DreINT0163195 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078430 | tiam1a
Description
T-cell lymphoma invasion and metastasis 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080325-1]
Coordinates
chr10:25656742-25659253:-
Coord C1 exon
chr10:25659029-25659253
Coord A exon
chr10:25656928-25659028
Coord C2 exon
chr10:25656742-25656927
Length
2101 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGC
5' ss Score
9.37
3' ss Seq
CTTTCTTTCTTTGTGTTCAGATA
3' ss Score
11.27
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATCAGGTCAGACTGAGCTGGAAAACTGGATAACTGCTATCCACTCAGCCTGTGCGGCAGCCGTCGCCCGCCAGCACCACCGCGAGGACACGGTACGTTTGCTGCGCTCTGAAATCAAGAAGCTTGAACAGAAGATTGACATGGATGAGAAAATGAAGAAGATGGGCGAAATGCAGCTTTCTGCAGTCACTGATGGGAAGAAGAGGAAGACTATCCTTGATCAG
Seq A exon
GTATGCACAGGCCGTGTTCTGTATGTGTTCCCACTTTTCTGACAGTCTGAATCATGCCCGATAAAGTCAAAGGAATCCTGTATATTATAAGGTTAAGGTACCGTTAAGTCTCAGTTGCCATTGGATTAATATAAGGTATTTATCCCCAAGAGTTGAGACAACTATGTTAACTAGGTGTCATTAGATTATTAGTAGTTTGACCTTTGATATTATCGTTTGATAGTGATTTACTTGGTTAAAGGTTCTGTAAGTAAGTTTTTGACTCTTCTAAAGAATAAAAATGGCATAATAGGTTTACAGATACTTCAGAAACATGCTAAGTGATTATTATTGTTTATCTGAAAAACAATAAGGAAATCAGATATTCTGCTTTGATAATGTGTTTTCTGTGCTGGAACGCTGTCTTTGCTTTGGTTTTTTTATCAACCGACTGCCAGTTTAGCTAATAATATTTCAGCACCCCAGGTTACATGGTTGTAAAACCACATAGACTCACAAAGACTCAAAAATGAGATGTAGATTCAGAGTTCCACTTGAGGTTTTAGTTAGCAGATAATATAAATATTACAATGATGTGTAAACATCAGTTGAGCAGGTTACATTGTAACCCTGTGTCCTAACAACACGCTACGTGACGAGTTTTGCAGTGAGAAAGCAATTTAGCTGTTTGCACTAGACGAAACGCTACAGACATTTAAATACAGCCATTCAGAAGCACAAAATACACACTTCCTCACGAAATGGTAAGGTTTAAATCTGATTAATAAATATTAAATCTCTTTAACATTATTAAATGTACATGTTGAATCACTATGTGTAGGTTTTGAGTCACAGTTCCAATGCCCAATTTCAAACGTTTGATTTTATTTTCAAGATCTGAGGTATGCTGCTGCATTCAGTAGTACAGCAATAAATGTAATGCAAAATGGCATTCAAATTCATATTATTAGCTTTTAACACTTAAAAAAGCACATGAGGTGTACCTGAGGTAAACAGCACTGTCAGTTTGCTGCAAGAATTAGAAGCCACTTTTAATATATCAATTTGAGATGTTGGTTAGAACAAAAACTCCTTTTAATATGAAAAATATTCCCTTTATTGCATGCCTTTGCTTTAACTTAGAACATGACTTAAATCAGCCTGTAGGCTCGATTGTCAGACTCGGCCCTCGATCTGCCAACCTGCGCTTGCGTTTGTTTTGATCCAGGAACGTAATACCTAGTTCAACCACTGGGTGTCAAACTTACATACTGCACTTTTAAATAGGATGTATTTATTATCCAGTATATCTATAAAAATGTTTCGCTGTGCAAATTTACTTATGATCCATCGCATGTAAAATAAAACTTTGTTTTTACATAATACATGTGTATGTCATAAATATGCCTTTATTATTTGAATGTAATGCGCACATACATAAATACAAAACCATACAAGTTTATATTTAATTTGTAATTATACGAAAAACAAATACATATTTATTTTGAATTAAGTATAATATTATCTCAAATTGTTAACTCAAAAATATGCATGCATGTGTATAATAATATTGTATTATTGATAATTATGTAGTAATAATAACTTAAATAAATATAACATTTTATTTTGAATGCAGTTTATTGTTTTTTATTTTAATAATTATTCCCAGATTTGGTGATTTTGACATTTAAAAACTTAAAAGGTTTTAGACGAGTGTATAATTGTTTTGCAAAGGATTGTACATGTTTTAAATGTGCCTTTCTGAACTAATCTCTGACTAACATGTGAATTGATTGTTCTTACATAAAAGAGGAGTGTGTAAATGCGTGTTTGCTTATTTGTGTGTGTGATGTACTTGTCTGTTTATGTGGAGGTGGGGATACTCCTCCGTGGTCTCGGAATAGACTCAGGTCATGCTGGCTTGAAGGAGGCCTGCTGACTAATGATTTATCCCAGCATCCTCCCCCAGTAAACAAAACCGTATTAAAAACACTGCCCACTCTCTAATAGTCAGCAGCTTAAGGGCTCTCATCATTGTGTGGACAGAGAAAACAAAAAGTGTTAATGCTCAAGTATTGGCAAAGTGGGATAAGAAGTGAATTCTTTCTTTCTTTGTGTTCAG
Seq C2 exon
ATATTCCTCTGGGAGCAGAATTTGGAGCAGTTTCACATGGACTTGTTTCGGTATCGCTGTTACCTGTCCAGCCTGCAGGGTGGCGAACTTCCAAATCCAAAACGCCTACTTGCTGTTGCTTCCCGTCCCACCAAACTGTCCATGGGTCGTCTTGGCATTTTTTCAGTGTCATCCTTTCACGCCCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078430:ENSDART00000143978:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.067 A=NA C2=0.056
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=PD(15.8=24.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]