GgaINT0048485 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010930 | STK39
Description
serine threonine kinase 39 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17717]
Coordinates
chr7:18650881-18664159:+
Coord C1 exon
chr7:18650881-18650949
Coord A exon
chr7:18650950-18664094
Coord C2 exon
chr7:18664095-18664159
Length
13145 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAAC
5' ss Score
5.88
3' ss Seq
CTTCATTCTTTATTTTACAGTTG
3' ss Score
9.12
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTGCTGCTAACTTACAGAAGATTGTAGATGATCCAAAGGCCTTGAAAACATTAACTTTTAAGTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010930:ENSGALT00000017779:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.028 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF122023=OSR1_C=PD(18.8=25.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]