GgaINT0039032 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002803 | MTA1
Description
NA
Coordinates
chr8:4042212-4053563:-
Coord C1 exon
chr8:4053411-4053563
Coord A exon
chr8:4042244-4053410
Coord C2 exon
chr8:4042212-4042243
Length
11167 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAAT
5' ss Score
6.41
3' ss Seq
TTCTCTTTCCTGTTTGTTAGGTC
3' ss Score
10.4
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCTCATCCGTGTCCTCCGAAACCAGACCCTGCAAAGAGCTTATCCAGTTCTCTCAACAATCTGACTCCTGCTAAGTTTACACCTGTCATTAATAATGGATCCCCAACTATACTGGGAAAAAGAAGTTATGAACAACACAATGGAATGGATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCTGCCTAACCACGGACAAACCAGACAAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002803:ENSGALT00000004434:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]