DreINT0181469 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000019961 | znf513
Description
zinc finger protein 513 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9895]
Coordinates
chr20:19524795-19529038:+
Coord C1 exon
chr20:19524795-19524910
Coord A exon
chr20:19524911-19528903
Coord C2 exon
chr20:19528904-19529038
Length
3993 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGC
5' ss Score
6.12
3' ss Seq
CTATGACCCTTTGCTTTCAGTGG
3' ss Score
6.68
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTACTTTGGAGAATGAGTTGATTGTTTCGCGAGGGAATCCAGAGGAGGTTGCACATATAAAAGGCTGTCTGGAAGATGCCAAGAAGAAAACAGCAGAATCCACAACCTGTCAAAT
Seq A exon
GTAAGCTGCTTTTTGAGTAATACTGACAGCAGAGCGATTCATTCTGTTTACTTGTGTTTTGATTAGGTTGTTATTTATATTTAGAGGGAAAATTATAGAAAATGGTCTTGTTTTATTATTAAAACAGTCATGTACTCCCTGAATTAATTCATCCAAGTCTGTCCGGTATCATTTGGATGTTAGCACTTGTGTGTCACAGTTTCAAGGACTATACATTAATAATGATGATAATAATAATAATAAACTAATTTTAAGCATAGTAAAGTATTCAATATAGACTACCGATCAAAGGTTTGGGGTCAGTTTGATTTTTAAATGTATTAAAATAAGCTTCTCCTGCTCACCAAGGCTAAATTTGTTTTTTATAAAAAATACTTAAAATGTTATGAAATGAAATGTTATTGCACTATAAAACAACTGTTCAAAGGTAGTTTATCATTTAATTTAATCATTTATTCCAGTGAATTTCAAAATGAATTTTCAGCTTTATTTCTCCAGTCATCAGAGCCACACGATCATTCAGAAATCACTCTAATATTAATTATTATCAGTAGCAGTAGTATTAGCTATAACGACTGGACTAACAATTTTATTTGAAATTAAATACATTAAGTAATAATTAAATATTTAATAAATAAGTATTTAACATTTTTTACATTTAATAAATGCCGCCTTGATCAACAGAATCATTTTCTTCAAAAAACAAGATGGTTTAAGTTTCTACAATTTTCCTCTCTAAATTCACTACTTCTGTTTTGTTTTGATTTTGAACTTGATTTTAGTTGGATAACAAGCTTAGTAGTACATTATTACGGCACATATGCTGTGATGTATAAGATATACTTCTGTTAATAATGTGCATACACCATCTTAAAAAATATAATGTGGCAAACAAAACTAGAAATTAGTGTTTGTGTCAGATTATGAACATCTAGAAATTCAGGAGGTTAATTATATATTGACATGTATATCTAGACATTCGGAGTAATATTTTAATGACTAAATATATGACTTGATTCTCTTTACTTACTTGTTAAATGTAACCTGCTTCTGAAACATTGGTTGATTCACTATTAACCCTTCCTGTATGAAAAAAGAAAAAATAAGTTTCACTATTTTCAATCTCACCCAGTAGATGGCAGTACAATCATAGCAAAGCTAGACTATCAGTACTGCATAATGAGCTTCAAAATATGAGAACCCACTATAAAATGTGGGAGCATATCTAAACTCACACTTGTGGTGTCTTTCCATCATGATCAGCAATTCTACCAAGCACTGGGAGGACCTATTAAAATAGCTGACACTAATTTGAGACAACAAAATTAAGATAAATATAGCAAATTATGTTATTAAATTTCAAGTTATGCTATAATTTTGTCAAATTATGCAAAAAGTAAAAAAAAAAAGTGTCATCATAGATAATCTTATTCAGAAACAGATATGCTGTTGAAATCTATTAACAGGACATAAACTGTGACTTGATGGACTTTACAGACTAGGTATATATTATATTTATAACGTTTTTAAGTGCATATACTTGCAGATACATTCGGTTCTATAATTATTATATTTATTTTAATGACTTGTTATTAGCTCATATGATGATTGTTATAAATGCACATAATCCCATGAGGTGGTGTGCCGGTTATTCTTGTTTATTTTGTTTCAATAATAAATGTAGAACACAGTTTGTCTTTTAGGAAACTTCTCAGTGCTATGAGCTATGCATGACTTAAAATACTTTCACTTAACTTTTTTATTTTACGTCCACATCAACCAGAAACTTTTTTTTTTCCTATTGTGAAATATTAAATGAGAAAACAGTAGGCTTAGCTTGTTTTTTCTTCTGCTAGCTGAATGGATGTAGCATTCAGAAAGATGGGGAAATGGGTTTTAGAAGAGTTGGTACAACTTAATAGACTCCTCCTTTTCACCATTTCTGTTTGTTGTCAAAGCTGACAGTTAAAGGGGTGTGGTTAAATGTTAGCCACGCCCAATTCTTAAAACATAGGTAATCTGACAATTTTACTGAATAAAAAAACAAAGACACACAACCAGAGCAAAACTGCTACACATTTTCAGATTTCAATTAGAGATTAGAAGGCCAAACATTGTTTTTTTCTTAAATGACATGCAGAGATGAATTGTTCACCACAAAACTAGCAATGTGAGCTAAGTCATATGGCTTTATTTGTACTTTAACTAAATAAAAATGTTTTAAATAGCACTGGATAAGAATAATATTACAACAAACTTTAAAGTTTCATTAGTAATATTATGATCATAAAATTAACATTTTCATTTTAAAACTATTAAAGAGCACTTTTAGCTTACTTTAGCTTCGCATAAATGATAGAATTAGATTAGTTCATTAGTATTGAATATAATGCTTGAAAATAGTCCACAGCTAGGTAACTGTGCTGCATAATATCATTATGCCTGCTAGTCATGGTATGGCAGCAAAATCCTTTGATTATTATGTCAAAATGAGAGTATAGTTCCCACCATATTAGCCTAGAACCTTTCATCTTAACTTTCCACATATTTTACACAGTGATACTACAGAAGAATGAAGTTTTAAATGGGATATCATCTAAATTTTTTGGTCATTGTTGAGCAAGATGCTAACGGTCTAATCCGATTCAATGATTTATGCTAAGCTAAGCTAAAAGTGCTCCCGCCAGCCCAGTAGATCAGCTGAATGGATTAAAAAATGGTAAAACTCAATTGTTTAACTCTAGGAGAGTTTTAAAATCAGTCTGTTTCCAAAAAAGTGAAGTGTTCCCTTAACATGACTTGTCATGACATGACAACGCTCAGATAAACACAGAAATGGCAAACATCAGACTGTGCTTAAGCCCAGGTTATCATTTACCTGAGATAAAGAAACCCAGTTTTGGAGTAACATCACTTTGTTTGTGTTAACCATTGTGACTGGTAATAAAATGAAATGTAGTATTAAATTAATAAACGTTACGGCTCAATGCCTTACAACTGACAGCTAATTGTTTGCCTATTCACATGCTGTGGACAGTCACGTTGTAGAGGGTCAGGAAAAACCTGCCAGCCTGCTACATACATTTATATTATGAGAAAGAGCATCACTAGAGCCATTATTTTAAACAGGCTACATGTTGTACTTGTCCAATGGCACTAACATTATGACTAGGCAAAAAAAAAGTTTGTTAACCTATGGTTTAGCAAAGTATGTGTGAAACGTTAGTCTATAAAAACCCTTGTGAATCATGGATCAAGATGTCCCAGAATAAGGTTTAGATTGACCTAGGGATAGACATGTGAATATTGAGTAATGCAAAATATATTGAAAATGCATCAATGGTATCATGGCACTTCAAAATACCATGAATAACAATTTATCATTTAAACTTTTAGATTGTAATAATATTCAGAGTGTTGTGTTGGCAGTGGCTGCTTCAAACATTAACATTTTTACATTTTAATGTGGCCTACGGCTATTTATATGCCTCTTGTACAATAAGTTTATTTGATTTAGCTAAAGTTAATGTAATGACTAGAAAAGCATTTATTAATCTTATGTCATGCAAATTAAGTTAATAACTTATTAACATTCTGTAGTGTTTTTTAATTAACTTTAACAATGTGGCTATTTCTCACTTTTGATTTTAATGCAATAGCTGATGTTTACTAATGAGACATTAAAATGTTACTTACTGTATTTTATCATCATTTTGCTACTTAATTTGTTTAAACATTTGGTTTTTTCTAACATTTAAATGCAATAAAGAAATATACAAAGTAGCCTTTTTTGCAGCTTAGGTCAATATGATAATAGAGTATATCATGTAAATCACACTACATACTTGATACCAGACCGACAGATGCCTACTCATGGTTAAGCATTGTTAAATGTGAAACTAGGGTTAAATGTGAAAAGCAGTATGGAGATCTTCTTCTTTTCTACAACAGACACCATTGCTGAAGTATTTAACTATGACCCTTTGCTTTCAG
Seq C2 exon
TGGATTCTGAAGATGGTGTAGGCACTGTACGTCCAACAAACCTTACTTTTGAGAGCGATTTTCTCCTGGGACAAGAACTCGAGTTCTCAGATCCTGACAATGACCAAAAGATCATAGGCCTTGAAAAGTTCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000019961:ENSDART00000152216:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.359
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]