GgaINT0048450 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008479 | PLEKHM3
Description
NA
Coordinates
chr7:13159858-13173010:+
Coord C1 exon
chr7:13159858-13160015
Coord A exon
chr7:13160016-13172832
Coord C2 exon
chr7:13172833-13173010
Length
12817 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
ACGCTAATTTGTGTTTGCAGGTG
3' ss Score
9.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTATTGAAGGAAAGCTGGCTCCTTTCTTGGGGAAGGTGATCAAGTTTGCCACCTCTCATGTGTACAGCTGTAGTCTCTGTAGTCAAAAGGGATTCATCTGTGAGATCTGTAACAACGGAGAAATCCTTTACCCCTTTGAAGACATTTCTACAAGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGTGAAAGCTGTGGTGCTGTCTTCCACTCTGAATGCAAAGTGAAGGCTGTACCATGCCCCAGGTGTGTGCGTAAAGAATTGCAGAAGAAGCAGAAATCCTTCTGGAGGCGACTGAATATGGATGAAAACTTTGAAGAGTCTTGCAACATGTTTGAGTTGTCATATCAGAACACATGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008479:ENSGALT00000013817:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139011=DUF4206=FE(25.5=100)
A:
NA
C2:
PF139011=DUF4206=PD(14.2=48.3)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]