GgaINT0031230 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005246 | F1NYH7_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr9:8938282-8950342:-
Coord C1 exon
chr9:8950128-8950342
Coord A exon
chr9:8938529-8950127
Coord C2 exon
chr9:8938282-8938528
Length
11599 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTCAGT
5' ss Score
8.94
3' ss Seq
CATTCTACCTTTTATTTTAGGTA
3' ss Score
10.69
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAATGGGACTCTTGACTAACCATGGTGGTGTGCCTCACCAGCCCCAAACTGATTATGCCCTGTCCCCTTTGACTGGAGGTCTGGAGCCCACCACCACTGTCTCAGCCAGCTGCAGTCAGCGGCTAGATCACATGAAGAGTTTAGACAGCCTGCCTACATCACAGTCCTACTGCCCACCGACCTATAGCACCACCGGCTACAGCATGGACCCTGTCACAGGCTACCAGTATGGACAGTATGGACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005246:ENSGALT00000040854:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=0.813
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123603=Pax7=WD(100=63.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]