HsaINT0058446 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000067208 | EVI5
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:3501]
Coordinates
chr1:93201955-93257961:-
Coord C1 exon
chr1:93257901-93257961
Coord A exon
chr1:93202185-93257900
Coord C2 exon
chr1:93201955-93202184
Length
55716 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTGGCGACAGACAAAGTTGCAGAAAAGCTGAGCTCTACTCTCTCATGGGTGAAGAACACAGTATCGCATACAGTCAGTCAGATGGCCAGTCAGGTGGCAAGTCCATCTACTTCATTACATACCACATCCTCATCTACCACACTATCAACACCAGCCCTTTCACCATCTTCCCCATCACAGTTGAGTCCAGACGACTTAGAACTCCTGGCTAAACTGGAAGAACAGAATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000067208-EVI5:NM_005665:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.882 A=NA C2=0.654
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF102394=DUF2465=PU(16.2=94.1)
A:
NA
C2:
PF102394=DUF2465=FE(76.8=100),PF065348=RGM_C=PU(61.5=72.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)