RnoINT0113482 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000023760 | Plekhm3
Description
pleckstrin homology domain containing M3 [Source:RGD Symbol;Acc:1307151]
Coordinates
chr9:71498293-71520869:-
Coord C1 exon
chr9:71520712-71520869
Coord A exon
chr9:71498670-71520711
Coord C2 exon
chr9:71498293-71498669
Length
22042 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAG
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TCTGTGCTTGGCTTTTACAGATG
3' ss Score
10.35
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000023760:ENSRNOT00000032782:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139011=DUF4206=FE(25.5=100)
A:
NA
C2:
PF139011=DUF4206=PD(14.2=48.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]