GgaINT0038983 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009021 | SIAT7E
Description
alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 5 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001264423]
Coordinates
chr8:18168027-18220245:-
Coord C1 exon
chr8:18220012-18220245
Coord A exon
chr8:18168437-18220011
Coord C2 exon
chr8:18168027-18168436
Length
51575 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
AATATGTATGTCTTTTGCAGCCT
3' ss Score
8.08
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCCACGGGCTGGCCGTCTGCTTGGCGCTCACCACCATGTGCACCAGCTTGTTGCTCATGTACGGCGGCATCGGAGGCGGCGGCGGGGGCCACCCGGAGCCTCGGCGGCGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGTGGCGGCGGTGCCCAGCCGCCCTCCGGGACGCGGCCAGCACCGCCCAGCGCTCCCCGTCGGGGCCGGACTCCTGGAGGGCTACATCAGCGTCCTGGAGCACAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009021:ENSGALT00000014679:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0077713=Glyco_transf_29=PU(15.1=52.6)
A:
NA
C2:
PF0077713=Glyco_transf_29=FE(50.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]