DreINT0166069 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000020771 | tnr
Description
tenascin R (restrictin, janusin) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030804-1]
Coordinates
chr2:35448433-35452538:+
Coord C1 exon
chr2:35448433-35448576
Coord A exon
chr2:35448577-35452418
Coord C2 exon
chr2:35452419-35452538
Length
3842 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTT
5' ss Score
7.51
3' ss Seq
TAATCCTCTGTTCCTCACAGCTA
3' ss Score
7.4
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGGATGGACAGTGTGGTGATTGACAACGACATTAATAACTATACCCTAACCAGCCTCCATCCAGCAACAGAGTATGAAATCAAGCTGAACGCAGTGAGAGGAAGCCAAGAGAGCAAGGTCATCACCACTACCGTATTCACAG
Seq A exon
GTATTTCCGTCCTCGCTCAATTACTCAGACACACTGATCATACCTGTGCAAAGACCAGTATTCTAACTTACCCTAGGAAAATGTGTTTCGTTCCTCACAGCCTCATTCGTCAAAGTACTTTGATTTGATAGAAATATGGATGACAGTGTGAGGAATGATGCACATCATTTACCATGTGATGAGTGCCATCTCTCACCCTGTGCGTTTCGCCCGTCCTCTGGGAGGCTGCCAACCATCTCGCTGAAGTGAAATGAAATTTTACTAATGGAATCAGTGATCGACAGGGATGCTCACCTGCCATTGTATTTGAACAGCACCACATGCCGGTGACAGGCAGCTAGTGCTATGAGTAAAATGTGTCTTGTTCAGTAATAGTCTGATGTCAATTTTTTGATAAAGTTAATGTTCTTACTCACGTGAACCGGCTAGTAGAAACATGACTAGATATTTTCACTGCCCAGATGGACAAAATGTTGCGATTTTGTGCTTTAATTTACCGTACTCGCTTAATCGTTGCTGTAATACTGTCCATGATGATAAATAGTATTTAATAATGTTAAAGTTAAGCAATAATATATGTTTGGAAGTGCATTTATAAATGAGAAAAATCTAATTTACTGGATTTATTAGGTATGAGTTTGACTTAAACATTGATATTTGTTTAATTTTATAAAGGTCTGGTAAAATTCCTTCCAAATTTATTTTTTTTTTTCTCCAGTTTTTCTATTGGCTTTTATTCATGAAAATAAAACATTTAGCTCTTTTGAACGGGATAGTTTACTCAAAACGGAAAATTTACTCACTGTTTACTCCAATCGATATGTGTTTCTTTATTGTATTGAATACTAAGAAAGATATTTTAAAGAAAGCTGTAACCATTTATTTCCACAGAAGGAAAAACAAATACTATGGAAGCCAGGTAGTTGCAAGTTTCCAGACTTCAAGATACAATGCTCAGCATAATTGAGTTCACCTTATTTTGAAAATGAATATTTGTTTTAGTTTAGTTTTAGTTTAGTTATTTTAGTCTCCAAACATATTTAGAAATTTAAAGATAATATATTTAAATTCAAGCTAAATGTTGAAAAAAAAATTACAACCCACAAATTTTTACCAAAAACAAATCTTTTTTTTTTTTTGTTTCTCTTGATTTTTTTCTCTTTTTTAAAATTTGTATTCAATATTTTTCTATTACATAAGAATTTGGGTGTACTAGTTTTTGGAACATTATCGTAAGTTACAGTGTTTTGTTAGATAAGCTCCAGATTTGCCTTCAGTACTGACTAATCTAATGTATATGCACAAATATAATATTGCATAGCTTCCTATTAAAATTATATGAGTTTAAAAGATAGATTTGTGAGGGGTGTACTTACAGTGTATATGCTGAGCACTGTATCTTCTTTTGTGTTTAACAGAAGAAAGAAAGACAAACAGGGTGAATAAATCATAATATATTGCAAATCACAGATATATAATATTTAAAGGTACTGAATGTAAGTTTTTGACCATAATATGTTTGCAGATATGTAAGAAACATGCCAAGTAAACATTCTTGTTGATCTGAAAATCTATGCTAAAGTCAGTTATTCTGCTTTGAAAATGTGCGTTATGTGCCGGACTGGCTGTCTTTGTTTTGGTTTTTTAACCCTGCCAATGCCAGTTTAGCCAATTATATTTCAGCACCTCGAGTTGCCTTTTTTCATTCATTCAGTTAGACAGGCTCTCATAGTGTGCGTCCATAACCAAAATGCGACCTTCGATGGACAGTACTAGACTCTGTCATGAGACGCAGATTCAGAGATCCACATGAGGTTATTAATTAGTAAACAATATAAATATCCAGCAAAGTGGTAAGGTTTATAATTAATTAATACAAATTAAACCTCTTTAACATTATTAAATGCACATGCTGAATCACTCATATGTGTGCAGTCACAATTCTAAAGTTCAATTTCAAATGATGTATTTTATTTTCAAGATCTGAGGTGAGCTATCTGCTGCTGCTTTCAATAGTCTCGCAATAAATGTCATGTAAAATGCCATTCAATCTCGCATTATTAACATTTAACACTGAATAAAGAACATGAGGTGTACCTGAAGTGATCAATGTCAGTTTTATGTTGTTTAGCTGCAAGATACTTAAGCCGTTTGTAAAGTATAACTTTCAGGAGTTGGTTAGAACAAAAACTTCTTTTAATATGGAAAATATTCCTTCCATCGCGTACGATTGCTTTTATTTAGAACATGACTTAAAACAGTCTTTAGGCTCAATAGTCAGGCTTGCTCCTGTTGGTGTTGTCAATCTGGCAACCTGCACTTGGGTGTGTTTTAAAACAGGAGTGCAATACTTAGTTTAACCATTGGGTGTCAATCTTACATACTGCACCTTTAAAAATAAAAATAGTATATGGAATCTAAAATATAAAGTCTAATAAAAAAAATGTAAGTAGTTCATGTAACAGATAAATACATATGCATTAGTGAAAGAGACCCTGTATAAATAATGCCTAGTGAACCTTTCATATTATTATAATGTTAAAGGCTTAGAACGGAATAGTGCTTTAGATGTACATTGAGATATTTAATTTACCGACTCAACAGGCAAATCTCCTTTTTTCCAGATGTGCCTTATATCACTGGAATGAATTAATTAGTCTATGTCTCAAGTCTCAGAAGTTAACTAATTAGTCATATCATTTCATGCAGTATAATAGAACACACAGAAGCTGGCCTTTGCTTATAGACTGCTGACTTGCTTAATAACTAGGCAGGTTTGTCTATACATCAGAGCTAAGCTACACTCCGCATTGCAACTTAAAGCCTGACAGCTTTGTTCAAAGCTTATAAAAATATGACAGGCAAACAATCTCAAGCTGCCCGTGTTGACAACAATCTTGCCAATGCTACAACAATGCAAAGTGACAAGCTGGCTCTTGTTCTAAATAATGCATCTTTTGGAAACAGCTTATTATTAATAGGATATAGCAAGCAGTCTAGCTCATTTCAGCTCTTACGTAAAGGGTGACAAGAGGGGTTGATGAAACATGATGGATCTGGTTCATGGTTGTGTTCTGGTTCACAGCTCTGCCTAATGACCGAGTGAAGATCATCGAGTTCGCGTTCATTGCATAAGGCGAAACTGATATTCTCCTCCTAGCCTGTCAGCGCAGGGGCATGTCAAGACGTGGTAAAGCAGAAAGAGAGGAAGGTGTGAAGTGGAATCGGGGGATTTCGCGTCTGAACTGCTGTCAGGCGGCGGAGATCTGCTACTCTGAAAGGTTGTGAAAGAGCCTACAATTTCTTGGAACAGAGTCAATGGTGCCTAATGGGAGGGTCAGCGCTCTACAGCTGTAGAAGCGATATGGCTATTGCCAGAGAGGCTGGCAGAACACAAATGCGTGTGGGATCGGATAATGTGCGATTATGGTCCACCGACCTCATCTAAGAGGACATACGCCACAAATAGTAGACTGAGTTTTCTCCTGTCTGAATAAAAAGGAAAGGCCATCTGTGAAAGTCGCAGCACGGATAGAGGATTACGAAGAACAACATTTGTCATTACTCACTCTCATGGAAATGCTATTGAGAATGAGCTCTGCACACATTTGACTGTCTAATTTCCCCCTCGATGTCGGCTAATTAAGGAAATTGTGATCTTCTCCAGCCAGATAATCACAACAAATTAGTTCCGAGCTGCCGAGGTGCTCTATTTTTAAATTGGCGGCGAATATCGTTTGCACAGGGAAGAGAAAAAAAAAAGGGCGAAGATGAGACTGCTGCCAATTACCTTGGCTGAGCTTATCTCAAACTGTCTGTCTGTAATCCTCTGTTCCTCACAG
Seq C2 exon
CTATGGACATGCCAGCGGAGCTCACTGCACTGAACGTTACACCCCAAGGGGCTCTGCTGCGCTGGAACCCCCCAGCTTCCAGTGTTGATAACTACGTGCTCACTGTCACCCGGAACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000020771:ENSDART00000015827:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF140541=DUF4249=PD(19.1=93.5),PF0004116=fn3=FE(44.1=100)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PU(48.7=92.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]