DreINT0170279 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052170 | uap1
Description
UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-1233]
Coordinates
chr6:35058693-35063518:-
Coord C1 exon
chr6:35063346-35063518
Coord A exon
chr6:35058887-35063345
Coord C2 exon
chr6:35058693-35058886
Length
4459 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
CATTTGCTTGTGATTGGCAGGTT
3' ss Score
6.13
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGTAATGGGGGTCTATACAGAGCTCTCGGGACACAAAATATTGTGAAAGACATGGAGACTAGAGGAATCTCCTACATACACGTCTACTGTGTGGACAACATTCTTGTGAAAGTGGCCGACCCTGCTTTCATTGGCTTCTGTACACTTAAAGGAGCAGATTGTGGTGCAAAG
Seq A exon
GTAATTTCTAAACATTTCAGCCGCGCCCTGGCTAGTTTTTCCTCTTTTGTGCATAATGAAGAAAGGATTGTACATAGCAGGTTCTTTCAGAAATGTATACACAAATGCACAACCTTAAGGCTTCATTATTATTAACTTGTGTTGTGTATATATTTAGATTTTTGTTTTAGTTTATTTGTTGCTGATTTATTATGGACTTTTTGAACGCCATGATGGGGGAAATGTGTTTTGATAGTCCACTAGATGGAGCAACTGTTCAAAATTAAAATAAAAAATAGATTTACAGCATTCAAAAGTATGGGGTCAGTACGTTTTAGTTAGTTAGTTAGGTAATTTTTTATAATTGTGACTTTTATTCAACAAGGATATAAAATTGATCATGAAATGTGACAGTAAATACATTTATAATGTTACAAAACTGAAACAGTCAATCCCTAAAGCACCCTGAAGCAACAATAAGTGCATGGGAAAATCACCATGTGAAAATGTGCAAAAGGGAAACAACAATCCTACACACTATCAATAATAGCTTTTTCAATATGTTATTATATAAGACATCTCAGTCCAATGACGTTTATCACTTTAAAAACCAAACTGTCATATATAACAAAAATGTTCATACAGCAAAGTGTTGGTACTATGTGGAATAGTGTTTCCCTTTTGCACATTTTCACATGGTGATTTTTCCCATGCACCTATTGTTTTCTTCAGGTGTGCTCAGTTTGCTTTACGAACATAGTTTTAAAAATTAAAAAATGCTGGACTTTTGAACATACGACAAGAAAAGTTTGTCTTATTAAAAAAAATCTGTTTTAGCATTAAAAAATAGAAATCAGTTTAGTAATAAATTGTTAAGAATGGTGGCACGGTGGCTCAGTGGCACGTCACAGCAAAAAGGTCGCTGGTTTGAGTTTGGGCCAGTTGGCATTTTTTTTGTGTGTGTGGAGTTTGCATGGGTTTCCTTCAGATGCTTTGGTTTCCTCCCCAGTCCAAAGACATGCGCTATAGGTGAATTGAATAAACTAAATTGTCCATAGTGTATGAGTGCATGTGTGAATGAGAGAGTGGGTGTTAGTTGGTGGTTCATTCCACTGTGGCAGCCCTTGATAAATAAGCCTAAGTAATAAGACTAAGCCAAAATAAAATGAATTAGTGAATGTAATTTAAGAAGAATTAGTTCAATTTCATGTGACACTGAACACGTCAGTGTCATTCATCTTTTGTCATTCCAAAAAATGTGATTTAAAATGTGATTTTTATATCTATGTCACCAAATGACAGCTTTTTGATCAAATAAATTACCAGAAACCTAATCAAACCTTACCTTTTTACTGTATGTGAAGCAGTAAGAGGAAGGGAATTAAGGAATTTTAATTATTTCTTTTTTTTAGACTCCTCCCAAGTAGTCAACTACCCACTTCTAACTCTTCAACTAGTTATTTAATGATGCTTGCGTTAGAAATGTTTTTTTTTTTCTTTTCTTACGTGACTCTCCACTTAGCCACACATCCTCGTTCCTCAGGATGTTGCTTCAGGTAACATCTTCACATGTTCTTCTGCAGTCTGCATACACAACAGCAAGCAGGGAAAAATACTTTTATAAGGAACGGTGGTAATTCTGGACATTTTAACTGGTCTCCAGTCAGGAGCTAAATTGCCTTTTAAAACTCTTATATAACCAGTCTTGTGATTCAGGAAGCCAATTAATTTAGCCATTATTTTCAGCAAAACCTCACAGTCTGTGACGCTGTGGTTATTATGATGCAATGGAAAACAAATTACTAGCCAATATCTGTTTGTGCACATCCAATTTATATTATCATTAATATGTTTTAATGATGATTCAGCATAGATATCCAACATCTAATTGTAAATGTGTATCTGTGACTATTATTAGAAATGATTCACAAGAGGTGATGTGTGTTTCACAGGAGGAAACGTTAACATAACTCTCCATGTTTTTCTTGACTGACCAGATAGTGATGTGCTCACCATAGTGTTTGATGGAATCTGGAAGTGCTTGTTTTATTATGTCTGAACACATTCTTCCGCCATTAGAGTAATTATTCTGCTCTAATTCTTTCTTTATGAATTGGGGTAGTTTAATCCAATGTTATTTGGAAGTGAGAAATTGGTTTCACCTTAAAAGTGTCTTTTGATTTGGCCTGAAACCATTAGAGTGCAAAGCATTTGTGAAAGTATTCGCACGTGATTTTTGGTTCAGATGTAAATACTGAACAGCTGCTTTTGAATACTGAGGTTTCTGAAGCTGCTAGCAATTAAATGGTTCCTTCGTGACAGGGGGATGATGGTAAGAAAAATCGGACCCACCCACCCTTTATAATTTGTGAAGCATGCATTTAAAGTGGCTTTAGCTCGAAGACATTCCCCCATCCCTATCCCTCCACCCAATGCTAACCCTTCATCAACCAAGGAGTTTATAATTTGTTTCTCAGATGAATGGAAAGGGTTTTCTGCATTTGCCTCGGCTGTAATTTAGCACAGACCTCAGGCAAACACAGACACAAAACTGTGTGAGCCATTCAAACATAGCAGGACAGTTTTATTTAGCACAAAAATGACAAATTCAGAATTTCTTTCATGTATTTATTTATTTCTTAACATGTATTGATTTTTAAATGATTAAAATACACCTTTCAGAAACTGTGTTAGGCTTGGTTTTATTACTTGACAAGTTATTATTACAAATTGTTATCTGTTGATGTAGGATATAATCTTTATGACAGGTGAGAAATGCAAACAAAATCTATTGTAATTATTAACAAGAGTTTACATGGCTTGTTACAGTATTTTAGATTCTCTCATTTGTATTTAAATGTTATAATGAGGGTAATAATAATGAAAAATAGTCAGTATTAACTCTGTACTGTGTGGTATAAAATAAAGCTAAAGCTTTTGGCAAAAACCTATATCACAATTGAATTCAAAATATTAAAGTGAATGCATAGAAGGTTGGTTTTTGGACAGTAAGGTGTAAGTGTGCGTGTGTGCGTGCAAGTGCGTGTGTGGCTGCAACAGTACTATATTATTTCAAATGTATTTTTCTTATTATTTTTTTATCCCTGTAATGGCAAAAGCTAAATTTTTGGTTATTTTTTTAATTTAGCCTTGAGTGTCACACTGTAAAAAAAATAAATTTCTTCATACTGTCCCAACACAAATCCATTAAGTTAATTTAATCATTTTTACAAATTTAAGTGAATTGAATCTAGAACAATTAAAGGGCACATATTTTACCCCTTTTTCAAGATTTAAGATAAGCCTTTTGTGTCTCCAGAATGTGTCTGTAAAGTTTCAGCTCAAAACACCCATCTCATTGTTTATTATACCTTTCAGAATGTTAGCATTTCTGCTCTGAACACAATGTAGCTGTTTTTGTGGCCTGTGCCTTTTACCATTTACCATTTCCACATCCCTGTCAAAGTGTGCCTCAATCTCTGCCTCTGCTGTGTCAGATAAACAGCATAAAAGACATGAAGGAAGCAGATCTCGTAACATTTGTGAGAAATGCTACAATAAGAACTTTCCCAATGATTATTTGATGTATTTGTTGTGGAGTTAATTTAAGCCTTTATGCAACGAGTCGCACAAAATGTTGTTACAAAGTTCACGCACACACACAGTGTGCGTTTAACCTTGAACTGTTTTTGCACGAAAAATGTGACCGGATACAAATTAATATCCACTACTGTATGGAAATCCATTATGTTAATGTACAAAATAAAGATGCGGCTGTGGTTGATAAAGACGGTAAAACCGCTTTAGTTGATTACAAACATGCACTCTTTTAAAAACATTTTTAAATGGTAAAACTCATTCTTGATCACATTTGATGATGATTGATGATCACAGAGAGTTGAACAGATCTTTTAATCTCAGTTTGTTTTGTGCACGTCCCGTCTTGTTGATATTATATGCGTTACTACAGAGATGTGTAAATACCCGGCTGTCAATCAAATCGGTGGGTGGAAAAAACTCGCTCCTACATTACATTGCATTAGGCCTCAGAATAGATGGAATTTGGATCTTATTTTAACATCAGGATTTTTTTTATTTTTAAAAAGAGGCTTTTTTTCTTTTATTTACCCAAATATGACTCTGAACACACTATACCTACACACAGTTCGGTCCAAACTGCTTCAAAAAGATGATTTTTATCATAGGTTCCCTTTAAGTTGTCACAAAAAAAAGCTTAGGATATGTGTTTTAACTCATTTTAAATAAGTAGTGTTTAAAACAAACAGCAAATGTCTTTTTTTTTTGAGTGCATGATTCTTCAAAAATAAATCTGTGCCACAATAAAATTGTGCTGTTTAATATTTTTGTGCTAAGCTTTTTATTTTGCAATATTGCATATTCACAAGTGGTCAGGACATTGAGACTTCAAAAAAGCATACATTTTGCTGAATTAATAGATGCATTTGCTTGTGATTGGCAG
Seq C2 exon
GTTGTGGAGAAGACCAATCCCACAGAAGCAGTGGGTGTGGTCTGTAAGGTGGACGGCCGTTATCAAGTTGTAGAGTATAGTGAGATTACCCTGGCAACGGCGGAGAAGAGAAGCACTGACGGTCGACTGATGTTCAATGCCGGCAACATTGCCAATCACTTCTTCACCCTCACTTTCCTCAGAGAGATTGTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052170:ENSDART00000073970:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.006 A=NA C2=0.015
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0170413=UDPGP=FE(13.3=100)
A:
NA
C2:
PF0170413=UDPGP=FE(15.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]