DreINT0177148 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000006978 | zak
Description
sterile alpha motif and leucine zipper containing kinase AZK [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-386]
Coordinates
chr9:2894531-2902188:-
Coord C1 exon
chr9:2902090-2902188
Coord A exon
chr9:2894648-2902089
Coord C2 exon
chr9:2894531-2894647
Length
7442 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCATT
5' ss Score
4.32
3' ss Seq
TGTCTCTCTGACCTCTGCAGGAC
3' ss Score
10.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GACGGTTCGGCCTCTGAGGAAGCAGACGAGGACTGGAGCAAGACAGTGAACCTGGAGCTGGTGTTTGGGTATCACTGGAAAGCAGGCACAGGACAAAAG
Seq A exon
GTCATTTTACACCCCTATATGTCACCTATACAGAAATCTAATATATGACTATATATTGTATGAACATATAATACATCTAAAAATATTTCCCAAGTGCTGTTTAACAGAGATAATATTTCTTCAACATTTTTTTAGACATAATAGTTTTAATGATTTCTAATAACTGATTCCCTTATCTTTGCCATGATGACAGCACATAATATTTGACTTGATATTTACTAGTATTCAGCTTAAAGTGACAATTAAAGACTTACAGTAACTGGGGTAATTAGGTAAGTTATTGTATTATGATGGTTTGTTCTGTTGACAATTGAAACAAGTATTGCTTAAGGAGGCTAATAATAATGACCTTAAAATGTTTAAAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCTAAAATAAAACAATTAAGACTTTCTCCAGAAGAAAGAAATATTATAGGAAACAGTGTGAAATATTGCTATGTAAATATCCATTGGGAAATTGATTAAACATTAAAAGAGTAAACATTTTGCTGGAGGGCTAATAATTGTAATGTCAGCTGTATATGAAATTTTATATAACATGTTTGAACAAATATGTAAATGCTTGTTATTCCAAAGGTTGAATATAAATAAATGGCCATTTATGCCAAAAATCATTAGAATATTAAGGAAGATGTTTGTATTTTTCCAACCATAATTATATTTCAACTGTTGTTTTTTTTTATTTTTTATAAAAAAATATATTATTATTCAAGTATTATTATTCAAGTCTTGAAATGAACTTTACTAAAGAAAAAAGAAGCACATCAAAAGAAATAAAAAACACATATCCCAATATACACACACACACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAAGGGTGTCACGATCCTCCAAATCCTCGATTCGATTTTCGATTATAAATAATTAATTAATAACGAATTAATTATTTGTAGCCTACCGTTTAAACTATCTGACCTGCATGGTCTTTGTTTGACCCATAAACAAATTATACAGTAAATGAATAAAGGTAAGATACACACATAATCACCACCTGTCAATCACTTTTTCTGCGGGACTCGTGAATAGGCAGTGATCTGTGTCGTTATAATGGCGTCGGTAAAAAAGACGCACAACCAACAGGAACCAGCCAACAGTATCTGAGGTGTTCACTAAAATGACTAAGTACTTGTGTAATGGAAGATGGAAGCAGTCTACTGACCCGCTGACTGCCTTGACCCGCTGTCTCGAGCGCATGACAATGTGTGTGCGTCTGTATCTGTGTGTGAATGAGTGTGTGTGGTCACGTGATGTGCGTTTTCAGAGGTAGTGAGGAAGGAGGGCTGCTCAGAAATGCTACACGCCAGTGTGGATGTGGATCGTTGTCGTTCTAAATTGCCATTTAAAAACAAAGACATATTAGTGTAAACAGGGCCTGAGTGTATTTTTCGCGAGCGGATTTGCAACTGGTGCGGGGCGGAGGATCGCGATGCGCGCATCGTCTATCATCCCAACCGTAATACGTACATAGCAGAGCTTGCAAACTGTGTTTTTTTTTTGTCGACAACACGAACGTTGTCAACATAACTCACTGGAAATCCAAAATGCTTACACACTGGCGACTTCATTGAAAGAGGAGAGGGTTTAAGCTCTGTCGACGGGTCTCCTGCTTCTGCAGTTTAACAAGCTCTTCAACAAGCCTGTTTTTTTCCTGCTTGGCAAGCCAAGCTGACGTGACATGGGGGCGTGGCAGCATCGACGATTCTATTTTTTGATTCGATAATCGAAGTTGAGCATAAATTTCGATCGAAATTTATTATTACTATATATACAACATGAAGGGGTTAAATGAGTTTTTTTTCTAGAAGATGATGGCCTTTCATTCATTTAAACACAAATTGTAAAATGTTTTAACTCATGTCTGATCACTTAAAAAAAAAGTATTAGCATTCCTCAGCAGTAATATTCTTGATTATTAATCTGAATATTGGGGCTCTCTTTAGCGTGTGTGAACTCTCTGATTTATTTGTGATTTGCTGTCATTATTTCTGCATCAGTATTCCTGCTTCACTTCCCATGCTAACAGGGGGCTTTTGTCAGCGATGTGATGCCTTGTCATGCCCGAGACGTTTTTTTTGTTTTTTTTTGCTGCAGCAATTGCAGCGCTCCTTGATTTGAAGTTGTCTTCTTAGAGTAAACGACGCCTCCGACGACTGACCACCGTCTCGCATTTTTTGCTTCCCAAGCCTCTTGTTTTTGTTCTCTCAAAAAAAATAGAAAGAGAAGAGATAAATAATATTTTTTTTTCATCTGGAGCGACGCGTCGCATCCACCCCCTCTTGCCGGCGAGCCTTTGTTTAGGCCCCTGACACAAGAGAGCGACTGCTTCTTCACTTTTCCCTTTGAATTTAATCAAAAAAATTTAGCCAGAAGTCATTTTCTTTTTAAAAGGCAAATGTTATTTAATCTTTCAGCTGTTCATTGTCCCATCATAAAAAGTCCCCTTTCAAGGCGTGCGGCGGGGCTGAAGCGGGGCCGCTAATTGCCTCCTATTTCTCCTGACATGTGGTGGTTTGGTTGGGAGGAAGCTCAGCGGGAAGAAGGAAACAGGAGTCTGAGAAAATGAGAGCTAATTATTTTCCCCTGCCTGGTGTCAGCCTCCGTGTCAGCCTTGTTTTTACAAACTGCAAGCTTTTTTTTGCACTAAATAAAACAAACCCGCTCTGCTCAAGGTTTTTTTTTTCTCTCGTCTTTTACGCTCTCTCTCTCTCTCGTTCCTGGCGGTGTCGTGGTACCAGCTGCACTTCTCAAAGCCTAAATGAGACCCTGCGATTGTGCTTTTGCCCATCTGACAGCACCGAGTGTTTCTGTTAATGAGGATATCAGGGCTTAGTCGCCGGAAAAGGTGCTGAATTATGTATGAGGTGTCATTAGACGCTTACCACGCTGGCCGTCATTACCGCACATTGTTTCTGCGGCTGCTATTAGAGAACGGCTAACGTTTGGCAAACGCTCGGTCAACGCTTTAAGCCCCGTCCAGAAACAAACACACACGTGCTTGCTCTGCTCCTAGCGTGAGTGTGTGTGTGTGTGGCGGGAATGAGCACGTGCTTTAAGCTGTTGCCTTTGACCTCAGCACCGGGATGGCAGATTGGACGGATCATTACCGCTCTAGCCTGGCCTCTCGGTACAGGGGGGCTCATCTCCATTGCTAATGCGAAGGAGAATGGATGTTCGGGTCTCTCGCTCTTGTTATGGCTGAGAAACGAACACGGACGCTTTCCTGCACTCTGATCTCGTCTCAGCACATCATTCTGGCCTAGAAACCGGAGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGAATGAATGCTGGAATGATTTATTCTCACGCTTCCTCAGGGATGTTTGCATTCACACGCCACACCTTACGGTGCCGCACAGATTTACAGCAAGACAAAGTCTGAAACCAGGGATTGATGGGAACTTTTTTTTTCTTTTCGGTAGCATATTAGGCACTGTGGGGCGAGGCAGTGGCGCAGTAGATAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGAACCTCTGCTCAGTTGACGTTTCTGTGTGAAGTTTGCATGTTCTCCCTGCCTTCATGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTAGGTAGGCTAAATTGTCCATAGTGTGTGTGTGAATGTGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCGGCTTGAAGGGCATCCACTGCGTAAAAACTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTAATTCCGCTGTGGCGACCCTGGATTATTAAAGGGACTAAGCCGACAAGAAAATTAATGAATGAATGAATGAATGAACTAGACACTGTGACTTTTAAAGTTATAGTGACTCAGCATTTTTATAGGTGCTAAATTTGTTTTCTTACCCAAATCAATTAAGTTAACTTCATTGTTTTTTACAATTTTAAGTGGATTTAATATAAAACTTTTAATATAAAATTAATATAAAATTAAGTTTAAAAAATCAGAAATCAGGGAAATATTTGCTTTTTTCTGCAGTTGACGTCAGAACAGCAGGAACCGCTACTAATTCACCAACGTCACTTTAGAGCTAGTGTTTGAATGATTCTCTAGCGTAATGTCTAAAGTGATGACAAAACAGCTGATTCACTCACATTTTAAGATTATAACGCTGAACGGCATGAAATGCCATCAGTCTACAGAGATTTCCCTGTTTTTCTCTGTTGGATCACAATAATTAACCCCAAAAAGATGGCGGCCGATGCACTGAATCCGATACTCCAAAATTATAAATATTTTAAAATAGACACTATCCTTAAAAATAAACTGCATATTCGCAATCTAATTAGCTACATTCTTGCCTAAAAAAGCTTTAAAAGTACATTATGTTGTCCAACAGCAGCAATATTGCCGGCAGCTAGCTCTCTACAACTCTCACATGGTCGCCCTCTTTCTTGGTAGCATATTAGACACTGTGACTTTTAAAGTTATTGTGACTCCGAATTTTTATAGGTGCTGTATTTGTTTTCTTACACAAATCAATTAAGTTAACGTCATTGTTTTTTACAAATTGAAGTGGATTTAAAATAAAACATTTAATATCAAATTAAGTTTAAAAAATCAGAAATCAGGGAAATATTTGCTTTTATCTGCAGCTGACGTCAGAACAGCAGGAACCGCTACTAATTCACCAACGTCACTTTAAAACTAGTGTTTTTATGATTCTCTAGCGTAATGTCTAAAGTGATGACAAAACAGCTGATTTTTGCTCACATTTTAAGATTATAACGCTGAACGGCATGAAATGCCATCAGTCTACAGAGATTTCCCTGTTTTTCTCTGTTGTATCACAATAATTAACCCCAAAAAGATGGTGGCCAATGCACTGAATCCAATGCTCCGAAATTATAAATATTTTAAAATAGA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Seq C2 exon
GACTGCAAATGGAAAATGTACATGGAGCTGGACGGGGACGAGGTGGCGATAGCGTACATCAAAGACGTGACCTTTAACGCCAACAGACCAGATGTAGATGTTTTAAAGATGACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000006978:ENSDART00000102823:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]