RnoINT0145146 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000024808 | Stk39
Description
serine threonine kinase 39 [Source:RGD Symbol;Acc:621643]
Coordinates
chr3:54370860-54410148:-
Coord C1 exon
chr3:54410080-54410148
Coord A exon
chr3:54370925-54410079
Coord C2 exon
chr3:54370860-54370924
Length
39155 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAAT
5' ss Score
6.62
3' ss Seq
TCTGTGTTTGTATTTTACAGTGG
3' ss Score
9.36
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACAGCAGATGGTGTGTCTCAGGAGCTCTTCTCTGCTGGCTTGGTTGACGGTCATGATGTAGTTATAG
Seq A exon
GTAAATTGATTTTTAGTATGCAGTATCATTTTTTTGTTGATATAACAAATAGAATGTGTTTGGAAGCAAAATCTTTCATTAAGGAATAACTCGCTCTGAAATGCAAAAGAGAATCTTCATAAATTCTTATGTTTATGTGAAATTGCATTAAGCATCATATTTAATTTTCCTCAAAGGTGTCTCATGTATTTCCCTCCCCTTTATGTAAACATGATTTATCCAATGAGCTATCATAGATATCACAATGAACAAATCATATTGTAGTTCTGCATTTAGGTTGGAGCAGACCTTAAAGACCATTCAATTCAAGTCATTTGTTGTACAGGTAAGGAAACAGAGTCTCAGTAAAGTTTTGTGTTTCTTAGACTCATGCATTGGGGTGTGCAATCCCTTTACTTTGAAGCCCTGGGTCTTTTTTACCATCCTTTTTGTTTTCTGAATAAAAAAATACCCGCATGTAGTTCAGGAAGCTCAGCTATTAGTGCTGATAAAGCAGCGGTCACAGGCAGATCTGTCGAGGACTGGGAGGTAAGGCGTCCCTTAGCCTCCTTTGAGAAAGCCTGGTTCAGTTGCCTCTGCTCAGTCCACAGCTCAATGCCCCCTTGGAAACACTGAGTCTCTGAGGCTTTTAAAATGTGGACTTTCACCATGGATTCCTCATAATGATTGAGTGATGAGGTTATTTAATGTGTGAATGATAAAACACTATCAATTCTAATGACATTAATAAAAATTGTATTAAGGTATTCTTCAAAAATTTCTTCAAAAATACCAATGTTTGAAACTTTGTGTTGTTTGTTTGAACTGTATCTGTTTTGAGACAGGGTGTCTGTCTGTGTAGTCCAGGCTGTCCTGGAATTCTCCATGTAACCAAGGCTGGCCTCAAACTCACAGAGATTCACTGACTTCTGCCTCCCCAGTGCTGGAATTAAGTGTGTGCACCATCTTGCCCAGTTCCCTATTCTACTTTTTAAAGAATTCAGTTATTCTAAATAAGTCTTTGCTCAATTATGATGGAATGTGTGACTCAGGGAATTAGAGGTAGATTAGCACATCTATCAGAATTGGCGTCTAGAAACCTGGTAATATAGATCATTGAAAAGTAAATTTCTGTATTTTATTTAGACGAGGAAACACTGGGTTATAGTGCAAGTTATAATTCTGGCTGAAAACTCGGTACCACTGTCCTGTATAAACGAATGTCATGACAAATGCAAAATAGGGAAAATAAATTCCTTTTCATTAGTTACAGGCAAAGTATAAACAGTTAAAGCTCTCATTCCTGGGGTTGGAGATTTAGCTCAGTGATAGAGCGCTTGCCTAGCAAGCGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCGGGGGAGAAAAAAAAAAGCTGTCATTCCTTTGCCAAGTAGTGACTATGTAAGAAGACCTGGCGTATCCTACGTAAAATTTACATACATGCATACATACATACATACATTTATGTATGCATATGCTTGTATTTCCTCTTCCACCTTTATCTTCCAAACCTTATGGTCCTGTTAGGTCTTTTGGCCAGCTGAATTCTTACCTATATTCTTAGAATAGAAACTGAAGACTTAGAAAAAAAATCAGGCCAACTTTAGTTCCTTTTTAACAGTCACCTCTGAGTTCTTTAGCTAAACCTTCCAGTTCCTTGTTTAGAAAAAAATAAAAAAATAAAACATGTCTTTGTTTCTTGGTTTACCCAAAGAAAGAATGAGAATAGTTGATACCAAAATCAGGATGTACTGAAATACCCATTTTCCTTGAAGAGAACTGTGCTCCATGTACTAAGCAGACAGAATCAAAAATCAATTGCTCAAGTGCAGCTCGAGTTTAAGACTTTGTAAAGACCCACTGATGCACCCTGTGGGAATGAAGGAAAGAATGGAATTATTGGAGGAGGGGTGGTTCCTGTTCTTTGTTTTGTTTTCACTTACTGAAGCAAGAGGGGACACATTGAAACATTGAAGCAAGAGGGGACACACTGAAACATTGAGGCAAGAAGGGACACATTGAAACATGAGCTACAAGGCTGATGCTGCACCTCTGGGCCTCAGGTATGGAGGTTACAGACGTGCACTGCAGGCGGATGGTCCAATTAGTTTTGTGAGGTAAAGGGGACAGGATGATTTAGTCACTGTTGAACAGATAAACTTGAGATCAGTTGAGGTCCAGAGAATGTAACCTGCAATTTTTGGCAATGGGGCTTCCTAACTCTGACAGCTTGTCCTTGTCTAGGCATTTTAGACAACCTCGGAAAGTGCCCATTCCTGTACTCTTGTAGGAAGCAGTAGTGTCATTTTGTATTTTAGTTGTTGATTATTCAACAGATAAAGTATACGTGCCCATTTCCCCGAAAACCAGTCTCAGGGATTCTCTTCCATCCCTTGTCCCTTGTTATGTCTTCCACTCTTCACTATACACGACCCAGGAGCATCTCAGACCTCTTATATTTCACATCTTAGAGTTTATCCCTTTAACCCTATATCTTTTTATTATTATTATTATCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAACTTGAGTATTTCTTATTTACATTTCGAATGTTATTCCCTTTCCCGGTTTCCCGGCCAACATCCCCCTAGCCCCTCCCACTCCCCTTCTGTATGGGTGTTCCCCTCCTCATCCTCCCCCCATTACCGCCCTCCCCGCAACAATCACTGTTAACCCTACATCTTAATACAGCTGTTTTTCCATCTCTGCCTTCCTTTCCTTTCTTACTGTGGTCTCCAGCAAACTCCAGCCACCTTTGATCTTCCTTCTCCACTCCAGCTGTTACTGCCAAAGTCCCATCTGGAGAGGACCATCCCTACAGGGAGGTGACAGGCCCAAAGCTGGGTGCAGCTGGTGGAGTGAAGTATGATTTGAGGCTGACCCTCACCTCCCTAAGTGTGGTTAATTATCTGTCTTGTTAGTACTGGGCCTAGAAGGCAGGACCTTCCTCCAGGATTAGAGGCTCATTTGCACTCTTAAAAGCTCACCCTTTCTCATTCCTTGCACCTGGGAGTGATTTCCTTTCTGTATTTTACTGGTTCCTCTTAGTCCTTCTGACCTGTAGATACTGACATATCCAAGGAATCGAAGAACATTCTCTTTCTTCTGTAATCCCTTGCTCTTTTGCCATCTCCTCTGACATGGTATTAATCACCTTCTGTTCTTTAACTTTCTGACTTGGAACCTTCTTTTGCATTGTAGACTCACAGCCAGATCCTTTTTTTTTTTTAAATCATCTTCTATTAGGAGAGCAGTCGACATCTGAAATTTAATTGTCAGTCTCCAAAATGCAGCCCTTGCTGTTTCTGTCATCCCACCTGCCCTACAGCCAGATACTCCCACCTCTCCCCACTTCTTAAAGTCATCTTCCTCTGGAGGGCAATCAATATCCAAATTTAATTTTCAGGCTCCAAATTGCAGTCTTGGTGTTTCCGCCCCACCGCCCAACAGTGGTCCTCCTGTCTCAGGGTTTCACGACAACCCGTGACAGTTATCCTCGTCTTTTCTTTCTTTCACACCCAAAGTGCAGTGTGTACCGCATTGTTGCGCAGTCTCGGTTCTCATCCGTGTTGCTTGTTGTAACCAAAAAAAAAAAAAAACATGATAAAGACAGCTGATTGGAAGGTTTGAGAGGGTACAGTCCATCCTGACATGGAAGGCATGACAGTGTTGATGGCAGCTGCCACCTGTGACTGAGTCTGGAGAGACCAGGAAGCCGAGTTACCAGCCCTAGGTCAGTGGTAGCCCTTGAGCTCCATAGTACAGGTGGTATCCGAAAGGCTGCACGACCCCCTCCAACAGCCGCAGATCCGGTATTTTAGTGTGTGAGCCTGTAGAGGGACATTTCATACTCAAATCATAATATCCTATGCTAAGATTCTCTCATCCCCCAGCCCAGTCATCACCCCCATGTCTTTACTGGTGTCTCAGAGTCTGCCTTTGCCCTGCCCCCTTGTCAGCTAGAGATAGATGAGTAAATTAGATCAGACGTAAAGGATCACGTGGTCCCGGGTATGAAAACTGCTTACACTGCCCAGCTCAGGTAGGCCTGTGAAGGAAAGGGAAGTACCGGTGAGGAGTAAGATGCAGAGGCTGTGAGGGACTGTTGCCAAAGCCATCGCATCATGAACTTCCAAAGGACACATTTGTGTATGAGTCACACCCCAGTTGAAAAGATCGGCCAGATTACACTAATGCTTCAATGGATCCCCGTAATGGTTTTCTACTCACTTATCAGTGGCCTGAAACCCGTCTATGTATGTCCCGATCACTTCTCAAACCACCTCTCTTCTCTCCGTTACACACACACCATTACACCAGCCTGTAACGCCGGCAAACTACACTTGCCTATCCTCCAGGACGGCCCTTCTGAAAGGGCACATAGGCTTACCCTGGGTCTCTCGGTGCCTTGCCAAAGTGCCTTCCCTGACTCCCCTACTAAAACTGATGTCACTTTCCCAGCTCTGTTTTCATTGCTTCGTGCTTCCTACTTTGTGTGTTCTTACACACACAGCACCTTGCACTTTTCACTCAGGTTATTATCTGTAGGATTTCTTTGTGAACATGGGTTTTCCTTCCTTCTTCCTTCTTCCTTCCTTCTTTATCATTTTTAATTAGTTATCAGGCAACATCTCACTATGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAGTACTGGCATTACAGGAGTGCTTGACCGCACCAAGCTAAGCATTAGTTTCTTAAAGGCAGTTGATTTTATCTGTGTTCTAGACTAACCCATGACCACTGCTGAAGTGCTTCTCTTACAACATAACACTTGTCCAAAACTCTGTTTCAGTCACTACAGCTATCTCAGAACCTTTTCATTAGAAAAGAATCATATTGAATAGAGGAGAGAGGTATGTTGAGAAACTTATTTTGGAGACAGTAAAATCTGAATAGCCTTTACAAAATGAAATAAGCTCGTATGAGGGAGGCTGTACA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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF122023=OSR1_C=PD(18.8=25.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]