HsaINT0160938 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198648 | STK39
Description
serine threonine kinase 39 [Source:HGNC Symbol;Acc:17717]
Coordinates
chr2:168821172-168869212:-
Coord C1 exon
chr2:168869144-168869212
Coord A exon
chr2:168821237-168869143
Coord C2 exon
chr2:168821172-168821236
Length
47907 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAAT
5' ss Score
6.62
3' ss Seq
TCTACGTTTATATTTTACAGTGG
3' ss Score
6.72
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACAGCAGATGGTGTATCTCAGGAGCTCTTCTCTGCTGGCTTGGTGGATGGTCACGATGTAGTTATAG
Seq A exon
GTAAATTGTTTTTTAGTATGCACTGTCATTTTGTTGGTATATAAAATGGAAATGTGTTTGGAAGCAAAAGTGTTCATTAAGGAATAATTCACTCTGAATATTTGAAGAATTCTTCTTGAATTCTTATCTTTTATGTAGAAGTATATTTAAGAATCATATTTGGACGGGCGCCATGACTCATGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGTGGACCACCTGAGGTCAGGAGTTAGAGGCCAGCATGGCCTATTTGGTGAAACCCTGCCTCTACTAAAAATACAAAATTAACCAGGCATGGGTGGTGTACGCCCGTAATCTCAACTACTCGAGAAGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCTGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCATTGCACAACAAAAGTGAAACTACGGCTCAAAAAAAAAAAATCATATTTAATTTTCTTTTTTTCAAAAGCTCTTAATGTAATCCTGTCTCATATATCTGGACATGATTTATCCAATGAGGAGCCTCATTTATTGGAAATATAACAAAGAACTTAGAAGACCCAAAAGTCCATGATGTAACAAAAATAAGATGCTATCAATTCTGTGCACTAAAGCATGGGAACCTCTGAGACCCTTACTCAGAGTTTCTATATTCTCTTTTTGGACACAGTTCTAATAAACTTAGAATTCGTTTTTTCAGCCCTCAGCAATATTCATTATAAAATCTCAGGTTTGGATGGGAACTTAAAGATCATTCAGGCCGGTTCTTTCACTGTATAGATAAGGAAATGAATTCCTTAAGAGGTTCAGTGGTGTGTCTAGAACCATGCAGCTGGGTTGTGGCAGAAGAATTTCACTTTGAAACTGTGGGTCTTTCTACCTCCTTTAGAATCATAAGATAGCTGCACGGAGATAGGGGAGCCTGCTCAACATAGGCCTGCTGATGGGAGCAAGCAACCACCCATAGACCTCCTGACAAAGCAAAGGAGGCAGAAAAGCTCTAAGAGGCAGACATAGCCATCTGAGAAAATGTGTAGCCTGGTTCCACCTAGGGTGAGGATGAATAGCTCCATGCTCTTCAGCAAATTCTGACTTTATAGAGATTTTATGATGTATTACTGTATAATCATAATAACCCTAACTAATCAAGATTAGTTAGCATATTCATAATTATGTTAATTATTAATTATATTAACTCTAATAATGTATTACTTAGGGGAATATATATTATGATAATGCCTTATTAAAATATTCAAATCAAAACTGATTTTTGAAATGACATGCTCCCCTTAAATGATATGGTTTATGTTTGGTTTTGGTTTTGTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTAATCTCGGCCCACTGCAACCTCCGCCTCCCGTGTCCAAGCAATTCTCGTGCCTCAGCCTCCCAAATAGCTTGGGACTACAGACGCATGCCACCGTGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTTTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACTCCCAGCCCCTTAAATGATATGTTTTAATTTAAAAAATAACTTATTCAAAATAAGTCCTTCCCCAATAATGCTAGAGTATATGACTGAGAGGGAGTTTAAGGTAGATACACACACCTATCAGAATAATTTGTTCCTAGTAACTTTGGAATGTAAATCATTACAAAGTGAATTATTTTATGTAAATAAGAGTAATTGAGTTTATAGTGGGAGATTAGAATTCTGACTAAAGACATAATATCCAGTATGTTATTTACATACAAATGATATATCATAAATGCAGATACAAAGATACCTTTATAATTAGAAAAAAACAGATTTTTTCCTACTGATTATACATTAACTCTACACATTGATTTCACAATGAAGCTCCAACTCCTTTGCCAAGTGGCTCCATACATGAGGGGACACAGACATATTTTAAAGGAAAGTGACTTAACGTGCATTTATGTGGAGTGAGTTGTATTCCCTTATATATCTTGTCTTTCACATTTTCCTTTACAATCTTGTGAGATTTAAGGCCAGCTAAGTTCTCGCCTAAATTTTCTAATCAAATGTGAGAGGGAAGCTGAGAAAAAAGATTGATTCAACTTTGGGGTCTACTTTAAATTCTGTCTAAGAATTCATTATGTTCACCTACCAATTACCAATTCCTTGATGAAGATGAACACTCTCCTTCATTAGAAAACATAAGTATACACTTTTGTGTCTTAGTTTACCAGAAGAAATAGAACAGTTAATTAATGGCTAGATCAGGAGACCCTGCAAACCTTGAAGAGAGCTATGGTCCATATGCTAAGCATCCAGAATAGAAAATTAATCAGCAAGTGAAAATAATAATCAAAAACTTCTTTGAAACACCTACTAATGTCTCCTATTGGGCAAGAAGCCAAGGATCAGATTGTTCTTTTATTGGAGTTGATCCTGGCAGGTGGCTAGGAACACAGAAAATAAGAGAGCTTGACGGAAAGGCATTAGGTCACATCTTCTTTTAAGCATAGTCCTTGCTTCAGACCTACAGTCAAGTTTAATGCACTTCTTTTTTTGCCCCAGGCTCAGCTAAAGTTAGGAAGGTTTTATTGTTGTTGTTGTTGAATTTTTAAAAGGAGGAAATTAAGGCAGACTTCATGTACAACTTATTGAGTGTATTTTAAATACAATATATAACCATAAAGCTTTTCTTTTTCTATGCTTTAGTTAATTATTCTTCCAAAAACTCTTCAGCTTGCCTTTTTTCCCCTTCTTGGAGCTAAATTATTTCTATTTAGAGAGTGTTGGAGTAAGAACAGGCATATCTAACTCTTTGATATAGTAGCACTTAAAAATGCCTTACATGGACATCACACTTAAGTGTCTACAGACAATGTTTATGTATTTCATTTGATCATCACATCAATTCTATAAGGTAAAGAGGACAGGTTGTTTTAATCACTATGTTGTAGACTGAAAACTGAGGTCCGAAGAAGTATCTAGACTGTTGCAACTGGTAATGTTCCTTGCGCTTGGGTCTTGTTGACTCCCCAATGTTGACACTTTGCATATAATTTATACCTTCACCCTTAAAAAGTGGATCCAGGTAATTTTAAATGTTGGTGGTTCTTGTGTCCCCTGGGAGAAAAGTAGCTTTTCCTTGTTTGTTTTTCCATGGACCAGTGGATGTTTTCTATTTTAATTGCTGATTATTTGACAAACTAATGTATTTGATCTTGTTCCCTCTAACCAATCCTAGCAAATCTCTACTCCCTCCCTCCTCATCTATTTCCCTCTTTACTAGATATGTCCCACCAGCATATGAATATGTTTTTATTTCTCTTATCTTCAGAAAGCCCTGTCTTTACCCCACCTCCCATTACAGCTATTTCTGTCCAACCCCTTAACAGCTAAACTTATCAAAGACAATTGCCCTGGCTTTGATTCCTTTCTTATCACTGTCTCTTAAATCCACCTCAGTCAGACTTTTGACCTTCCTACTCCACTCAAATTGTTCTTTTCAAAGCTGTACCTGGGGAAAACACACCTGCAAAAAGGAGTGGCAGATGCACAGGTAGGCGTGGCTGGAGTGAGGGGAGAAAGAAGGAAGGTAAAGGACACGTGGTCTGTGAATGGCTGCCATGTTCCTAAACCTGAGGCTCATCCTCAGTCCTTATCATGCTTGACCTATTGGCAGTATTGGGCGTAGTTGACAATGCCCTTCTCCATGATAAGCTTTTTCACTTGGTTTTAAGTCTCCACCCTCTCCTAGTTCTCCCATCTTACTGGTATTTCCTTCTCAGTCTTTTTTGTTGGTTCCTCCTCATCTCTCTAACCTATAAATCTTGATGTGTCCAAGGACCCTTTCCTTAGATCTCTTCTCTTTCTCTACTTGCTGCTTTGCTGATCTTATCAGGTTTCGTGGTATTAAATACCTTCCACTCTTTAACTCCCAAATTTATATCTTTGATCCAGACTTTTATTTTGAATTCCAGACTTATATTCAGCTCCCCTTTTAGCGTCTTCACTTGGAAATGTAATAGACATCCAAGATTTAATCCACAGCTTCAAAATCCAGCCCCTGGTGTTTCTTCCCAGCCTGCCCCTCCAGGAATCTTAGACTCTTCATAGGCATCATCTCCACCTTTCCAGGTGCTCAGGCCAAAACCCTGGGCATTGTCCTTGACTTTTCTTTCTCTCATACTTCACATCCAACTCATCTGAATGTGCCCAGGATCCTGCCTTTGCTCACCATCTCACATCCCATCACGTTTCAAGCCCCTCTCAACTCCCAGTTGAGTTCTTGTATTCATCCCTTTGCTGCCATTCCAGCTTCTGTACTTGCCTCCCTTCAGCCTGTCCTCATCTCAACAGCCAGAGATCCAGGTAAAGTAAATCAGATGCAAAAGGCCACATATGGTGTGATTCTTTATATGAAATGTCCAGAGTAGGCAAATCCATGGAGTCAGAAAGCAGAAGAGTGGTTGCCAGGGGCTGGCAATGAAGGGGGCAGGGGAGTGACTACTAAGTATGGGGTTTCTTTTTGGGGTGATGAAAATGTTCTGGAATTAGAAGTAGTAATGGCTGCACAACCTTGTGACTTTACTAAAAACCACTGAATCGTGCATTTTAAAGGGGCAAACTTTATAATATGTGACTTTTAGTTCGATTTTTTAAAAGTAAGCCAGATTGTGTTCATAGTTCAATCAAAACTCTGCAGTGGTTCTCCACCCACAATCACCATGGCTTCCAGTCCTCTGCACTGTGTCCCCTCTCACTTCTCAGATGTCTCTTCTCCTGCTCTTCCCCTTGCTCACCCCACCCCAGCCACCCCGGCTGTTGAACTTGCTCTTCTTCCAGGACACTCCTTCTTTAGGGCCATATATGCCCACCCCCTGGTGCTTAAATATTACCTCACAAAA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Seq C2 exon
TGGCTGCTAATTTACAGAAGATTGTAGATGATCCCAAAGCTTTAAAAACATTGACATTTAAGTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198648-STK39:NM_013233:16
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.056 A=NA C2=0.023
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF122023=OSR1_C=PD(18.8=25.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)