTGAAATCTTTAGAGTGAATGCCAGACGTTATGTTTAGAGAAAACCAGGCACCGCTCATCACCAGGCTAATACCATCAATACAGTGAAGCATGGGGGTGGCAGCATCATGCTGTGAGGATGTTTTTCAGCAGCAGGAACTGGAAGACCAGTCAGGATAAAGGAAAAGATGAATGTAGCGATGTACAGAGACATCCTGAATGAAAACCTGCTTCAGAGTGCTCTTAACCTCAGACTGGGGCGACAGTTCATCTTCCAGCAAGACAATGACCCAAAGCACACCGCCAAAATATTAATGGAGTGTCTTCACAACAACTCTGTGAATGTCCTTGAGTGGCCCAGCCAGAGCCCAGACCTAAATCCTATTGAACATCTCTGGAGAGATCTGAAAATGTCTGTACACTGTCCCTTCCCATCCAACCTGATAGAGCTTGAGAGGTATTGCAAAGCAGAATGAGTAAAAATTCCCCAAGACAGACCTTCCAAGTTTGTGGCATCATATTAAAAAAGACTTGAGGCTGTAATTGCTGTCGAAGGTGCAACAACAAAGTATTAAGCAAAGGCTGTGAACACTGATGTACATGTGAGTTTTCAGGGTTTTTTTTATTATTATTTTTAATTTTTTTAATTTATTTAATTTTTAATAAATTTGCAACAATTAAAAAAAATTTTTTTTTTTCACTTTTTCATTATGGGGTATTGTGTGCAGAATTTTGAGGAAATAAATGAATTTAATCCATTTTGGAATAAGGCTGTAACAAACAAATGTGGAAAAAGTGAAGCGCTATGAATACTTTACGGATACACTGTATATGTTATAAAATTGCAGGTTAATGATGTCTGTATATAATAACTTATATTTGATTGTAACTTTAACTTAATTTGATTATATTGCAATATTCTGCACCTTTGTAAAGCTGCTTTGAAACAAGAATTACTGTTAAAAGCACAATATAAATAAACTTGAATTGAATTACTAAAATCCCAAAGTCGACGCAGTGGAGTATGTAGCACGTTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGATCCTCGGCTCAGTTGGCGTTTCTGTATGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCGTTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGTACTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGGTACAGGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCCGTAGTGTATAAGTGTGTGTGTGTGTAGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTTAAAACTTACTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCTCCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGACAAGAAAATGAATGAATGAATGAATGAAAATCCAAAAGTCGTGCTTGTTAACTTTAATGCACTGCGAGTTAACATGAAGTAACGCTATTTAACTTAAAGATGGATAAATACAGTAATAAATGTACAGATTGTTTGTTCATGCTAGTAAATGCAATAACTAATGGACGATAATTTTAAAGTGTGACCCATTTTTTTTGTAGTCAATAATAATGATAAAATATAGTTTGCACTTCCTGGGTTAACATGAACTCTCTTTTAAAAAGCCTTTAATGGCAGGCATTACGCTGACCAACCGCAAACCATGGCTTATTTTACAAAATCTTCTGTTTTGCCAACATGGAAACCACAGGACACTTTATCACAGTCAGAGACTGGTGAATGCCACACATTCATATGAGCCCTTTACAGTGAAACACAATACATCTTCCCTGTCTACTTTTGGAGAAACTCACCCGTCCAGTGAACTCTTCTTGTTTTGCCCCCTCTGTGTGTGTGCCCAG
Seq C2 exon
TGTGGTCGTGCCCCGTGAACAGCCACTATTCCAGTTGTATGATGGCGTGCCAGCCGCAATGTGCCCCTGCGCGTGGACAGAGAGACTGTAATCAGTACTGCGTTGAGGGGTGCCAGTGTGACCAGGGCTATGTGCTGAATGGCAAGAGCTGTATCCTCAATCAAAACTGCGGATGCTACACAGATGGGAAATACTATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000059558:ENSDART00000149979:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.003 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0009420=VWD=PD(15.9=13.8),PF087426=C8=WD(100=42.0)
A:
NA
C2:
PF087426=C8=PD(0.1=0.0),PF0182612=TIL=WD(100=80.6),PF127142=TILa=PU(19.3=16.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]