MmuINT0022488 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000004085 | B230120H23Rik
Description
RIKEN cDNA B230120H23 gene [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443258]
Coordinates
chr2:72256012-72271541:+
Coord C1 exon
chr2:72256012-72256104
Coord A exon
chr2:72256105-72271424
Coord C2 exon
chr2:72271425-72271541
Length
15320 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
GATTCTGCTTTTAATTCCAGGAT
3' ss Score
8.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTCAGGAGGGGAACCTGAAGAAAATGAGGAAAAAATAGTGAACCTTGAACTTGTTTTTGGTTTTCACTTGAAGCCAGGAACTGGCCCACAG
Seq A exon
GTAACATGTTGCAAGTCCTTTGGGCATTTTCGATCTGTAACTCTGTGGTTTTATACACGAGCCCCAACCACCTGGTAACACGATTGTGAATAGAAGTGTAGACCTCATAAAACTGAACTGGGCTGACAGGCTGCCACTGGCCTCTGGAATCCAACCCAAGAAATGTATAGTCTCCATCAGAAAAAGAATACTGGGGGAGACAGCCCAAACTCTCAGGGTTGCACAGAGTCACACACAGGCAGTATGAGTCTTGGCCATTGCTTATTCTGCTTTCTGGCTCCTGACTCTTGAGGAAAATGAGAATAAAGCCACATTGAGAATGGAAGTGGAGATCTGGATTATCAGATCTAAACAGGGCAGCAGGACTTTTGGCCTGTACTCATCTAGTGAGGCCTACACTGTCAGTCTGGAGGGCTGGGGGCGGGCGCTGCCTAGGTGGCATGTGAGCTGAACTCTCCATGAGCTTGTGTTACTTCAGATCCCTGTAAATCACTAATAGCGTCTTAAGTGTCTATGCTCTACTATGTGTCACATTGCTACAAGGGAATCCTGACAGAAGCGATTTAAGGAAGAAGGATTTTTCTGGACTCGCGGTTTAGGAAGGGACATAGCTCATCACGGTGGGAATAAGTGATGGCGAGACACGGTGCGAGCTAGCTACACTGCAGCCACACTCAAAAGCAGAGAGAGAATGCGTGCTAACACTGGGACATTTTAATTCAGTTTGGGAGCTCTCCCTTGACAATGCAGCTCACATCAGGGTGGGTCTTCCATCCATGGTTAAATCTCTCTGGAAATGCCTTCATAAACATACCCAGAGACTCCGACCAATGTCTCTTAAGGAGATTCCAAATCTAGTCAAGTTGACAATGAAGATGAGTCATGGCAGTGCTGACATGTGAATGTGGCTCTTCCCCAGTTTGCAAATGTGGCCACTGAGCCTGTGAGGGGATAATTACCTTGCCTTCCAAGAGCTACATAGCCAGAAAATGGCTGAATTAAGAATTGGTTTGGGGTTTTGTTTTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGAGTGTCTATATATATATATATATGTATGTATGTATGTCTGTCTGTCTGTCTACATGTGCTTTAGAGTCTACAAGAGGGTATTAGAACCCTGGAGCTAAAGTTAGAGAAGGTTGTGAACCACCTGATGTGGATGCTGGGAATTGAACTCAGGTCCTCTGGAAAAATAGCAAATGCTGATAACCTCTGGGCCATTTCTCTAGCCCCAGCTTTTTACTACATAACTTGTACTTTTACTTTGCTAACGGACTTATGTTTTAACTTCTTGAACCTGTAGCTTGTGGCTGGGGAAGGGTTGGACAGGCCTGGCTGGTTTCCAGGCCATCGCTTAATAAAACCCAACTTCTCTCAAGGCAGTTGCGGGTTCTTGTGCTCGGGAACTGGGAACTGGGAACTGGGAATGACTGGGAATGACTGGGAACTGGGAACTGGGAAGGACTCTAAGTGCTGAGGGTTGGGTTTCACCTGAGACTTCAGGAAAGGCTCTGCCTACAGCACTGAGGCACTGAGGCACTGAGGCACTCACAGAAAGGGGACCTTTTATGTCCTCTATTTTGGCCATAACATAGCACTAAAGGAAAGCTTCTCCTGTACATTGGTCACTAGGCACTCATTCTTGTTAGAAACAAGAAGAATAAGGACAAAAGATGAAGTTCCTCTCTTACTAGCAACAGTGAGAACCCTGTTTTAACCCTGCCACACTCAAGTCTGCCCAGTAGCAAACAAGGTGTATGTTACAATCTAGCCTCAATTCTGTGACAAGCTTATAAGCTTATAAGCTTTCTCCACAGTACAGTAACTTTTTATGATTTATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAACTTCCTTGAGAGAGACTTGTCAAGAGAGATTTCAAATAAGGAAATATTTTCCATTTTTATTATTCAATTATTTTATTATTTCAATTACTAACAAGCAAAAATATGTACTCATTAATGTGGAAATCTGAAAAATGTTTTTAGCAAAGCTTTGAAGCTATGAAGATATTTGAGAATAAATACAATGACCTATATCTTACCATAATAATATGTGTGTCTTAAGTTCTGGGTTACACATCAGCTCCTATAACTTGATAGTCTGCTGTCCGTGGGTCACCTTCCCAGAATTCTCTCACCCATTCACTCAGCAGACAGTTATTGAGGGCCTACTATGTGCTGGATGCCCAGAAGACAAAGTCAGAAAGTAGAGTCGTAGCTTACAAGGAACCCAGAGCATCTTGGGAGAAAGAGGCAGGACCAGTGAGTGGCTGTGGTTCGGGATGATGAAACTTTCCGATGTCACAGTCCATGCACACACTGCATAGATGTCTGCTTGTCGATGAGAGAGGGGTGGGGATGGTCTTCAAGTCTCCCTAGTAGAATGAGGCTAAAATTCACATTTTAGAACCATTCGATTTGTTCAGTAGGAAGAAGGTGTGCGAGGCAGAGTGACCAGTGTATATGGAGCCAGGCAAACACAGGAAGCTCCTCTTGGGCTCACTTCCATGGACCTGACTCAAGCATTTCCCCCTCTGGGAAGACTTAACAGAGAGCAGAGCCAGAGATGGGGCTGGTGACCACAAAAAGAACCACCTGCGGTGCCACGCTAAGGATCTGGAAGGTGTCACACAGAGCCAGTCAGATCTGGTTTCTGTGTTTAAAACATTGCTCAGAAGCAGAGGAGGGTGACTTGGGAAAGAGCCAGGCCAGTGTGGGAAGAAGTGTGAGTCAAGTAGAGAAGCAAGTTATCGGTGATGAGGACAGGCCAGGGAAGTGCTCTGAGTCCCGGGACACATGATGTGACCTCACATTCCCTAGAGATGGGCTGGGAGAGAAGAGAGGTAGGAATGGGACAAAGGGTTCAAGCTGGGCTGCTGGAGAGATGGCGTTGGAAAGCAACAGATTGAAAGGAAACCTTAGTGTGTGGGTGCAGTGCCAAGGTGCCAAGTATCAGGAAGTAACTCACATGGGGCTAATCAGGAAATGTTTTTTGAAAGGGATGAGTTTGAAATGGCTGATGGGCCACTGCCAAATAATTACCTGAATGTAATGAATACGACCCATCTTTGTGACTTTCTGAACATCTTAAGCACTTTGGGAATGTTTACCTAAGTCCCTAGAATTCATGTCAGATACATGAGACACGATATTGTCGTCAGTGATTAAGAATCAGAGAACAAGACAAAGTGTGTGACTAGTCTTAGATGAGGTGACAACAGCCAGGGCCAGAAATGATGGCTTGTTTCTGTTTGTTTGTTTTTGTTTGTTTGGTTTTGGTTTTGTTGTATATGCGCTAACTCATTTACGCTGTCCCTAAACTTGAACAAAACAGCCAGAATGGGTTGCTGTCTAGTTCTGACATGCCCCATTATGTCACCCTATACTCTAAATAAAAAGATACTTCTTCATAAGCATGCTCTGAGTGCAAATTACAGTATATATAAGTCTTATTACCTCGACCCTTAAAGGTAGAACCTATTAAAAAAAAAGATAGATTCAAAACCCTCAAAATGCCAGCTAGCTGAGTTCTCATAAACCTTCCTTTGCAACCTTTCTCTATAACTAAAAAAACTCACAAGAAACATTGATGTCTTGAAATCTCTCCAAACCCTTTGCTTGATGTGAGTTTTTCTCTCACAAATAAAATGAAAAGGATGTTCTAACAGGCGCCAATGGGAATAATCTATGCCAGGGGTTCTTTTCTCAAAACTAGTAGCAACTTTTCCTCTTTGCCTTTGAGAAGGACTATTGGGCAAGGATACGCTAAAAGTGGTATTGGTCACCTTCACTGCTGTAACAAAACGCCTGACAGATGACGTAAGGAAAGAGAGGTGCATTCTGGACTGTGGTTTCAGGGGATTTTAGTCCATGATGAGGGACTAGATCAACAATCAGCAGTTCAATTCCTAACAGGGAGCTTGTGATAGAGGCTACTCAGGTCCTGGTAGACCAGGAAGCAAGGGGTATCATGGGAACAAGAGGCCAAATAGAACCTTCCAAGGTCTACTTCTAGTGACTTCCTTCCACCAGTTAGAACCCACATTCTAAACATTCCACAGCTTTCAAAAAATAAATAATAAATAAATAAAACCACGACCAACTAAGGATAAAATGTTCAAAACATGAGTCTTTGGAGGTCATTCCAAATGCTCTGCCATCTCAAAAACTCGAAACCTACCAACCAGAGATGGAAAGGTGATTTATGTACAAACAGTGAGGAGGAAAGACCCTCTCTCACTGTGAGAAGTCAACCTTCGTTCTAGGAATTCAGATGAAATTACTTTGCTTTGCTTGCTTTCCAACCAAATGGTTTATGCCATGAAACTGATTCAAAGAGCCTTCAGCAACCATCCACGACTGCATGCGTGTCTTTTCTCCAGGACTCAAAGTGGCCTCGTAACACCTGGCCCGGCCCGGGTGCTTTGTCTTCACTGCTGCTCCCTCCTGGACACCCAGGATCTGCCAGGCTCCAGCACTGTGCACACCCCAGGCCTTCTCCCACAAGCAAAACGTCCACTTTCATTTCCTATCCTGAAATAACCTAGCAGGAAGGGGGAAAATTATATTTGTGCCAATGAAGATACTGGCAATTTAATAAAATGAGAATGGGGATCATTCTATTTGACTATTTCTAAAGAGCAAAGTTAATTTTTTACTTAAATAACACACATATATACATATATATAGAAACATATATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGGAAGTATTTGTATATATATGAAAGTTATGACAATCAAATTGGGAGACATCAGGTCTTCCTAAAGCTCGTTTGTCTCCCATGTGAGAGGCAGGAGATGTCGCTAATGCCTCTGGTAAGCATTACGCCATCATCAGTCACTTTG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Seq C2 exon
GATTGCAAATGGAAAATGTATATGGAGATGGATGGGGACGAAGTTGCAATCACGTACATAAAAGATGTGACTTTCAACACGAGCCTCCCTGATGCAGAGATTTTAAAGATGACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000004085-B230120H23Rik:NM_023057:16
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.129 A=NA C2=0.026
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: