DreINT0172698 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016163 | usp33
Description
ubiquitin specific peptidase 33 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2323]
Coordinates
chr2:8954224-8957995:+
Coord C1 exon
chr2:8954224-8954404
Coord A exon
chr2:8954405-8957868
Coord C2 exon
chr2:8957869-8957995
Length
3464 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCAGTAAGT
5' ss Score
9.07
3' ss Seq
GTGTTTTTATTTTGTTTAAGGTG
3' ss Score
10.19
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTTGTGCATTCATCTCAAGCGCTTCAGACATGAACTGATGTTCTCCACCAAAATCGGCACTCATGTGTCATTCCCTCTGGAAGGCCTTGAAATGCAGCCCTTTTTGGCCAAGGACAGCTCTGCCCTGACCACCACCTATGACCTGCTTTCAGTCATCTGTCACCATGGCACTGCCAGCA
Seq A exon
GTAAGTTTACTATAACTTTAGTATAACTTTTAATATAAGTTTTTAGTCATTAGCTATGTTTCCATCCACCTATTATTATGCACATTTCGGAATATCGCATTAAATGATGCTTGATGGAAATGCCAAGATGCACATCATTTTTGAAAATGTGCTAAAAAACATCAAACTTTCCAATAACAAGAGAAAAAATGTGCATGAACTATGATAAAAACACTTTTACCAAAATTTCAAGTATGCACATCAAGGGATCATGTGATAAAAATGGGTGTGATGGGATGCCATTAATAGGACAGCATTGATTAAATAAAACATGTCAGATGTTATACAATGAGGTCAAACATTCAACAAATTGTACACATTGTAAAACATCTGAAATGTTGTTTTGGTCATTCTAAAATGCCTTGCGCAAAGTCTGTCATCACAGAGGTTCAGTATTATGATTATTACCTTCAAAACTGTCTTGAGCTGCTGCACTCCCAAAGAGCGTCTCATGCTTCCAAAAGCCACCGTTCGTTCAATGTGTGTCGTATTCGACATCGTCTTTCAAGGTTCAAGTAATTAATTATATGAAAAAAGACACATTAAACTTCTCCCATGCTACTTTTTTGGAAATCTTTTATGCAATATTCCTTTTTTGTGCATACATTTTTTACTTTAATGGAAACATAACTACTGACAGTAGCTATATAACAAAATAATCCATTTAACTGTTTGTATTATATTTCAAATATAAATAGATGCACACTACATTTCGTAAGTTTGGAATATTTATTTTAGGTTTTGAAAAGTATCATATGTTTACCTAAGCTTAATTTAAAATTACAGTAATATTGGGAAATCATACTATGACCTAAAACTTCTATTTTAATATATAGTTAAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTATGATTTTTTTATTTACTTTTTCTTCTCTCTTAAATATTTCCCAAATGATGTTTAACAAAGCAAGGGTATTTTCACAGTGTCTGATAATATTTTTTTCTTCTGGAGAGAGTCTTATTTGTTTTTCTTCGACTAGAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTTAAACACCATTTTAAGGGCAAAATGTAGGCCCTTTGGGCAATTTTTCTACAAAACAAACCATTGTTATACAATAACTTGCCTAATTACCCTTACTTGCCTAGTTGACCTAATTAACCCAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTATCTTGAGAAATATCTAGTAAAATATTATTTACGGTCATCATGGCAAAGATAAAAGAAATCGGTTATTAAAAATGAGTTAATAAAACTATTGTTTATAAATGTGTTGAAAAAAATCTCTCTGTTAAACAAAAAAAGATAAACAGGAGGGCTGATAATTCTGACTTAAACTGTATATGAAAATGTTGTTTATTTCAGGGATAGAAAAAGAAAGCTGGAATTTCAGCAGCTGTTTACTCCCGTCTTCAGTGCAACTAGAAATCATTCTTGTATGCTGATCATTAATTATGAACTAATCAGCACGATTGTTATAGTGTCTTTTACTGTATGATGTTTATGTGGAACTTTTTTTCAGGATCATTAACTGCATTTATAACAGAAATCTTTTGTAAATTAAAACGTAAGTTATTTAAATTATAAGCAAAGTTTAATGCATCCTGATTTTTTATTAATTAATTAATTTTTTTTACAAATCTTACCTCAAACTAAGATTGCACAATATTGGAAATATTTTTTGCAATATACGTTATGCTGATATATTTTAATAATTTTTACCGATTTTTAATACCGATATCTAATTTTACACTATGTACTGGAAAAATTTTGGGCTTTTTAATGCAAAATCTGTGTTTGTTTATATACAGTTGAAACTAGAAGTTTACATACACTGTATAAAAAAGGCACATAACCATAAAAAAAAGTCAGTCAGATGTTAATTTGACTAAACTTTTTCTCTTTTAGGTAAGTTAGGGTTATCAAATGTGTTTCTGTTCTGCTTAATAGCGGAATAATAAGAGAGACATTTTTTTAGAAATTGTTATAACTTTTCTTGAAAGTCAAGTTTACATACAATAAGAATAGTATGCCTCTGAAAAAGCTCAGATGATGGTCTCAAGGTTTTGGAAGTTTCTGATTAGCTAATTGACAACATTTTTGGTTAATTGGAGGCACAACTGTAGAATAGTATTTAAGGAAAACCTCAAACACACTGCTTCCTTGTGTGACAACATTGTCAAATCAACAAGGCAGAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCTGATTACAATTTGCTAGATTACACTGGGAAATAGAATATTTTTGGAGACATGTCCTGTGGTCTGATGGAACTAAGATTGAACTGTTTGGCCATAATGACCTGTGTTACATTTGGAGGACAAAGGGGAAAGCTTACAAGTCTAGGAACACCATCCCAACTTTGAAGTATGGGGTCGGCAGCATCATGTTGTGGGGCTGTTTTGCTGCAGGAGGGACTGGTCCACTTCACAGCATAGATGGCATCATGAAGAAAGAACATTATGTAGAAATACTGAAGCAACATCTCAAAACATCAGTCAGGAAATTAAAACTTGGCAACAAATGGGTCTTCCAAACAGACCATGACCCTAAGAATACTGCCAAATTAGTTAAAATGTGCTTTAAGGACAACAGAGTGAATGTTTTGGAGTGGCCATCACAAAGCCCTGCTGTCAATCCTATAGAAATTTGTGGGCAGAGTTGAAAAAGCTTGTGCGAGCAAGACACCCAACAAATCTGACTCAGTTACACCAATTCTGTCAGGAGGAATGGGCCAAAATTCCTTTTCTTTAACTATTGTGAGAAGCTTGTGGAAGGATACCCAAAACATTTGACCAAAGTTATACAGTTTAAAAGCAAAGCTAAAAAAATACCAAGGAAATGTATGTAAACTTTGGACTGTCTAGGAATTTATAAAACATTCTCAAAAAATGTCTCTCATTATTCTGGCATTTAGCAAATGTAAATCATTTCGGTTATTTTAACGGACCTAAAATCGTAAACGTTAAGTATGATTTACCATCAGACATTTAAAAAAAAAATGGTTATGTTCCTTTTTTTTTAGAGTGTATGTAAACTTCTGGTTTCAACTGTATTTAGGCTATGGTTTATGTGAACAATTATTGGTGCCGATAATTATTTATATGCTGATATCAGCCGATTGTGATTACATATTATTGTTCATCCCTCCTTCAAACTTTACAACGGGAACATTTAAAACAATGGTAAACATTTTAAAAAAACTCAGCTTTCATTCACATGGATAAATTTCCTTTTGGTTTCGGTGGTAAGTGCTTTTTCGAGTAAGACAGGTCAATGGGAGCAGGAAATGGTACAAGTCTGATAATGCATACATTTTGTATTCCATATCATGTGTTTTGAGGTCTAGGCTTGGATGAGGCTAACATTTTAATGTGTTTTTATTTTGTTTAAG
Seq C2 exon
GTGGCCACTATATTGCCTATTGTCGGAATGAGCTGAACCAACTGTGGTACGAGTTTGACGACCAGAGCGTTACTGAAGTGTCAGAGTCCTGTGTTCAAAACGCTGAGGCATATGTGCTCTTTTACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016163:ENSDART00000018114:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0044324=UCH=FE(11.7=100)
A:
NA
C2:
PF0044324=UCH=PD(8.0=95.3),PF063377=DUSP=PU(13.3=34.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]