DreINT0165358 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000098686 | tmprss2
Description
transmembrane protease, serine 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041212-48]
Coordinates
chr10:38784272-38786259:+
Coord C1 exon
chr10:38784272-38784424
Coord A exon
chr10:38784425-38785769
Coord C2 exon
chr10:38785770-38786259
Length
1345 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGA
5' ss Score
7.62
3' ss Seq
TTTATTATAATTTTTTTCAGAAA
3' ss Score
8.2
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGGACAGCGGTGGTCCTCTGGTCACCAATGTGCGCTCTCTCTGGTGGCTGCTGGGAGACACGAGCTGGGGTGATGGATGCGCTGTCAGAAACAAACCCGGAGTCTACGGAAATGTGACCTACTTCCTTGACTGGATCTACCAGCAAATGCGG
Seq A exon
GTGAGATTTACAGAACGAATTCAAAGTCTGTTGTAGAGAATGATTATTAAGATGATTATGATTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATGGATGATAGAAAATACATTATTGAAGTAATAGTAGTAATTATTAAATAAGATTTTTTTATGATTATTATATGTATTTGTATAATAATTATATATAATTACATAATATACATGGCAGAAAATTGTTGTTAATAGTATTTGTTTTATTAATTTATTAATTATTAATTTATTATTCATTTTTTTGTGCATGGCAGCAAATGAATAAAAGTTTTTACTTTTTGTTATTATTTTTATGCATGAAAACAAATAGTTAATATGTACATTTTCAATTAATTATGAATTTCCAATTTTTATTATTATGAAAAGCAGAAAACAATATTTATTTATTATTAGTAGTAGTAATATTATAACATTTCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTACTATTATTATCCATGGAAAACAAAATACATTTTTATTATTAGTAGTAGTATTATAAAGTAATAATATGATATTTCTTTAATTATGCATTTTCACTTATGTTTGTGCTTGGCAACAAATACACTTTTTATTATTTTATTGTATATTATTATTATTATTATTATGCATGACAGAATTTCTTTGATATTATCTATGACTAATATTAACTATGAAATTTTATATTATTATATTATTTTCAATATTATTAGTAGTAATATTACTTGTTGTTGTTGTTATAATTATAATAATTATTATTATTATTATTATTATTAGGCATATCAAACAAAATAATTTTAATTAGTAGTAGAATTGTTATGATATTTTTTTATTAATTATGCATTTTTGCTTATGTTTGTGCACGGCAGCAAATAAATAATAATAATTATTATTGTTATTATTATTATTATAAGAATAATAATTATTATTGTTAATATGCATGGCAGAAAATAAATTAATAGTAGTAATAATAATTAATTAATTGATTTATTACTACTACTACTACTATTATTACTATTATTATTATTATCATTATCATCATCAGTATTATTATTATTATTATTATTATCATATTATATTATGCATGGCAGAAAATAAATTGTTAAATAGTAGTAGTAATAATTAATCGATTTATTATTATTGTTATTTGTAGTAGTAGTAAATATTATTATTTTTATTTTGAACGTTTCATTTTTTATTTATTTTATGAATTTTCAATTATTATTTCATCATTTAATATTGTTGTTGTGCATGGCAGAAAAACTCCTATTTTATTTGATTTTATTTTTTATTATAATTTTTTTCAG
Seq C2 exon
AAATATTAGCCTTTTGAATATAAGAGAAGAGCAGATGCCTCAAGAAAATGGCGTGTACAGGACTGTTGACTTGACCTTGGTCTTGGTGATTTTACTCTGTATTTTAATGTAAATGTTTTCATATGAATCTACGAGCTATTTATTTGCACCAGTGCCATAAATAAAGAGAATGGCACAGTATACTACAATTTGCACTTTTTTATTTTCTTAAAAGTATGTTTTGTGTATAAGAACTAATGAAAAAATGTAAAAGTGTGTACCTGATGATGGAGTTTTGTCCCTGATATATTCATGTTTTCTAATTTCAGTGGAGATTTACATTATTACAGTATTCGACATCAACAGTGAAACAGTGCATTTATTTTACAACTATTTACACAAGTTCTTTTGTTTGTAAATTGAATGAAAGTGAATATTTTTGGTCTTCTGACTGAATGTCATTTTTGTGCGTTTGTTAAATCATTTTTTACACATTAAATGATTTTTTCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000098686:ENSDART00000163099:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=PD(19.7=88.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GCTGTCAGAAACAAACCCGGA
R:
GGGACAAAACTCCATCATCAGGT
Band lengths:
353-1698
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]