GgaINT0038227 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002451 | KCNT2
Description
NA
Coordinates
chr8:2750429-2771625:+
Coord C1 exon
chr8:2750429-2750523
Coord A exon
chr8:2750524-2771444
Coord C2 exon
chr8:2771445-2771625
Length
20921 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
ATTCATTCTTTTCTACATAGTAT
3' ss Score
5.57
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGACCTTCACAGAGCCATCCAACGTACACAGTCTGCAATGTTTAACCAAGTTCTCATTTTAATATCCACCTTACTGTGTCTTATCTTCACTTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002451:ENSGALT00000003864:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0788511=Ion_trans_2=PU(16.7=43.8)
A:
NA
C2:
PF0788511=Ion_trans_2=FE(71.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]