DreINT0171893 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061541 | unc5db
Description
unc-5 homolog Db (C. elegans) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060531-162]
Coordinates
chr5:26740987-26745045:+
Coord C1 exon
chr5:26740987-26741019
Coord A exon
chr5:26741020-26744859
Coord C2 exon
chr5:26744860-26745045
Length
3840 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTGAGT
5' ss Score
7.36
3' ss Seq
TTTATGGTATTGTTTTACAGGCA
3' ss Score
8.7
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGAAAGCTGATGCATGATGTTAAGCCACAGA
Seq A exon
GTGAGTTCTTTCCTCCTTGTGAATTTAGATGAGGGAATAAAACTGATAAATAAGCTAGTGCTGATGTGAAGTGGACTTCTGTTTACATAAAAAATATCTCTTTTGTGTGAAGGCTATTTTTTTTTCTTCACTTTTTTAATTAGGATGAGCTCGCTCATCCCAAATATGTGTTCACTTCTACGCTTTGTTACCTGTATCATTATGCTGACAACAGGTGTAATTTGCAGCAAAGTGGAAAACGGATAAGATGGAAAAGATTAATTAGGAAGAATCCAATCTGTCCGTATGGTTTAAATTGTAGAATGGAAATTACTGTTAAACTATGGGATGAATAGAGAAAATGTACTAGTAACATATTCACTGTGTATCTTAGGTAAAAAAGCACCTCGCCCAGTTATATTTAAAATTATATTTATAGCTGTCTCCATAGACATCAGCATGTATTTTACAAAGATTAAATGTTATGTTTTGCCAGTCAGTAACCTAAACTAAATGTTATTTGTTTGAAAACACTTATAAGTTGTGATTTATGATAAGCACTGTGTATCATTTTCTATGCCTCAGAGCAAGCCATCTTATTTTGAATTCAGCATGGTTCTGTAATCACACCGGTGTGATTGTGCTTGGATTAATTCTAATCCAACTGCATCCACACAAAGCAAAAGAAAGCTAAAAAAAGAAGAGTGTATGCAGTGCAGGATGCCTAGAAGGAATTTATAAATGAATGTTAGAAGAAACAAATGCCAGAAAGAAAAACACTGCTGGTGAAACAAGAAAATAAATGTTGAAATTTTGTTATTGTTATCATTTATTCATAAAAGATAAAAAAAAAACTGTTCGAAAAAAAATCCTAGTGAAATAATTTAGTTTTATTAAAGTTTAATTGCTATTACAATATATTCCAGAATAGAAGTATAATTTTTAATCATAACCCAACTAAATCTACCACATCAAATAAAATGTTATTGGAAAATTAAAGCATCAGAAAAATAAACAAAGAAGTAAATATGTTTATTCATGAAATAATTGAAAATCCACCAGGTAGACTAAAAAGTAAATCTGGCAGGTTTTACCTTTATTATCATTTTTCCTGCAGAACAAATATATTTTTTCTCATCTGAAACTTGTTGTGACTTTATATTTAAAGCATTTGATATAAATACCATCTAGCAAGCAAAATAGGCTCAAAACTAGTAAACATTTGTAATTGTGCAGCATCAAAGAGATTAGTTGTAACTTTGACTTTATATTTTTATACTTAACATTTATAATGAATATTTTATTTATGCTGCCATAATTGCTGTTTGTTTTATTGTAATATTGTAAAACATAAGGAACAACAATGCATGTTTATACTTGCATGTATACCAGTCAAGTGATTGGCTGGGCCATTCTACAGCTTGATTTTTTTTTCTCTGAAAGTATTTGAGAGTTTTCTTGGCTGTGATCATTGTCTTGCTCAAATGTCCACTCTGGTTTCATCTTCATAATACTTATCTTCATTATTTACAATGATGAAGGGTAGAGGGTTGCTGAATAATTACTAAGAGATTTCAGCTGCTGTCTGAACCTTCACTGTCTTTCTACACCTTTCTTTCTTTATGTGTATTACTTTTTTCCTTTGTCATTTTATTTTATTACACATAACTTTATTTGTAAATTAATAAGTTGTGTTTTCTTTGCATATATGAATTTATTTGGGTGTTATCAACATCTGGTAAAAAATTTTAAGTCAACAACACCGTTAGAATTAAGTTTTCTGAGAAAAATTGTGACGTGTTCAATACTTTTTCCCTCACTGTATGTGACTTAATTTAAAAAAAAATATTATTAATATTATAATTATTATTATTATAAATATTTCAGTTATTTTTCATTAAGAATTGCAAAGTTTAAAGTGTCCTTATCAACTTCAGAGAATTTTTAAGTGCCACTGAATGTATTGTGTCCATTTAGACAAAGGCACATGAGTGATTGGATGTGGCGTATTAAAATGTGCTATATTTAGAGGAAGCAACCAGGTGTAATCATGGAATATTAACTCACCTCGTCAAGCGTATTATGTCTTAATATCTCCCCTTGTATTATTTTAACCATATTGAGGCACTTTGCGCAACATGCGTTTAAATATGCATTAGTAGCAGGTGCTTCCTCATTGTTTCGGTGACGCAGATCTGAGACTCTTTCCTGTGCATTGATGTGTGAGCTGCGTTATAATGCTTCTAATTAAACCTATTAAATCTGTCGCCCGATGGACATGCAATTAATTCACCTTTACCCTTGGACTCCAACTGGTTTCCAGCTTGATGCATGTAATCCTGTTCAACTTTCTGTACTGCGTCTGGATTTTTGAGATGCGGGGCTGTGGTTTTAAGCATATTCTTTCTCTCATGGCATGATTAATGTCCTCTGTGTCCTCTGTGATCTGGCCAACAGTCCCGCTGCAGAGGTCACCTGGGCCAGTGCTGTAGTTGCCAGCTGAACAGATGTATCATTGCGTGGGGCTTTGGCACACCATGCTGCCAGTTATTAAAGTAGTAAGAGCCCTGGAATTCACACCTCCCAAACTGGCCTCACGTGCCAAGCAAGCAGATCTTTATACACTGCTAAACATGTGCATATTGCACCTGTTCCATTTGCACAGGTGTCCGAAAGATTTGCAACTGTAACCACAATGGCCAGCCGTGACGGATTTGAATGTTTACCTCTCTGCAAAAATCTGTTTTTCTAACACAGTGAGAACAATTCACTTACACAAATCTACTGTTAAATGAGTTATATCTTTCATTTGATTTTTGGTTAGATATAGAATTAAATGTTATAAATGTGAAGTTGGAAAAAAAAGTACTAACCTTTCTAAACATATAATCAAATATTTGAATATTTATTTATTAAATAAGGACAAAATAATTATATTATTTATTATTATTTTATTTAAAATAATTTATTATTATTTTATTTTAACTATTTTATTTTATTTTAATTTATTATATTATATTTTATTATATTATACTATTTTATTAGAATTTTATTTTAATTGATTATATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTATATATATATATTTTTTTTTTTTGCACAATTCTACAAAACTTTTAAATAAACCATATGTTATTTTTATTTTCATAACACTATGCGCTGTATTTTAACGATCTAGGTCTAGGATCTAGGTCTAAGTCTAGTTGTTTCGTGCTATGGCGTATTTCCTATTTACATGACGACTTAGTAAGTGGAAAAACTGAATACTTCACTAGCAAGAAAACAGTTAATCAGACCATCTGCAGTGTGAGGATAAAGAAAATCAAACAACAAATCGCGGCAACGACGTCTTGCACCTAATTGTGCCGAGTTTATAGCAGGGCCCTATATTAGTTTTATTTGTAGTAATAATTACAACTGAAATATTATAAAACTGTCACTAAATATATCTTACTATTTTATTATTACTATTATTTTTGTTATAGTTTATTTATTGTTTAATTAATTGTTTGGTTCTGTGAAAACGTTTGATTTGAACACAACTACAAAACCATGAAATTAAACTTAATTGTAAAAATAATTATAATAATAATAATAATAATTATTATTATATTTAAAGTAATATGTAATATTTAATTGCAATAATAATAATGATGATAATACAGTAATTATTATTATTTATTATTATTATTATTATCATTATTATTACAGCTTAATGTAATAGCTCAATCATTTTCTTAATTATTTCCACAGTATATTGTAATTTTCCTATGGAGTCTAAGTTTATGGTATTGTTTTACAG
Seq C2 exon
GCATGGAGAACTCAATGGATGTAGCGCTGTACTCTGGTTTGGCTGCGGGTGTGATCGCTGTGGTTGTCCTCATCGTGGCCATTACCCTCTACAGGAAGAGCCAGAGCGAGTATGGAGTGGACGTCATTGACTCATCAGCTCTCGCTGGAGGATTCCAGTCCTTCAACTTCAAAACCACCAGACAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061541:ENSDART00000087857:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.167 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]