RnoINT0078095 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000013312 | Kcnt2
Description
potassium sodium-activated channel subfamily T member 2 [Source:RGD Symbol;Acc:735074]
Coordinates
chr13:57266142-57308790:+
Coord C1 exon
chr13:57266142-57266236
Coord A exon
chr13:57266237-57308609
Coord C2 exon
chr13:57308610-57308790
Length
42373 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGA
5' ss Score
8.85
3' ss Seq
CATATCTGCCTTTCTTTTAGCAT
3' ss Score
8.71
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]