DreINT0165372 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000053315 | tmprss3a
Description
transmembrane protease, serine 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-70]
Coordinates
chr9:19749996-19766469:-
Coord C1 exon
chr9:19766356-19766469
Coord A exon
chr9:19750162-19766355
Coord C2 exon
chr9:19749996-19750161
Length
16194 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGCTATT
5' ss Score
-9.91
3' ss Seq
TTTCTTGTATTTCTGCACAGCTT
3' ss Score
8.06
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTGTGGTTCAAGACCCAAGTTCAGCGCTCGTATAGTTGGTGGCAACCTGTCAGCTGAGGGTCAGTTCCCCTGGCAGGTCAGCCTACACTTCCAGAATGAGCACCTCTGTGGCGGATCCATCATAACGTCTCGCTGGATCCTCACTGCTGCCCACTGTGTGTACGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000053315:ENSDART00000157653:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF154941=SRCR_2=PU(56.7=87.2)
A:
NA
C2:
PF154941=SRCR_2=PD(41.7=44.6),PF0008921=Trypsin=PU(19.4=78.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]