GgaINT0039461 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005935 | EVI5
Description
NA
Coordinates
chr8:14756146-14762167:+
Coord C1 exon
chr8:14756146-14756231
Coord A exon
chr8:14756232-14761937
Coord C2 exon
chr8:14761938-14762167
Length
5706 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
TCTTCTTTTTGTCATCACAGGTG
3' ss Score
9.12
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCGGGAGGCTGCTCGGCGGAGGTCGGCGGCGGGCTACGGGGGACGCCGATGCTCGCACCTCTCCGTCGCGGGCGACGCTTCCAAG
Seq A exon
GTGAGGCGCGGGCGGGGCGCCCCCGCCGCTGAGGGGCCGGGGGCGGGGCGCGGCGGGGCCTAGGCGGGGTGCGGCGGCCCAGCCGCGACGTCCATCCCGGAGATTCGGGTCGGGCGGCGCCACTCTCGGTCCTCGGCGGACCGAGTCGCTCGGCGCCAGGCTCTCCTCGCCGCGGGGTGCGCGCTGCGGCGCGTTGCCTTGCCGGGGCCGTGGGGTCTGTGGGGGTCCGTGGACCTCGGCCCGGCCAGGCCAGGCCAGGCGGAAAGGTGGTCGCTGTGGTGGAGTGGGGAGAGCGTGACTTCGCGGGGCCGGCAGCCCAGGGTGGCGATAGGGAGGAGCGCTCGCCTTTGGTCTGCGGTGCGCTCAAAGGGGTTTATCTGTAAAGGGAGATTTTTCTGTCACGTTTTCATGGAGGCATTGTTAAAGCAGGAGCGTTTGGGTGTGTGGTTGTTGAGTTTTCAAAGGGTACCTCACAGGTCTGTTGTCTCAGTGACACCTTGTGCTGCATCTGTACTGGCTTAGTTGTGTAATAAGGGCGAGAAGTCGATGTTCGTGTTGTGGCTACTTAGGGTTCATTTCAACTTTGGTATCCAGAGGTGTTCTGCAGTCACACGGAATTCCTGCTCGTTTCCTGTGTTGCTGATCAGAGAGCTATTTGCGTGAGGTTGGCAAGGTGTTTGGAACTGTCAGTGTGAGCCAACATAACAGTTAGAAAATTTTAAAACATTCTCATATTGTCCTGGGTTGTTTTTTTCTAACAGGTGGCCTACAGGAGGTGTAGGAAGGAGTCACATCTGTACAGAGGAGATCTGGCAGCATTTAGCATGTCTTACTTATCTGTAAAAGTGTTTGGCAGAAAACTCAAGTTTTTTTCCCCAACACTTTTTTTCTATTCGCTTGGTGGCTAAAAGATAAAGTAATTGGATTCTGCTTGTTTTTCTGGTAGATATTTTGCTTAAATGCATCTATTAATCTTCCCTTCTAGCCTCCAGTTTCTGCTTTGGTCGTGGTTATACAGCTCTGTATTTGCATACAGATGTCAGTATTTAAGAGTACTTTGAGATGGCTAGGTGTAAGTGCAATTTCAAGTAAGGGTTAGGAGAGGAAATAGAGGACGATGAAAGAGGGACGCGTTCAGGAGGAAAACACTAGCTGTTATGAATCAGCATTGCCTGAATTTGATTAAGCTGGGATGAGAACAGCTGTGGTGAGTATCCCTGAGGTCCAGCCAGCCCAATGGTGCCTCTGAGATTAGCAGATGTTTGGAGAAGAACAATTAAAAACAAGAATCCTTTTCCTCCTCGGATCTCCTCCGAGCGGGCTGTGGCTCAGCACTTCCTGAGCTAGAGGTCAGTGGCTTGGATTCTTTGCGTGTCTCTTTTCATTGCCTTCTGTATGGTTTTTCTTCTGTAGGTTTGTCTGATGGGTTTTGGGCAAGTAAGCAGGAGATAGCTGGTGAATGGAATAGGTGAAATTGAGTTCATGAAGAGGAGGAGATAGGAGAAGCTTTTCAAAATTGACAGCAGAAGGGGTGGGGGGAAAGTGAAGTACTTAAGTAGTTAGTGTCAGCTTCTTTGGATAAGGCTGAGGGGAGAAGTATTTGGAAAATGGAAAAAAAGGGGAAGTGAAGTCCCTTCTCAGTGGATTTTGAAAAACAGGGTTGTTTATCTTGCTAATTCAGTGTTCTCATGTAACAGTCTGAAAGAAAAAAATTCTTGGTGGAAACAACTTTTTTTCCTTACCTTCATTTCATTCTCTGAATTCAGTATTTTTTTCCAATATTTTTTTCTAATAAAAATATGTACTTAAATATAAAAGCAAACAGTCCATACATAAGTTTATAATTTTGATCTGTTAGTTAAAACTGCAGAGGATTTCTCTATGTGGTGGTGTTTTTAGATTGGCATGCTGAATCAAAGCCCTGTGTCTTATTTACCTTATGAAAACCAACGTCATCTGTTAGTAAATTTTTGGCTAATTTAAATGGGGAGTACTGTCTTCATTATAGTCATCTGCTTAAATGTCTTTGGTTAAAGAGTGTCTTTTCCTTCTGCAACAAGTGGCAGTTGGAATAACTGGGGGTTGGCAACTGGGAGGGTGGCTTAGTCATAATGGAGGAGGACTTAGCTTACTTTGTTCAGCTCGTGTTCATCAGTGAGGTATTCCTGTTGTTTGTGTGTACACTTAGCAAAAGCTGCATGCCCACAAGGTAGAGGCAGAAGTGATTTAGTGAAGTCTGGCTTACCCTTGATTACTGTTAACTTGTTTAACTGCCTGAGAACTCTGGAAACTATTGAGTTAGCTGTGAAGGAGTGTTTCAGGGAGAGCCTAGGAAATATCTGTTCTGCTCTGGGATTTGAGCAGTGAAGAACATTAATTCCTTTTGGTCATGTTGAGAGAGGCACTACTGTGGCTGTTACTACAGGCTGTATTAACTGTCAACTTTGCTTACTAATTTTCTGTAAAACTAACCCGTCCAGGTTGGGTTGAGGCAGTTACTGTGTATTTGGGGTTAAAGTGCAGTACTGTGGTTGGGCATTTGGACTAAAATGATTGGCATAGAGAGCGACTGTGGACACTTAATCTGTTTGTATTTGTTCCTAACTTAGGAAACAGCCAGAAGATGCTATCAAGTGTTATTTTTTTTGTCTGAACAAATTTTGTCTGTCTCTGTAGTATAGTATTAAATGCCTGCTTGATGACATCATAAAATGTTCTTGTTTTTTTTTATTTTAGAAAATATTAATATTGTGATGACACGGGTCTCTGATTCACCAGTATCATATGCTGTATTAATTCTGTGGGTTGTTTTTGTTTTTTTAAATATGGTTTCTTCAGACTGTCAGATGGAGCTTGTCTTTTACTAGTGGGTTGCTGCTGCCAGAATTTGGCAGTGCACTTGTAACTAGCACGATGTTATGGGAAGAGCTTATTGTTACCTTTATAAGAGGAAAAACTATTGAATGCCATTTAAAATGGGCGTCAAAAACTAGTAGCTAGTCAAAACCAAACGTTTTGAAAGTGTTTTTTTCCACATCACTGTGTGAAGTGATGCGTATAAGAACTTGGCTTTACATCTCTAAGCTGCTTGACTTAGACATAGTTTGAATGACAGACTACTGTCAGACATAGTAAAAGAATTTCCAACTTAATTGTTCCCTGGAACAGCAGAGCTAAAATTCGTTAAGGAAAACAGTTGTATTTCTTGGTGTTATTTTAGTTTTTATTTTGCCTTGGAACACATTAGTGGTGGAACTTCCAGGGTTTGGCTGCAGCTTTAGCAAGGTATTTCCTAGACTTTTGGACAAAGAATGGTTAGATACTTTTAAAGACAATATGATGGGTGCAAGTTAAAATTCTGTAATCAAGTATATACCAGTCATCATATAGACTTGGGAGTTTTACATAACTTTTTTGTCTCACACTGGCAGTAAGGATGATCTTTGCTTTGTTGACCTTTCTTGCATTTTTTTCCACTTACTAGTGGACTTGTCCTACTAAAAAGACTTGAAGTTGGTGATTGAGGTAAAAGCTGGTAAGCTCTAGCAGTGATATTTTTGACTATTGGTAGGTGATAATGTGAGAAAAATCAAGAATATGTGAGCAAACCATCACTCAGTCTTGATCTGCATTGAGTGAAATGAACTGGGAGTGTAGAAGATGCAGATGGATCCTGTAGTGGAACCATGTTTGAGTCCTAAAGTAGGAGACCTCTTTGGGGAAGCAAACGTGTTCTTGGAGTTGACTGACTGTGGTTTTGCTCATGCAGAATAATGATGATCAGTAATGGTTTGGTCATCCGAACAGGTCTCTAGATTTGGTGTGCATCCCAGTGTTGTGGCTTATCTTTTCTACTTTTCAAATTTAATTTCAAATTCAGCATCTGAAAAATGCAGATCTAACTGCTGTCTTGTATAGTTTTCTTGACTGTACATTGTCTTAGTATTCTTCACCTAATCTGTTCCTACAAACTTTTACACAACTTTTTAATGCCGAGTGATCTGCTGTTAAGTAAATTCTAGGTGTTTTTTTCCTACCTCCTCATCCCCTTCAGATCTCTGAACTTGGAGTGTGAGTCTTGTGTAAGCCGTGCTCAGCTTGGATTTACTTTCTCACCTTAAGTCTTCTTAATTACTTTGCTTTGTAAGGAGATAAAAGTGGATTATATACTACTTCTCCCTGCTTGTGTCACAGTGTGTAACTCTAAATCAATGCTTTTCTAATATTAACATGTGGATATCTGCTCAAAACAGAAGTGTGACTTCTGGCAGTTGTTTGCTGTCTTCTTAAGATTGTTCCTGTTTCTGCCAATGTTTATTTTTGGAGTAATTGCGTTACTTGTCATGTTTGAAGCAGTTAAAAACCTTTGAGAAAATACTCAGTCCTCTTACCAAATGATATGCTATATATCTGTTACTTAAAATGAAACATGAATAATTTGTGCTTCAATAGCAATAGACTAAAATATTAATGAATATATTAAACTTGAGACTCTGAAATCTCTACCATATTTTCTTTCCTTTTTTTGTTATAAAAAGTAGTGTTGAAACACTAGTTTTGAAAGTGCATCTCCAAGGTGAGCTTTAAAAATTTATGGATTTTTTTTTTTTAGTATTGTAATACTGGAAAGAACAGAAGAAGTTACATAGGAAAGCCTAAGTAGTGCAGGAACCAGCTGGAACATTTCAGATGCTTATTTTGGGGGCCTGTAGCAGAAATGCTAAGGCACAGCTTGAAACAGTAGTGATTGAGCGCCTGGTGTAAGGCAGGGCCAACCCAGAGGAGCTCAGGTGTATGCAGTGCGCCTGAGTGACTGGAGGGGTGGAGCCAGGATCCATCCCTTCCCAGATCTTATTTAAGGATTGGCAGTGGAGGTGAGGGTACCTTGCTGGAGGCCCCTGTCTATTGGAGGCCTTCCAAAGGTGAGCAGTTTTTATTCCTTTGCTTCTGCATTTGTGGCTGCTGCATTTGGGCTTGCCCTCATTTGCTGTAGCCTAGGA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Seq C2 exon
GTGGCGACAGACAAGGTTGCAGGAAAGCTGAGCTCTACTCTCTCATGGGTGAAGAACACTGTATCGCACACCGTCAGTCAGATGGCCAGTCAGGTGGCAAGTCCATCTGCCTCCTTACACACTACATCCTCCTCTACCACTCTGTCTACACCTGCGTTATCACCATCCTCACCAGCGCAGCTGAGTCCAGACGACCTAGAATTACTGGCTAAACTTGAGGAGCAGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005935:ENSGALT00000009552:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.760
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]