GgaINT0048450 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008479 | PLEKHM3
Description
pleckstrin homology domain containing, family M, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:34006]
Coordinates
chr7:11595944-11608981:+
Coord C1 exon
chr7:11595944-11596101
Coord A exon
chr7:11596102-11608918
Coord C2 exon
chr7:11608919-11608981
Length
12817 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
ACGCTAATTTGTGTTTGCAGGTG
3' ss Score
9.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTATTGAAGGAAAGCTGGCTCCTTTCTTGGGGAAGGTGATCAAGTTTGCCACCTCTCATGTGTACAGCTGTAGTCTCTGTAGTCAAAAGGGATTCATCTGTGAGATCTGTAACAACGGAGAAATCCTTTACCCCTTTGAAGACATTTCTACAAGCAG
Seq A exon
GTACTGTAATTAAATTAACATTTGATTCACCTAACATATCCTTGTGGATCCTCAGCCTTATGACGTCTTTTTTAAATAACTGTGTTCTGGATTTGACTAATTCACATTCCTGTGCAGCTGCACAAGATTCCTGGCCCAGAGAGGCCACAGGCTTGGAAGTAGATGGGAAGAACTACTTTCCAAAGCACTGTAAGTTTCAGAACAACTGCTTGAGATGGGAAGATTCCCCAGTAGAATCTCATCATGTGATTTATTTGAAGTTTTCTGAGTTTGCAAAGTATCTTAAAATACTAAATGGATTCTCTGGTGTGATCACAGGCATTTTTCCAGTACCTGATGTCATTGGGCCCATGATGTACTGGGACTGTATATTGTAAAGCAATAACCATCTATTCTGGAATGTTTTCTCTGTGAAATGTTATGGGTAATTCTTCATTTTCTCTGTGCATACTCTTCTTTGTGTGTTTGCAAGTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGGTTTTTGTTTTCCCCTTCCTGTAATGACAGCTCTTCTCAGGTAGTTACATAATATACGTAAGTATGTGCCCAGCCCTAAGTTAAATCCACGAACATTTATTTCATCTTAAGTGGAGTACTGGGTGCCAGATCAGGGACAGGAGTTGCATGGAAGATCTAAAATCAAAAATCAGGAAATCAGAGTAGACTCAGCAGTGCAGCAGGTATTACTCTTGTTTTTCAAACATATCTTGGATTTTAAATAAAGGGGGATTTTTTTTTAACTCAACAGAAAGACTGTATCTGACAGCACCACATTCCTCCACAGATAAGTACTTTTTGGTTGTTTCAAAAATAGTCATTTTAATTTGTTCTCCAAAGATTTCCACTGAAAAGAAAAAAGAAGTTGAAGGGCTACCTTTGGAAACAATCAGGAGCAGCCTCTTAAAAGGGCTTCCTTAAGAATCTGATTCCTCTGTGTGTACAAAGATGTTAAATTACAAGTAGCCAAGGACTCCTCTTTGGGGGCTTTCAGCCTGACCTGACTTTCAATGACTGTTTGCACATTCTTTCTCCACATTCTCATTCTACAAAATGCATTGACAAAGCAGGGAACATAAGCTAAACAAGGTGTGCAGCTGAGCTCTATAAACAGTTTTCAGTAAAGAATGTATGTGAGAGTGCTTGGTGAGATAGGCTGAGTTAAAAAGAGACTGAGATATATAAAGCATCAGATGCTTATTGAGACCGTATAAAAGGCAATTGAAGATTGATGAGAAAATGTAAGAGCATTTGAGAAGACAAGTTTACCTGAAGTATCTGTGTGATTTGCCTGGGGATTTTTGGTCACAAAAACATTGTTGGATGTGTATTGTTTCCCTACCCTTCAGCTGAGATCAGTCTTACCTTGTAATTACAAAGTTTAAAACCTTCTGGTATCAAAATAGTTTTTGCCAGTAGAACAGTGAAAGCCAAAAAAAAAGCTGCTCTAGCTCCTGTTTTTATGTGAATTAGAAACCAGAAAGGACTTTTGTTCATGTTTCACAAATGTGGTTGATGTCATGCCAAAGACAACATCATCTTTAGTGATTTTAATTGAAACACAGTCAGCATGAATGGTTCTTCGATATTTCTCTTTCTCATTTTGTCAGAGGTCATTTTGCTTGCTTCTTTTGTACTCCTTATTGCTAAACCTTTTGTCCTCAGCATCTTCTGTTTCCCTTTGTTAGTTTTCTCATTGCATTACTACTCATGCGGGCACATGCACATCTGTGAAGCTAACCAGAGTATGACAGTCCCATATTTTAACTCTTCTCTGCCTTTAGGCTAGAGACAAGTCATTATGACAGAGGAGCTTGTGCAGGTTACTGTGCAACTTCATTGTTGCAAAGCACTGAAGAAAAGGCCCAGGAAGAGCTTTCATATTTGTAGCCATCTTACACAGATCACAGTGTTTTCTGGAGTAGGTGCTCAGGTATAACATGGGAAGGCTGGTTAGACATAGGAGAAGGTCTCGGTTTCCTGGAATTGCTGTCTACAGCATAGTACTCACATTTTACACTCAGGACTGCCCAGACTTGGAATTAGCCTGATTGTAGCTGCTGAGTTAAAGAGGGAAGAGTAGCAGAGCTCTGAATACTCTCTTTCCATGTTTTCATGTGTTAATCACTCACTTCTGAACATCCTGTTAATTCTACCAACAAATTGGGCTCTTGGCTTAGAAATATTTGAAAGTGGGTGCAGCCTTTCTAAACTTCACCTCCATGTTGTATGTTTGAAAGGGGAAATCAGTTTGTGTGTGTGTCTGTGTTGAGCTGACATTTGTTTTCCTGGCTACCTCCCTTACTTTCCTTGCGCTTTGGAGAGAAGAGTGGCAGCTGTCAGAGAGGCTAGTACAATTCCGAGGTGGTTTTCAGATGGCTGTTACCTTTCCATCTTTGTGATGTCTTAGGTGAGCTTTGGGAGTTCATTTCTCTCCAAAATCTTTCCCGCAGTTTCTAGAGAAGTCTTCAGTAGGAATTTATGAAGGATGGGTCTTCTTTAGATAGGTATATCTCAGAGAAAAGCGGGGCCCCTCTTGAGGGCTGGAGTTTCTTGTTGGTCGGGTTATTTGCTTAAAAGTAATTTTTGTCAGTCCTTGAGCAAACAGAGTGAATACCTGGGTTATGCGCTCCTCAGAGTTTGAATACACATATATTACATACCCTTCTCTCACTAATCAGCATGACACATTCCTTTGTTGGCAAAGGTTCCAAAATAAACACAATCAGTTCACTTAATTAGCGTGTCTGTGGGCTGTGCTTGGCAGACTCTTTACATCCTGCTCAACAATACAGAGCAACAGTTTGCTGCCTTGAATGTAAGGGTGGGCTCACAAAGTCATAAGCTTTCTAATGATATTTCCTTTCTGTGGCTTTTCTTGGGAGGTGGCCATTCTGCACAGAGCTTAATGAAAGCCTTGATTCAGTAGTTAAACAGTTTATCTTTTTTTTTTTTGTAAATTGGCCCATCCTTTTACATGCCTCTTTTAATCTGATTCCTCTGTCTCCCACTTTCCTCCTTTGTCTTTCTTTCAAATACTTGTATGAATTCATCTCGATTCTTCCTAAATTTCACAAATTATGCTTCTTTCTGAAGACCTTTAAGTCTATATTTAAAGCCTACACAGTTAGTTACGCATTTCAAGGAGCAAATGGCCAGCTAATGTAAACTCTCAACATCTCTGGATGTTGATTGCTGGAGCTCTGGCATCTTTAGCAACCTGAACATCAAGCTCCTGTTTAATGTCTTCAACTAAATTGGCTTCAGGCTTAAATTTTCCAAATAAGCATATAAAATAGTCCTATCGTGTTGCAAATTTTATTTTTACAAATGTTGTGAAATGAGCTTAAATATTTCTGATTATAAACCTGTTTATTAGAGCAGTTGAGCACTGCCCCTCAAGTTTTCCTAGTATTGTTTGTTCTTCATTAATGTAGTGTATCCTAAAATAAAAAGTAAAGGCAGAAGTGGGAAAAAAAAATCTGTGTAGTGATATAGTTGTCTATGATACGTAGCCCCATTTGTTTTATGACCTAGAACATTCTTTAACAAGTGTTAAATCTTAAAGAATAATGAGAAGAATGCCATTGGAATAAGAATGGAATTATTCATTAGTATAATTTTGTCTAATTAAATAATTGGGCAATTACGGTTAAGATTATTACATGCTACTCAGTTAATAAAGTGATGATCTTGCCTGTGTGCTGCCATCCTAGTAACTGTCCTCATAGGTAATGCATTGTATTTCACTGGTAAAGCTACTTGCTTGGTTAAGGCCTGGCAAGTCAATTCCTTGCCTTTTATGTTGTGCCTCTGGATGCACATGAACGAAGGAGAGTGGTTCTTTTGTGTTTGTATTCGTTTATCAAGACAAAACTGTTTTCACTTTGTGAAGTTAATTTGTTCTGAAGATCAGTTAAGACATGTAGCCCTGTAAAGATACAAACCAGAAGACCCAAGTTTAAAATAGACACACAGAACAGGCTTAACTATATGAACCAGCTTGGATGCCTCTATAATCTTTGGCCACCATCCTGATAAGACCTATGAATGTACTTAACTTACATGTCGCAAAATGTCTTACTAAGGACTCTGGGGCTGTGCTTAGCTTTATACATGTGCCATAGTTTTTGCAAGGTTGCAGCAAACTGTGTTGTGGATGCTGTGTTAGTGGACAAAAAACAGCTCTGAGCATTTGTGAGAAAGTTAGATAGTAGGTGGAGAGATTTAAATATACAGCACAGAGCGTTTCCAGAAAATACCTTGGCAGAAGTGAAAGGCATCACTTGAAGTACATTGTTTTCCCTATTGCTTTGGTGTGTTTTGTGCTAGACAGCCCTTCCCCAGACCCGGTTCCCTTGAGCTGTGCAAGTACTTTAGTACTTGGTTTGTGAAAGAGCTAAGTTCACTGGATGTTGATAGTGTAAAAAGCTTATTCAAAATATCCTGAATGGATGTGCTCAGCATAAAGAAACACAGGCACCTGAGCAGACGCTAAATTATCTTCATTATATAATTTATGTTGAATCTCTCAAAATGGGCTAAAATCTGCTGGACCAAATCTGATTTTTCTGTGCGGATCACTACAGTAACTTTATCTAGAATGCATTACAAGAAAGAATATACAGGCTTTTCCATAGAGCATTGTATTTTGGATCTAGATTAGCTTTACAGATTGGTTTTTCCTGCCTTGCATCAGATTGGTGTTAGTTAGAAGGTTCTGCATAAAAGCAGGGACTTAATTTCAAGCAAGAAGGCCTCTGCAGCACTGCCTGGTGCAATTTCCCCCTGTCTGGGCATGGCAGCCATCTCACTTCCTGTTTCTGCTTTGTGACTTCCCTCCTGTGCCTTCTTCCTTGTTCTAGATTTCCCACTTGCTAGTCAAGACCTAATTTCCTCTTTCTTCCTCTTGCAGAATTCCCTTTTGAGGTACACCTTCGCTGTCTTACAAGCAAGGTTCTTTGTATATCGGATGCCAACT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Seq C2 exon
GTGTGAAAGCTGTGGTGCTGTCTTCCACTCTGAATGCAAAGTGAAGGCTGTACCATGCCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008479:ENSGALT00000013817:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF139011=DUF4206=FE(25.7=100)
A:
NA
C2:
PF139011=DUF4206=FE(10.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]