GgaINT0046060 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009287 | ATF2_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:17811408-17820796:+
Coord C1 exon
chr7:17811408-17811494
Coord A exon
chr7:17811495-17820646
Coord C2 exon
chr7:17820647-17820796
Length
9152 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
GAAGTTTTGTTTTCTTTCAGAGA
3' ss Score
8.65
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTGTTAGACCTGTCACCATGGTGCCTAGTATCCCAGGAATCCCAGGGCCTTCCTCCCCACAGCCAGTGCAGTCTGAGGCTAAATTG
Seq A exon
GTAAGTGAAAAACTCCATTTTTCCTCAAGAAGACTAATTTGAGAAATTAATTAAATTTTGCTGCTTTTTAGAATGGCTTTAGTTTTCTTTTGTTGGTCTAAAATCTGCAACTGCAAATTTAATGACATAGAATAATAGTTGCATTTGGATTATAATTATTTTAAATTCCAGTGTATGTCATACTTTTAAATGGTCTTCAAATGAACTCTTTCTTGCTTCTTGTATTGGAGGATAGGAAATGTTAGTAGTTCGAAGAAAGACAGGTATAGTAGCTTGTCAGTGGTGAACATCACCTTCAGAGAAGCAGAATGTAGTTCCTCATAAAAGATGTGTTGTTTCTTGGTTTAAAAAAAAAAAAAAGAGACTAGGAAAAGAAAGTGTTGCATTAACAGTGTTTTCAGAACCTCAAATATACCCCAATTGACAATTTTTTTTTGTAATCTGCATTACTGACATACTCAAGAAGTTGTATTGTGTGTTTTCTGTTGTGTGTGGGCTATTTTGTTAAGGGAGTATTATGTGGGGAAGTTGTGAATAAAACAGGCTAAGATTTAAAAAGAAAAAAATTAGTAATCAAGTTATGGTGGTAGTTTGAATTAACTGAAAAAAACATCAGTTGCTTTGCTGTTTTTTCTGGCTTATCTTACTGCCCCAACTGTTTTAAAAACATATTATTAAACATAATGAACCCACTTACATAGGTATCAACAGAAATGCGAGTTGCTTTTGTCTTGTGAAGTAGTATTCCTCTTTTGAGGAACTAAAAAGAATCAAGAACACCTGCTACTTTTTTTTTTTGTATTTTGTACAGCAATATTGTTGAGTGGGAGGATTATCTTAACATTTTTTGTCTTATTTCTCTTTGCCTTTTCTTACCCATTCTCTCTTCCCAAACTTTTCCTAGTTCTGTCATGTTATCCTTTCAGTTTCATTAAAGCCGTGTAGGGAGGGACAGAAAGGTTAAAAGTCTCTTTCCGTGCATCCTTATCCCTCTAGGAATGGAATCATGGAATCACAGAATTGTTTGGCTGGGAAGGGATCTTAAAGCCCATTCGATTCCATATGTGGGCGGGGTTACTACCCACCAGATCAGAGCCCAGGCCCCTATCCAACCTGGCCTTGGACACCTCCAAGGATGGGGCATGCAGAACCACTCTGGGCAGCCTCTTGTACCACCCTCTCAGTAAAGAATTTCTTCCTAACATCTAACCTAAATCTGCCTTCTTTTTGGTTAAAGAATTTGCCCTTGTCTTACTACATCAGACCATGTAAAAAGTTGCTTTCCCTCTGTTTATAAGCTCCCTTTAATAACTTGAATACTCTTTTCCATGCTGAACAAACCAAGCTCCCTCAACCTCTCTTAGAAGGAAAAGTACTCCGGCCCTCTGTTAATCTTTGTGTCCTATTCTCTACCTGCTTCAACAGCTCTTCTTCTTTCTTGTGATGGGGGCCCCAGGCCTGGTAATAACTTCAGTGTAACCAGGTCTGATGGGATGAAATTTATCTTAAATATAGGAGAGAAGAAGGTAAAAAAGTGTAAATGAGATTTGTTTTTCCCCACAGATATTGGAAATTTATAGTTATTAGGAGAGTCAAGTTTTAAGTTTTGCTTTGTGAAATAAGGATAAATTATTACCTAATATGTATTTCTTACTGTTGGGCAGGAAATTAGGTTCTTAAGGAGATTACTCTTGAGTGATCTGTCCTTATGAAGCTTTAAAGCAGGGAAGAAAATACATGTATGTAGTGAAGATTTTGATCTCACACGGGAAGAAGCAATCTCTTGGATGCAAAGAAAAACAAAGATCATTAGACTTAAAATTTAACAGTCTCATTAGTCTTCTCGTTAGAATTTAGCTAATATATGCACTTCAGTGATTGCCTATCTTTTTTTTAAATGAGCCTGTAAAAAGTATATTTGCAGTTATTTCTTCTTTCTTTCCTTGTTTCCTAATACAAAGCATGAGCAGAATTCAAGAATATCAGAATTATGTATATTTCTTATGCTCATTTACTTTTATGTAGTGCCTACTCACAAAAATAAAAACCTTAATTTCTTATCACTCCTCAAGTAAAGGCAACTTAATGAGAATTTTAACGTTGATGCAGAAAAGCTTACAAAAGGAAGACAAACTTACTATGCCATGTGATGCATTGTTGACAGATACATTATGGTTTATTAACTGAAAAGTTCCATTTAATTTTAAAAATCCAAACTTTTTGTGATGCCAAGTACTTTTATTTTAATTTTTTCTTGTATCTCTTAAAAATTATTTTGCTTGCAACAGACCAAATCCTTCAAAGGTATGGTATCAGTTTTCCTTTTCATTTGTGTTCCGGGCTAAGCCACAAGAATTCTTAAATACCTATTTTTACAACTACTTGTTTTCTTTTTACTTTATTGGTAGTTCTACTGGAAGGTGAAATATAAGCTTTTCTATTGAGTTAAATTTTATAACTGATCAAATGATGTATGTTTCATCTACTAACAGTAGACTGCAATTTATGGACTTACTGGTATGCTTAAATAAGCAGAAGACAGGGAACAGTTCCTGCATCTTTTTTGTACTGTATCCACTTCTCTGGGATGAAGCCTGTCAGCCTGATATTCTTACTGTATTTTAAATGCAATACTGAATGAAGGGGGACAGCTGTGATGTTGCTCTCTCAGCAATCAGGACATAGGAGTCAGGTTTTTTATAGATCTTTGCAATTCTCTTATCTGTTGGGTTTTTTCTTTTTAAATTATTTATTAGTTGGAGGTTTTTTTGTTCTTTACAGACAAATATTGCAGTCTCAGATATTTTTTCATACTGCATTACAAAATGTAGGTACACAATATGTAGCACATATTTTAAAAAACTAAATGCTCGGATGTCTAACTAATATTGCATCTGCTCTGCAGATATTAAGGTAAGTTTTACAATGTGTGAGTTGCAAAGCAGATAAGATAAAAGCCATGAGTTGTAGAACGGGAGTTCATGTGTTTAATGCAACTCCAGAGGGTTTTGTCGTGTACGCTTTTGGCCATAATTGTTTAAATCATTTATTTAAAAGACCTTGGTTTCCTAATGCAGTAGTCTGCTTTTTTCTACTGTCCATATGTATGACGATGCTTTTGTGAGGTTTTCTTAGGGCAGATCTACCTGCTTCAGAGATTCTGGGTTAAATTCTTGAAGAAATGTTAGAAGCAGCTTTTTCACATGAAGATGCGATAGCCTTGTATCGCAGAACTATACCAAGTACAGAGCTGTCTCGCGTAGCAGACACAACTCTGTACGTTTTAGATTAAATACTTGGCACAAAGCAAGGCGGGAACCAGGCGCTTCCCTTCATTTTTACTTTGTGCCTTTCTTTACTGAGGTCATTTCTGCCATTCTTTTTTTTTTGCATGGCGTTTCAAGGAGCTGAGATATGTTAGAGTACGATCAGGAAGCATGTTGTGCTCTGATTTCATTCCTCATCTCAATTCTTCATTTCTCTCTTAAATGTTTACAAAAGGCTACTGTTACGGATATCTGTATTTTTTCCTTTAAATGAAGGTGAGAACTTTGAGCTTTAAAAAATATATTTTTGTATTTGTGTTTTTGTTATTTTTAATGATTGTAGAGGTTTGCTATTTAAATATTAACCTAAAATTTATTATTTAACTTAATTTCTACTGATTGATGTAAAACATGCAAATTTTCTTATTATTTGATGAATATCTATTTTGATGAACTACTTATGAGCTGCATATATCAAATTGTATATACAACATCATACATTTATTTGTATAAAATCATGAGTGAACTACGGTAAAAACAAGTTGAGTTTCTGATTTCTAAAAGCTAAAGACTAATATAACTTGAAGTCTTGTTTCATAATGGGCGTAGGATGCCTTCCTGGAGCACAATTAAGGTTTTCCTTCAGCTGTCTTAGGAGATATAACCCTTAAGAGACCTAATACAGTTGCTGAGTAACTCCCCCTCTCCACCCCAAAAATGGACAGCTTTTCAAAGTCAGTTTCCAAGTAGGCTCTCTTTGTTTGTATTACAGTGTCCCAGCTTAGTGCACAATAGTCTGAACTATATTTGATAAAAGTTTTCAATCTGATATCAGAGTCCTTCAGAATGACAGTTCTGATTTTTCGTGTGAAGAGAGTTACTGAGTCATCACTTTGAGAGCACTGTTCTCTCTGTTAAAGTTGCTGGGCATTAAATAAGCATATGAATTCTATGGAGGGACAGCCACGTATGAAAACAGGTTCACTGAGTGAAATAGCAACAGTAGAAAATCAACCAACTACAAGTAATACAACTGCAAAGCAGATAAGATAAAAGCCATGAGACAAAAATGTTATATTGTCTATGTAATGATCCACATCCTTACAGTTGGTGACCTTGTTGCATACTGTTCTCAACTCAAACAGCTAAAATTTAGTGGACGAAGAATGTGTTAAGTACAGTCTTACTTGTCTGCTTGATCACTGAAACCTATACATTGTTACATATATAATGCTATATATGTTTCAGTGCTACGAGATAATTGTATGCAATTGGATTGCATTTTTATTTTACTGTAGCAAACACATGTTCCATTCACACCAGTAGCAAGCACTGTTACTGCAGTTTGGAATATGATTGGAACCCCTAACTCTTGTTGCTTGCAGAATTGATTGAGATATGACTAGAGATTTCATTCAAGCACAACCTTTTGTCTTCCGCTGGTATTCTTCTGAATGCATCCTTGTAAATGTACTGGGAGTGACAGTACGAATGAAAATGGGTTTTACATTTCTGCAGCGCACTTAATATAAATTGTCCACTTTGATGGCATGATTTCATATTTGTTGTGCTGAGGAAACTAAATGCTACATAGTTTAGTAAAAATAAAATGTACAGATTAGCCTTGTAATATTTTAGGGAGGATTAGAATTATATGTAATAGCTGTTACAAAAACAAACGAGCTTCTCAGGTAAAGGGTGCTCAGGAGTTAACAAGATGGTGCTTAAAGGTTC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Seq C2 exon
AGACTGAAAGCAGCCTTGACCCAGCAGCACCCTCAGGTAACAAATGGAGATACTGCCAAGGGACATCCGAGTGGGTTGGTTAGGACTCAGTCAGAAGAGCCGCGACCACAATCACTACAGCAACCTGCAACTTCAACAACTGAAACACCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009287:ENSGALT00000015107:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]