GgaINT0044595 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009693 | CPXM2
Description
NA
Coordinates
chr6:33386589-33394769:-
Coord C1 exon
chr6:33394681-33394769
Coord A exon
chr6:33386713-33394680
Coord C2 exon
chr6:33386589-33386712
Length
7968 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TGTCATTTTTTCTTTGACAGTTG
3' ss Score
10.06
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCCAAATAATTATTACCACAGAAGAAATGAGATGACGACTACCGATAATCTCGACTTTAAGCATCATAACTACAAGGAGATGAGGCAG
Seq A exon
GTAGGCAGAGTCTGGTGTGTGACTTCCTGGAAGGGGAGGTGAATGGGTGCAGCTCTTCCAGACCTCATACAGAATAGGATTTCTTCCTATTGAAATGTTATTAAATGTGCCTGCAATCTATTCAGTTTTTATCTCTTTTACTCTATTATGAAAAGCCACGTTCTATTAAAATCTCAGTATCTAAATCTGTATGTCATTTTAAACAAGTGTCACTGCACGGCAAGGGAATACTTACACCTACCATGCCATCATTTTGCTTCCATGTGTATTTAACTGGTAAGTGTTACAGGAGTTTCTCCTCACAGGTTTGACCCTGATTTGGCCGTTAGAATTCTTCTATCTTTCTGTGGTTTGGCATAACCACAATAAACTATAGAGCATCAAATTCTGTAGAGTAGTGAAAATCTCACCAGAAACCACTGGAATTGTTTTGTCGAAAGGGAGTCTTAATGAGGAAAAAAAATCCAGTTAGTGTAGTTCTAAAGCTCCCAGCCTTGTTAATCTTGTTCCTATTGCTTCAGATAGTCAATCTTGGTTTTGTTTTTGTTGTTTTTTAATCTTGTTTCACATCAGCACAGACATAGGTGTGGGTTGCACCGAGGGAATGTTTCTGCTTCCTTTCTTTTAGGATATAAAGATAATATGTTTGGACTTGAAGTGTGTGAATCATTTGCTGAATTTTCAGTATATTTGTACTGCATGAATCACTGTTCATTTTTATTGAGCAATTGTGTACTGAGTCACACACTCATTTCAGCAGATATTTCATAGCCTATATCTCTTAGCACAAAGATTAGACAAGTAGAAACTCAATTGGCATAATTACTGCCAAGAATTTTAGATTCTTATTGCAGAGAGACAGGTTGGTCAATTTAGAAAGGTCTTTGGGAAAAAATAAAGTTCAGTTTTAAAATTGGATGCTTTTCCAATTTTAATAAAAGCAGAAAATTTGCAGCTGTGGTAGAGACTGCTCAGTTGCGACCTGTCTCTGTGTTCTCCCATGATTTGTGTTCCAGCGTGTCAAAGCAGTTCGTGTTTAGAACTGACTGCATTCTAATTGGGTTCTGCTGCTGGTAGGCAGAAGATTGCGAGCTAGGATGTGTTAAGTCTTATATCCCCCGAACTGCTCTTTGGTGACAGCCACAGAACTTAATGATTCCTTTCCTGAGTATAAAATAGAACAATAACTGTCAATTTCTATAGTTAGCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAATACAGAATGTTATTATCAGTTTTGTTAGCACTGCCAATCATCTCATAAAAGCACTGATCTTTGGAGTTATTTATCATAAACACTGAAGGAGGAGGAGGGTGTTCCCTGGGCCATGTTTTGGAAGCATTACATTACATTGCAATATGTCAAACATTTGTAGGAGGGAGGGTTTTTTCAGTGTCAGAATATTTTAATAGAACTCCCTATTTAGGAAGTTGAAATTTATAGTATGAAATGATTCTCTCGGCAGAGCACTCTACTCTTCTTTCAGTCAACAGAGACACTCACTGTAACTCATACTCAGAAGCAGGGATCATCTTGTAGTCCACGAAGTATTTATATAGTCCAGAAAGTACAGACATGATGCATTTGTACTGTGAAGCAAGCTTTGAAAACGGTTGATGGATATTCCTGGAAATAATTTGAGATGGACACTTGAGTATACGTGTTGCTTGTGTAACCTAGGCGAATCATGCAAAAGAATGGAAAACCGTCCCTTCTCATAAAATGAGACATCTCATTAAATAGAATGTGGGAGAGAATCCTGCCAAAGTATCTGACATTTCTTTCCATGTTAGGGCTAGCTATTCTAAAATAGTCACCTTTAAGCTTCAGAAGGAGGTGAATCTGAATACAGCCCAAAGCTTCAACCTCGTCTGTTATAAACTGAAATGTATAACCAAAATTATACTTTGCTTAGAAAATAGAGGTTTTAATTGTTAAGTTTGTTTAACTGTGCGTAATTCTTTCCTCTGGGTCAAGTCAGATTGTAGTCACTCTCCAAGTCTTGTGTTGGTTGTCAGGGCCAGCTTTGCTCATGGAAGTGGTGGAATGATAGTACGGAACGTTATGAATTTGAGCTGTATGTGTTACCTTTTTATCTGAGGGCGAGTCAATGAAATCTAGAAGAGTAGAGTAATTCCCAGCCAACATCCCGTGCTGCATGCAGGGCCAGGTTGATGGTCTCCATCTCTCCACTCAAGAAGGAGGCAAGTTCTGTTTTGACATGAAGCAGAACAGAGAACACAGAGATATCCGTACCTGGTCTGTTGCAGGACTCAGATACCCAAACGATTTTCATAAAGGGTAACAGATAGCCATAACCTGAATGGCATTAAGGGGAGAGCCTTTTTGCCTCCTCCAGGTTTAGGCAGCACACCTTTTTAACACACCTTTTCTGCCAAACTGAAGAACTGGACCTTCAGACACCAGTTCTGAAGGGCTTCTTCAAAGACTGCATGCAGTTTTCCAAGGCGCTAACAAGATAAATAATTGGTACTGACAAACAAACAGGAACTGTCAAATAAGAACTGCTGGTGAGCACAACTCTGGAAATGTTTTACAGCCCTGCTGGTTGTTAATAAAGCCCTGACGGACTATTATCATCAATTGTCTCTGACAGTTTGTACAAGCGCAAAGAAAACACTGTGACATTCCAGGTGACCTATTGTGCCGTTTGGAGGAAATGGGCATGAGAAAAGCAAATATGAAATATGTTCGTTTCCAGCATTGTATTTATATATAAACACTTATCCACGTACTATACCCATGCTGCCATCAGAGGGGCCACAGTGGAGAACGTTGCATAGGACCTGATTCAGGAAAGATTCCTCGTTTAACTTGGAAATAGTAACACGCCTGAAATAAAACAGATGGTTGGGAGTTTGCTGAGGCCAATACAAATATTTCCATTGTTTGTAAAATGCTTTGACATTGGTTCTAGGCATTTTTCTTACCAGGAATGAATTTTAACATGCTTTTCTAAATTGGTGCTCTGGATGGTGCCAGGTACATTGGGAAAGCTTCTGCGCTGCAGTAGGATTTCATGAACAGGCTCATCTCCCTGTTTCAAAGTTGGGTAGCTGCTCTACTAAGAAAGATTTCCATAGCACCCTGTCCGTTGGTATTTTTGGTTCACTGTGAGCAATTTCAGACACAGTGGCTCTTGACTGTGGAGATTTAAAGCATTCTGACTTAACTTGGCAATGAGTTGTTAAATCTTGTGTAGAAAATGTAAAATAATGTCCCCTGCATCTTATATATGCTTCAGCTGGAAAAACAAATCATGGCATACCCTTTCATACATGCCCAGAAGATTAAAAATATTCCATGGAAATATTTGGGTGCTCATCATACCAGCACATTGATGATTATGGCAGTGGTGGGAAAAAGTACATAGAAAACCAGAAAGCACACTGATGAAGCATATGTGAATGCAATTTTAGAGGAGCGTTGAGTTGACATTTGCAAAAAGAAATTGTTTCTCATATGTATGAAGCCAATGTACAAGACGGACAAACCTTTAAAAACAAAAAAAAACCCAACCATCTTTTCTGTCTTTTAGTGTGATTATAAATAGAAGTCTTTTATGAGAGGAATTTTAATGATGTTCTCAATGTGAATTGTGTTTCCACTTTGATTTACTAAATGGTGACATGGGAATTGGACACATCTAATTAATGTTTTTTCTAAATCATCAGCTTTGTTATCATGCAGTATTGTCTCTATATTAATACTGTGAGAGCAAAGAGGTTTTGTTATGCTGCAGTACTTCTTCAATAATGTATGCACCCTTGTTTATGGAAAGATTGTCTAATTAATAAACCCTAGGGCTCCAATTTACAGTAAAGTCCTTATTTATTTCTTTAATCTCTTCCACTGAAAAAAAGATCAAGACAGATAAATTTTGTCATTTAAAGCTATTTGCAAAAACTTCTTAGTAAGAACACGTTTTTAGCCTTGCTTGTGAATCTTAACGTTCACCTGAAATGTTGCAATGAAAATTGGTTTTGTTTGTTCCTTTGTGGGATGATTTAGACGGCAGATATCCTTATCTGGATAACATCTGCGCAATGCCATTGATGTAAACAGAACTACAGCCCATACCATGACCTTCCTCATGCACTTTATTAAGCAGTAAGGCTAATTGATTACATTTAGAAGATGTCTCGCAGTATCTGAAGGAAGGATTAACTGAGTAGATTTTGACAATAGATGCTTTCAGACTGGATGTTGGCCTTGCCGTTATTATTATTATTTTTGCTGAAGCCTTGTAAGTAATTCACAGGAATTTGTTACACCATTTATTTGCTAAAAGAGTATATCCTGTTATGTTTATGGGAGTAATTCAGATAACACCTATCTTGCTATTTTGGCCTCATCAATATTGCCTAAAACAATGATTTTACTCGTATGAGACTTTATATTGTTATGTAGAGCATGTAGGAAGAGGTGTTGAGAAGCCTCTTTCCATTGTGTAATGTTTTGAGAATACGTGCTCTATTATCTCATGATAGTGTAGGACTTATGTAGGGGATTGTTTGTTTGTTTGTTCTTTATTATTCCTTTTGAACCTACCCATCATGTAGTACTATTGCAGAATTAACTACATCTCATGTAAGAAAGATCTAGAACTTCACCTACACTGTGTTGTTTCATCTTGTTCTAGCTGAACAAAGTTGATGTTGTGTGATAGTAGAGCTATGGTTCATAAAGCATTTACAACTAAGAAATAAGATAGAGAATGAAGAGTGTCTGAAACAACCAATCTGGAATAAAATCATAATAGTTCAATACTGTTGATGCTGTTAGTCTAACTCTATGTCATTTTTTCTTTGACAGTTGATGAAAACTGTGAATAAAATGTGCCCAAACATCACAAGAATTTACAATATTGGAAAAAGCCACCAAGGACTAAAACTGTACGCTGTTGAGATTTCTGACAACCCAGGAGAACATGAAGTTGGTTAGGATTTAATCTAAC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Seq C2 exon
TTGATGAAAACTGTGAATAAAATGTGCCCAAACATCACAAGAATTTACAATATTGGAAAAAGCCACCAAGGACTAAAACTGTACGCTGTTGAGATTTCTGACAACCCAGGAGAACATGAAGTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009693:ENSGALT00000015779:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.300 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0024619=Peptidase_M14=PU(0.6=6.7)
A:
NA
C2:
PF0024619=Peptidase_M14=FE(13.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]