MmuINT0168752 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026670 | Uap1
Description
UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1334459]
Coordinates
chr1:172081074-172087227:-
Coord C1 exon
chr1:172087055-172087227
Coord A exon
chr1:172081268-172087054
Coord C2 exon
chr1:172081074-172081267
Length
5787 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
ATTGTCTGTTTGATGGGCAGGTG
3' ss Score
7.66
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGGAATGGTGGTCTCTACCGGGCTCTTGCAGCCCAAAACATTGTGGAGGACATGGAGCAAAGAGGCATCTGCAGTATTCATGTCTATTGTGTGGACAACATATTGGTAAAAGTGGCTGACCCGCGGTTCATTGGATTCTGCATTCAGAAAGGAGCAGACTGTGGGGCAAAG
Seq A exon
GTAATGCCTTCCCAGCTCTGACGAGGCTTTGTCTGTTAGTCTTTTTAAGGCTATCTGAATAATTTAGAACCATCCATCCAGCTAGAGTATCTGAACCATTCCGTTTGGTTCTAGAGGGTCTCAAGTTCTTGCTTCACACAAGAATTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTACATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCGTCAGATCTTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCTGGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCTTCACACAAGAATTTTAACAATGTGAGGATGGTTTGTGACTCCTTGAGACAGTGAATGGTGGTCATTGTTAATGGGTTTGTTACTACTCTCAAGGCATGTTCAAGCACTTTAAGCTGTTGTTCCTCCTGCTGGAGTAGTCAGGCAAGGGGGTGTGGTAGAAACAGCAGGTGTAAACTTCAGAAAGGCATTTAACAAGGGGTCTCACGATATTCTGTGAATAAGACAGAAATGTGGAGATTACGAATAGACACTAAAAGGAATTCAATTACTGTTGGAATGACTAAGCGCACTGATAGCAGGGTAGAGGGAGGTTATGCTGTGTATAAGAACAGTTAAATAGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGAGATAGATAAAGCTAGGAATAAAATAGAAGAGACCTTAACATTTCAGAAGATTTAAAAATATTTATACAAATATTGATTTTTCTGAAAGTTTTTTAAAGCTTCTTTTCTCAACAAATAAATTATAACACAGTCATGTTAGATCCCATGGAGACTAATGGGGAGATATCAATGAAATGATCTCAAGGTTTAGAATAAACTGGGAAGATGGCCAAGAAATAACACAGGCTCCCTTGATGCCGACAGAGCCATCTGTTTTGGTATAAATGATAGGAGACTTTCTAGTTTTGTATGCGGGTTACTAATAGCATGGTGTGTTTATGTGTTGCATTTGGTTTGTTTACGAGCTGAAAGACATCTAGGTAGATCCTCTATCTTAGCTCTCGTGAGCAGGACAGCAGTGACGCAGGGACAGAGTTCTTGATTTGCTGACTTCAGTTCTTTTCAACCTGTACTGAGTAGTGCGGATAGCTGGCTCACATGATAAATATATTTTTTGGAATTTCATGTTGCTTTGTACAGCTTCTATGTAGAACTAATATTCCCACCAACAGTGTGTAAGAGTTTCTTTTTTTTAGGGCTTTGAAAGATAGCTTGCAGTTATGATTCCAGAGGATCTGGGTCAGTTCTCAGGGCCCACATAACAGCTCACAACTATCTGTGGCTCCAGTTCTGGGGACCCCACGCCCTCTTCTGGCCTCTGTGGGCAATGCATACATACATGCAGGCAAAACGCTTCTAAACATGAGATTAAGAAAATCTTTTTTAGAAAAGTTGCCTTTTCTACATTTCTTCACTGACACTTTTTCCTTTTTTGATTACATTCATTCTAACTGGAGTAACCATTAGGTAATAATAAAGAGGTAGAAATGCTAATGACCCCAATTTGATCATCACATATGTATATTTTTATTGAATTATGCAGTATCATATAAGCATAATTATAATGATTTAAAAATGAAAAATAGAGTATTTCAAATTGTAAAAATGAATGAGAAAATAGGCGAAGTAAAACACATCTCTTCTTCAAAGCGCATGCCAAATCACTCCAAAATGGACACACATTTAAATATAAACGTGAAACCATAAAGATGTAGAATGCTTGTATGTGTTTGGTGTAAAAGTCGAGACCATGTGTGCTCTGACCAAAACAAGGTGGGCCATATGTGATGTGAAATGTCTGTTAAAAATGAGACCTCAAAGGCTAGAGAGATGGCTCAGATGTGTGTGGGTTTTTTAAAGATTTATTTATTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGACTTCAGACACACCAGAAGAGGTCGTCAGATCTCATTATGGATGGTTGTGAGCCACCAAGTGGTTTCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTAGAAGAGCAGTCAATACTCTTACCTGCTGAACCATCTCACCAGCCCAATGGCTCAGATGTTAAGAGCACTTGGCTGTTCTTTGGAGTCCAGAGTTCAAGTCCCAGCAACCACATAATGGCTCACAACCATCCATAATGGGACCCAATGCCCTCTTTTGGTGTTTCTGAAGACAGCGACTGTGTGTATATATAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGACCTCGAGAGACACACCATAATCTTGGTTAGAGATTTTCTATTATAAATTAATTTCTTTCCACATTAGTCTAAAAAATAGTTATATTCAGAAGCTGAAGCCCTACATTTAGCAATTCAGGTTTTGAGAGATTAAAGTATTGGGTCTAATAAGACTTTATCTTCTTTGAGTGTGTTGCTGTTAGCCTAGGCTGACTTGAAACTCATGGCAGCCCTCCTGCCTCGGCTTCCTAAGGGGCTGGAATTATGGGTATTCTCTGACTCTGAAGAGAATCATTGATTTATCATCTAATTAAGGCATTGGTCTAATCAAATACTCGATAGCACATGCCATGTGTTTAATCGCTACTGAATTGCAGTGGAAACAGCACAGTGAGCTGTAAGTAGCTAGCAAGCTGAAAAATCATCGAAGCATAGCAGTGCGTTTCTGACCTTGTTTCATTTGGTGTCACTCTTCCTTTTGAGACAGGGCCTTAATCTTTACAGATGTAAGCTTCAGAGTCAGTGTAAAGACTGAGATCAGAGGATCTGGCCACCCCGTTTGATCTAAGATATTGACATTCTTCATTCAGATAGTTCGTAAGTCCCACATTTTGGGTCGTTAATTGTGTCTGCGAAGCAGGGCTGGAATTCATGTTCCCAACTCTTACTCTCTCTTCCCTTATGCATCTGGAGAATAGTCCTGCTTGCTGGAAGCTGGTGTGCTGACGTGTGTGCACTGCTCACAGAGACATGAGTCTTCATTTCTCCTAAGTCGGGCTGAGGCTCCCTTCTGCAGCCTCACCACTTCGTCCTGGGTCTGGCATTTAAGATTGTAGTCATTCTGAATGAATAAGAATTCAGATGGAACCCAGCTAAGATTAGATTGACATAGGTAACATTTTTACAAAAGTTAGTTAGCAATATTTCTCTCCCCCTAGCTTTGTTTTTTGGGACTTGACTTAAGTTCACCTCTGCTTTCCAGGTGCTGGGATCACAGATATATGCCACTTGGCTAGACTTTTTTTTTTTAATAAGTCAATTAAGATACTAAAAATATATTTGACACATTCTTTTCAATTATACTTTTATTATTTAAAACATTTTTAGATTTGATCATATTCTTCCCCTCTACAAGCCTTTCAGATCATCTCCCTCACCCAACTTTTAAGTTCTTTCTCAAAAAATAAAAATAAATAAAATAAAAATAGATTACAACAGCAAAGCCCCTTAAAAATCAAGAAAACAAAATAAAACATTATCCAAAGAGAAGCAACAGAACAAAACATCAAGTTCTAAGCAATCGTTAATTGTGTTATCTTGGATTCTTGCTTTTCAAAACATTATAAACTATTGATCAGCTCTCTTAACTTTATTCCGTAAAATTTTCTTTATAATACAACTGACTTCCAATGATATGCAGTTGGGAAATTCTTTTGTAATTTAGACTTTTATACTATGTAAATGTCAATAGTTATGGAAGCAAATCCTTTGCATATAGATTAAATGAAAGCAGTGCAAATGGATATAATTATTTTTTATTTCTCGTGGCTATTTGGTTGTGGGGGTGCATAGTGGTGACTGGAAAATAAATCTCATGTGCATTGTAAAAACTGGAAACTCTCTGCCTAGGAAGGCACCTACTGGAGAGCTAGGGAGGGAGAGCTTGACTGGCAGGCGTCATGAACAGCCCCTGACTGGTTTAAATCTTCTCTGTTTCCTCTCATTTTATTCTGCTTCCTTGGTTAAAAGTTTCTCTCCAGGTAGTACTGTGCCCCTCTGTTGACTACACAGGCACTAAGATGTGTAGGAATCCCTGGTCAGCCAGCTTGTGTCTGTACCTCTAAGTGCTATATGTAAATGAAGTACCTACTGGTTGCTATGCTTGCTGGCAGGAGACTGGGACTGTCCCAGCCCTGCATATTTTAAGAAGTCAGTTGCTGAAGCAGAGATGCAAGCTGACTGGTCCACATAGATTTACGTTATACTTTTCAGATTGGGATAGATTTTTGAAAACACCCTGCTACACACTGCATTATAAAACAGTGCCTTTCAGTATTCCTTTTACTTATTTGATTCTTAAATTGGCTATTCACTTCATCTGAACATTTAATTAATTAAGTAATTAATTAAATAATTAGGTCTCACTCTGTAATCCAGGTTTGGCTTAATGCTTGAAGCAGTCCTTCTGCCTCAGCTTCTTGAGAGCTTCTGTTACCGCAGTGTAGTCCACTGTGCTCAGCTTGAGCCTTGATTTTATGTTGGTGCAATGTGTAGCTAGTCCACGGTTTCCTTCCCGGTATTTGACTCGGGTCCGTGATGTTAAGAGATTATGGTAGTAACAGGTTAGGCTCACCTGAGGGATGCTAAGAATTCCATGTTCTTATTTTTTGCCCTCAGACCTTTTTCTTTCTTGTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTTTCTTTCTCTAGCCTGACTGTCCTGGAACTTGCTCTGTAGACCAAGCTGGCCTTGAACTCAGAGATCCATCTGCCTCTGACTCCCGAGTGCTAGGATTAAAGGTGTGCACCACTACCCTTCTGCCCTTGAATTTGATAGACACTCCCCATTTCTCCTGTCAGCCCAGAGTCATTATTAAGTGAGCAAATCACTGGTTTTCATAAAACGTAAGGGCACAGACTCTTTTACTTTTGATTGAAATCCAGCATGAAA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Seq C2 exon
GTGGTAGAGAAAACGAATCCCACAGAGCCAGTTGGAGTGGTTTGCCGGGTGGATGGAGTATACCAGGTGGTAGAATACAGCGAGATCTCTCTGGCAACAGCTCAAAGGCGAAGTTCAGATGGACGGCTGCTGTTCAATGCAGGGAACATTGCCAATCACTTCTTCACTGTCCCGTTCCTGAAAGATGTTGTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026670-Uap1:NM_133806:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0170413=UDPGP=FE(13.3=100)
A:
NA
C2:
PF0170413=UDPGP=FE(15.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: