HsaINT0184419 @ hg19
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr2:174104132-174123543:+
Coord C1 exon
chr2:174104132-174104224
Coord A exon
chr2:174104225-174123426
Coord C2 exon
chr2:174123427-174123543
Length
19202 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
AATTTTGTTTTTAATTCCAGGAT
3' ss Score
8.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTCAGGAGGTGAACCTGAAGAAAATGAGGAAAAAATAGTGAACCTGGAACTGGTTTTTGGTTTTCACTTGAAACCAGGAACTGGCCCACAG
Seq A exon
GTAAATCACATTTTAAATCCTTTGGATAAATCTCAATCGAACTACTCTTTTTTCTCTTCTGTAACTCCATGGTTTTATACACCCCCTACCAGCTGGTAACTGGATTTTGAGTAAATTTATAGACTTTATAAAATAGAATTTAGCTGAAAGGCTGCCAGCTGCCTCTGTAATCCAGTCTAGGAATCTTACTTTCTCAGTCAGCTGAAGACGCCCATGTGAGGCCACCCAAACATCAGGGTAACTCACAGTAAAGTATGGACAGGGAAGGGGGGCCGTGGATACCAGACTGTGTATACCACTCATGTCACAGCTTCCTGCTGATTCATAAGAGAAAGCAGCTTTATAATACCAAGAATAAAAACTAAGAATGAAACTGTAGGCCATGTGGAGACCCAAATTATCAGCTCTAAATAGGGTGGCAGGGCATTTGAGCAACACTTCTTCAATAAGCCTCTCAGTTTATGTCATTTTGAAAGTCTGCAAAAATTATTTGGCCTAGGTAGCCTGTGAATTAGAATTATAGTAGGTTTGTGTTACTTTTGATTACTATAAATAGCTAATGATAATAATGATAACTTCTGTTAACTGACCACTTATTGTGTACCAGGCATATAGTACTGAAGTGTGAAAACTACTTTCCCCCATTTTGCAAATGAGGAAACTGAGGCTCAGACAGGTTAAATAACTTGCCCAAGGGTTACATGGCTAGCAAATAGCAGAATAAAGATTTGAATGCAGGTTGCTCTGGTCTCAGAACCGAAGTTCTTAACTACTCATAATGTGGAAGCCTTCCCTTGAGGGAAGCCAAGGGACCTTATAAATACACCTTACAAGCTGTGTAAGCCTACCGATTGCTCTGGTAGGCTCAGCTGGCCCTGGCCTTTCCTCAGTGAAACCATGCTTGCTCCAGGCCATTCCTGGGAACCAGTGCCTGGGAATGACTGGAAATTGTTGTGAGGGGTTGAGTTTTTCCTGGGCCTTCCAAAGATGCTCTTTCTAATAATCCAGTTAAAAATGGGCAAAAGATCTGCATAGGGATTTCTCAAAAGAAGACATACAAATGGCCAACAGGTATATGGAAAATGGCTCAGCGTCACTAATTATCAGGGAAATGCAAATCAAAACCACAATGAGATATCATCTCACCCCACTTAGAATGGCTTATATCCAAAAGACAGGCAATAATGAATGCTGGTGAGGATGTGGAGAAAGGAGAACCTTCGTACACTGTTGGTGGGAATGTAAATGATCCAGCAATCCCACTCTAGGTATATAACCAAAAGAATGGAAATCAATATATTGAAGAGATATCTGTACTCCTATGTTTATTGCAGCACTGCGCACAAAATCCAACATTTGGAAGCAAACCTAAGTGCCCATCAACAGATGAATAGATAAAGAAAACATGGTACATATACACAATGGCATACCGTTCCCAAACAGAATGAAATCTTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACCGGAGGATATTATGTTAAGTGAAATAAGCCAGTCGCAGAAAGACGGAAGCTAAAAATTAAAACACTTGAACTCATGGAGATAGTAGAATGATGATTACCAGAGGCTTGGAAGCATAGCAGGGGAGGGCAAGAGGATGCTGGGATGGTTAATGGGTGAAAACATAGACAGAATGAATAAGATCTATTATTTGATAGCACAACAGGGTGACTACAGTCAACAATAATTATATGTTTTTAAATAATTAAAAGAGTGGAACTGGGATGTCCGTAACACAAAGAAATGAGGTAATGGATGCCCTCAGTTATCCTAATGTGATTATTACATATTATATGCTTGTATCAAAGCATCACAAAGACTGGGCGCAGTGAATCACACCTGTAGTCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCTGGGGGATCGCTTGAGCCTAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACACGGTGGAATCCCATTGCTACAAAAAATACAAAAAGTAGCTGGGTGTAGTCGTGTAAGCCTGTAGTCCTAGCTACTTGGAAAGGCTAAAGTGGGAAGGATCACTTGAGCTCAGGAGGTCAAGCCTGCAGTGAGCCAAAACTGTGCCACTGCACTCTAGCCTGGGCAACAGAGTAAGACATCATCTCAAAAAAAATAAAAAATCACATGTACCCCCAAAATACATACACCTAGTGTATACCCAAAAACATTAAATTTTTTTTTAAAGATGCCCTTTCTAGACATCTATGCAAGAATGTGTCTTGCCTGCACCACTGCAGTTATTTCTTTACCTGCTGAATGAAAATCTTTACCTCCCTTGTTTCGGCCACAGACTTTGGTTGAGTGAGAGCTGCTCTGGATACAGGTTTCTTACATAAGAATAGTTTTCTCTCTGTGAATGGATCACTGTCTATTCATTCCTGTTGTTAGAAGGAGCTACAGAAAGGGGACAGGAAAGTAAGTTCTTCTGTCTCCAACAATATCAGAAGCACTTCTAACCCTGAGATTCTGCAGCTGTGGCCACCCCTAAGTTCATCTGATGGTAAACAAATTGCACATTTCAATTGCCTTTTCTGGTTTTCTTGATTCCATGACATTGAATTTATGAGTTATCTTTAAGCTTTGTTATGGCTTGTAGGTGGTAAAAGAAGAGAGAAAAAATTTCCTTGGAAAAGATTTGTGAACAGAGATCTCAACCAAGAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGATGGAGTACAATGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGACTCCCTGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGAAGTACCTGGGATTACAGTCGCGTGCCAACACACCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATCCGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCGGGATTACAGGCGTGAGCAACTGCGCCTGGCCAAGAAAATATTTTCAATTAAAAAAGAAATAATTTATTAATAATGGAAAACTGAAAAATCTATTTTTTAGTAAAAATAAGGAGCTATGGATAATATTTGAAACTGAATACAATGGTCTGTTTTTGGTAATAATGATGTAGACTTCTTGAGTCATAGATTATCTACAAGCCCTAAAGTTGCTGCAGGTTTTGATCCTCTGCTGTTCCTTGGTCACCCATCCAGAGTAATCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGACAGAGTCTCCTTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTATAGGGGCACACCACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTACAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAGCTCCTGACCTCGTGATCCACCCGGCTCGACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCCAGAGTAATAATTTTATCTATTCATTTGGCAGGCATTTACTGAGGACCTACTTTGTGCCTGGCTCTAAGGTAGATGCTAGATTTTGATACAAAATCAAAAAGTACAATCCCAGCCTTTACAGAACCTACAGCTTATCATAAGCAATAGACAAAATCCACAAAACGCTATGGTACATACAGAATGATGAGTTTTTACAAAGCCATTTACATGGTTCCACGGGAGTTCACTGGATGAGGATCTACAACAGATGGGAAAGGGGTGAGGGAGGGTCCTTGAAGTCTTCTTGGTAGAAGTGTTGCTTAAGCTAAAATGTTAAAGCCACTAAGAATGACTAGGTAAGGAGAGGACATTGAAGGCAGACGAAACCATGTGTGCAAAAGCTCAAAAGCATGAAGCCAGGAAAACACAGGGAGCTCTTTCTTGGAATAATTTTGAGGGGACTTCACGACTCAACTCAAGCATCCTCCCTCTAGAAAGACTTACCTTGGAACAGGGGGATGCCAAAGGGAGTGCCCAGAAAGGGGGCTGGCGACCAGAAAAAGCACTGTCTTATGTGCTAAGCCAAGGAGTTTTAAGGATTTTAAGAAGAGAGCAGATAGGATCAGATTTATGTTTTTTTGTTTGTTTTTTGAGACGGAATCTCGCTCTTTCGCCCAGGCCAGAGTGCAGTGGCGCTATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCGAATAGCTGGGACTACAACTACAGGCTCCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGATCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGTCACTGCGCCCGGCCCAGATTTACGTTTTTAACAGATCTTTCAGAAGCACAGAGAAGGATGAATTGGAAAGGGGCCGCCAGGCTAGAGTGAGAAAGATCTGTGAGTGGGCAGCGCAGACAACCAGGTGAAAAATGTCAAAGCGCTGAGCCTGTGACAGTGCCATGGGTCCCAGGACACACTGAAACGGAATTAGATTGTGTCACTAGCTGGAGACGCAGCAAGTGGGAGGGAGGGGCCAGGAGGGTGCTGAGGTTTCTAGTGTGGGCAACTAGAGAGATGATGTTATAAAGTGGTGGATCAAAAGTGAAATATACAATGTGAATATCATGCTAAGGTGCTAAAAGTATAAAGAAGTGACTGGAATGGGTGAGGTTCATCAGGAAAAGCTTTTTTGGAACCATGAGTATTTTATTGGGGCTTGAAGAGGTTGGTGGGCAGTTGCAGAATAATTTCCTGAATATAATGCTTAAAGCTTTTGCTTAGATAATACATTTCTAAAGAGCTCAGGTATTCAATAAATGTCATCTCCTTTATCCCGTTAGCATTTGGGTGAGATGCATAACTCATAGTATCATCGTTGCTGAT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Seq C2 exon
GATTGTAAGTGGAAAATGTATATGGAGATGGATGGGGATGAAATTGCAATAACCTACATAAAAGATGTGACATTCAACACTAACCTACCTGATGCGGAGATTTTAAAGATGACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-ZAK:NM_016653:16
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)