HsaINT0159874 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000117069 | ST6GALNAC5
Description
ST6 N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19342]
Coordinates
chr1:76995457-77044613:+
Coord C1 exon
chr1:76995457-76995520
Coord A exon
chr1:76995521-77044203
Coord C2 exon
chr1:77044204-77044613
Length
48683 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTT
5' ss Score
8.17
3' ss Seq
CTTCTCCCCCTGCCTTCCAGCCC
3' ss Score
9.16
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCGTGAGGGAAGAGCAGAGTCATAGACTCTCCTCAGACTATCTTATTGACGGACAAGTTACAG
Seq A exon
GTACTTTTAAAATCAGTCTCTCCTTCCTCTCTCTCTCTCCTTTTCTCAGCTTTCTGTCTCTCTCCTAGAGTTAAATTTTAATGAAAAAAAATAATGTGAATTATTTGTGTGTTATATATGTGTAACATTTCTATGTATTTATATTATTAATATGACATAATAATATAATATTTGTATTATTAATATTTATTTAAAACCATCAGCACACACTTAGAACCTCCGTTTTGGGTAATGTAGTTATTACCAACATTCCTACCTGACATTTATTTGTGTATTTGTTCAGTGTATATCTGTGTCTTCTGTGAGACTGTGGGGTTTATGAAGAAAGGGACTATGTATCTTTTGGCTCACCATTTCATTCCCACGACTAGCATGGAGCCGAAGAGGAGATGAAAACATTTTTATCAAATGAATGGCTAAAGGAGAGAGACCATTAGACATTACTACCTTTGGAAGTTCTCTTAGTAACTGTGGCTCAATCATGTTGCAGTGTTATAGACACCTTTATAATTTACAAAGAACTTTCACAAACATGGCCTCATTATAAAGGTGACAAGCATGATTGTCCCCCATACCAGTCTGTAGAAGAAGAAACTGAGACTTGGAGAGGCTAACCAACTTGTGCAAAGTTGCACAGCTAACTTATGACAGAACTAGGTCTTGAACCCCTGTCTTCTAACCCTTAGCCAGACCAGTTGGAGTTCCCCATCCCCAGTGACCTCTCCTACATTTATGGGGACTCTTGTGTATCAGAGTTTGTGACTCTGTGCCCGTGTAAGGCAGTGATCACATCTTGTCCCTCACAACAGAGATGTATTAAGTGCCTACTATGCGCCAGACATGCAAAAAACTTCCAGGACGCAAACAAGAATGAGATGTATGTATTTCTTGCCATCAAAACAACTCACAATCTAATGCAGCATAGTGTTAAACATGTACATTTCTAATATACTGTTGAATATGTTTGTGGATGAAATCCTATCCTGCTTGCAGTTGCAATAATCTGCAGGTTAAATGGAAGGAAAAGCAAGGCTTGCTGGTTTGCACAAACGTTAACAACTATTAGCTCAAGTTCGAAACAAGATTGTAACCATTCTGCACAAGTGTTAAGGAGTGCATATTTGCAGAGCTGAGGCCAGGAGGCTTAAATTTTAGAAACAGCTGTGGAACTCCTTTCAGTATGTACAGTTGGAAGGAGGCTGGCATTGTCAGGGAGTCGCTCTGGAAAATACAGGCACTGAATATATTTTATCTTTTCCCTTATTCCAGTGTTAGTGTCCCCATAGAATTCCAAGTGAGAAAATAACCTGCAAAGGTGTGAGGTGGGAATCATATTACAACATTCAAGCAGGTGAGATCCTCAGAGATGAAAGGGGAAGAAAATGGCACTTTAATGCATGAGAGTAATCTTCCAGGATTTGTACCAGGATGTGTTATATTTTAACAAGAAGAGTTCTCAGAAGGGTCAGTTTCAGGAACATCACATGAACCCCTGGAGAAAAGTAAATGGTTGATTGGCTGTCACACTTACTGTTTCAATATGCTGGGTAAAGCAAAGCGAGGAAAGGTGAGGTCTCACCAAGTGCAGATTACAAAACAAATGCATTCTTTGTGTGCTTTTTTCATAGTAGATGATTTTGAAACAAAAAGAGAAAAATAAACCTGTTGAGTAGAAACTTGGGAAGTAAAACTGAGTGATAGAGGATTAGTTTTCACATGTAGGCGGTACACAGAGTTTGTACAGTTTCGTAGTTACAAGACAGGGTAGAATGAATATTTAAAGAGAAGACTGTTAGGAACAATGGTTCAGAAGGATGAAGGAACTCAATAAGGTTGTGAGGGATTGAGAAGGAATGTTTTGCTTGAAACATGGAGTATGGCAACAATGAATGAGCCTAGTTTTGAATCAAAATGACCTGAAAAACTTCTGTAGAAAGTTTCCAACAAAGCAGTGCTGTATTATGGAAGATCCTGCCATATGGATTGAAACTTTTCTAGAACTTTTAATAGACGAGCCCTCATAAGTAAGATCCAGGCAACCAAATTACTACTCTTTGAATGCTATTGTGGGTATCATGTCAAGATCCAATGTTTTCTTTCCATGTTATACTAAAGAAATAAAACTTAATGTCTATAGTTCAGGTTATATTTGAAACTTTAATAGTTCTAGATTGAAGCTAGCATAAAAACACTGTATACTGAGCATGGTGGCTCACACCTGTAATCTCAATGCTTTGAGAGGCCAAGGCCAGAGGATCACTTGAGGCCAGGAGTTCAAGACCAACCTGAGCAACATAGCGAGACCCCATCTGATATGGTTTGGCTCTGTGTTCCCACCCAAATCTCACCTCAAATTGTAATAATTCCCATGTGTTAAGAGCGAGACCAGGTGGAGATAATTGAATCATGGTGGCAGTTTCCTCTATGCTGTTCTCATGATAGTGACTTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAGGGGCTTCCCCCTTTTCTCAGCACTCATCCTCCCTCCTGCTGCCCTGCGAAGAGGTGCTTTCTGCCATGATTGTCAGTTTCCTGAGGCCTTCACAGCTATGCGGAACTACGAGTCAATTAAACCTCTTTTCTTTATAAATTACCCAGTCTTGGGTATTTCTTCATAGCAGCATGAAAACAGACTAATACAGTAAATTGGTACCAGGAGTAGTGGATCACTGCTGAAAACATACCCAAAAAATGAAAATAAAAAATTAGCCAGACATGATGGCATGCTCCTGAGGTCTAGCTATTCAGGAGGCTAAGGCAGGAGGATCGCTTGAGCCCAGAAGTTTGAGGTTACAGTGAGCTATGATTGTGCCACTGCACTGTAGCCTGGGTGACAGGGTGAGACTTTGTCTCTAAAAAAGTGAAATTAAAAAAAAGAAAGACTCCATAAATGACATTTTAAAGGGAAAAAATGTTTATGACAATTATATTGTATATTCAAACAAAATGTATTCTTATTTCATAACCAATGAAAATCTGTGTTGACTGGAAAAGAGATTAATTATGGTCACTGAGAAGCAGAATGTAAAGCATTATTTGCAGGAAAAGAAAGCCTAGTTTCCTTTACATGCCACTCACATATTGGTATTTTCTCATTATTAGAACTTACATTTTTTTAAGTTCAGAGTTTTAAAATTCCCCAGAGACTTCTGCAAAACCTGAACCATCATTGAGTAATCCATCAAAAATCCAGAGGCATTAAAAGTTCCATGACTAATATGTGTGAAATGTTTGAAGATGAAACTCTCTTTTGTAATTATAGACCGCAGAATGTGGAATAGTTTCTGCCGTTTGAATTACCTACCTGAGGATACTACTTGAAAGTTCCATCTTCCGTAAATAACAGCCAGCCTGTTATAGAAGACAGGCAGTGTTTTCATACCTGGAATAGAAATTATTTTAGAATCATTTCCATGCAACATTTTTTCATTATTACTAAGATCTGGTGACTATGAAAGGGAGTAAACTTACACAGCTGGCTCTTTTCAGACAGAGAGATTCAATTTATTCTTGTTCCAATACTGTAGGAAAATAAAAAGGTTAAAATTACCTTTTGGATTCAATGTGATATTTTCCCTAGATACCTAAACAAATGGAAGACAGGCAGCTTTCCCAGCTTTGGAATAGGGGACAGTAAGGGATTTCCCTTGTAGCGTGTTGTGTTTTATCTGAAATCTGGCCCTTTTCTGTAATTAAAAAAGGGATTTAGGTACTGAATTTAATCCTTTAAATGGCCAATATCTTGTAACTTTTCCAGATATTTCCCTGGTTCATCAAGAGGCAAGAGACTTACTTTAATTCTGATCTAATATGTACCTGCCTTTTAATTATGTGCTAAAACAATTTGGGAGATGGGATGGTTTGGTACAAACTTGCTCCTGCTGTGGAAATGGTGACTTGGTTGATCTAGGTTCTGGTCCAGAAATGTGCAGGTTTGGGTTTGTTTTTTTTTTTTCAATTATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACATTGTGCAGGTTAGTTACATATGTATACATGTGCCATGCTGGTGCGCTGCACCCACTAACTCATCATCTAGCATTAGGTATATCTCCCAATGCTATCCCTCCCCCCTGCCCCCACCCCACCACAGTCCCCAGAGTGTGATATTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGATCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAATATGCAGTGTTTGGTTTTTTGTTCTTGCGATAGTTTACTGAGAATGATGATTTCCAATTTCATCCATGTCCCTACAAAGGACATGAACTCATCACTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGCTATATATGTGCCACATTTACTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAATGCCGCAATAAACATACGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAGTCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCACTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCATTTTTTCATGTGTTTTTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTCGATGGGGTTGTTTATTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATTTTGTAGGTTGCCTGTTCACTCTGATGGTAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGTC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C2:
PF0077713=Glyco_transf_29=FE(65.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains