GgaINT0050759 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009589 | Q9YI58_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:19673572-19678156:-
Coord C1 exon
chr7:19678066-19678156
Coord A exon
chr7:19673685-19678065
Coord C2 exon
chr7:19673572-19673684
Length
4381 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CATGTAAGC
5' ss Score
5.61
3' ss Seq
TGTTTGCTTTACCCACACAGGTT
3' ss Score
7.84
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCACCCGCGCTTCTTCAATCAGCTGTCCACGGGGCTGGACATGATCGGCCTGGCAGGGGAGTGGCTGACATCCACCGCTAACACCAACAT
Seq A exon
GTAAGCTGCCGAGCTAGGGCTGTGCTTAGCGGGCCGTCTCCTGTCGCGATAGGCGTGTATCGCTACTGACGTGCGCTTCGGTGCTAATTGCTTCGTCTCCGTTAGAAGTGTCTCCCCTGACTGTAATACAGAGCAAACAGTTATATAAACCATAACCGTTTCACTGTCCTGATAAACCCAAATAGCCCAGTGCACACGGTAAGAAAAATATGCCAATTCTAATATAAAAATAATAATCTGATCCTAATTGGGCAACATAAAATAATTCTCATCTCTCAGAGCAGTCTTACCGATCTTTTCCAGATATATTTTTTAATCGTTTGTCTCTAGACTGGGTAATTCCACATCAGTACCAGTGGAACACCAACTATGTAGAACAATTGCTTGTCCTCCTGTTGGCTTCAGAGGTATCAGAGTTGGGCCACCACCTGTCCCTGTGCTGCTTCTGGGTGGCCTCGAAAGGGTTAAAATGCATCACTGAAAGTTAATGTGGTGATAGTGAAAGAACTGCCCGGACCAAGGCTTGTTAAAGCAGTACTTGAATAAATAAAGCACTAAAAAGTAAGTCACATCTATAATCTGCCAGTGAGAAAACTACGTAATTTTTAGTTACCTCGAACTTATTGAGAGCTTAATTAAAGAAATTAATGAAAATTAATCAATTTAATGAATTAATGAAAGTAAGTGCAAGGTATTGTGCTGACTTTTTGCACTAAGGAGCGTAAGCCAAGAAGAAACCTCCCTGGCAGTTTTTGTGCATTGATTTCTACACACTCCAAAATGTGCCTTCCCCTTTAGCCCTTTGTTGGAGCTCTTTGTTGGGTGTGTTTTGACTGTAAAGCTGCCTCTAGTCCAGGTACCTTGCTGCTTATTGGCAGAATGCAAGACATGTAGCTGCAGATCTGAACAAGAGCTTTTTCCTCAGGTCCATCCACAAGCAGGTGCTCCGTTAAGTGCAGCTGGTTATTAGCAGCTCTATGTAGATTGCAAGCTGTGCCTGTTCTGTGGCATCAGCCCTAAGGAAAACAGTATCAGGTGCTCCAGCCAAAGCCAACCTGCCCTTTACAATTATCATCTTTTCAACTAGTGTTGTTGCAATATATATAATGTATTATAAAGGACTCGGGTGTAAAAGCCGTTCGGGAAAACAAAACAAACAGCAGCAGTGTACATTTTCATAGTAAAGCAAGGATTGCGAGGTGCTTTTTTCTCAGAGCCCTAAGTAAAAGCTAAAGTGTTTCTGATTGCATTTCTGAAAGAAACTGTTGCTTAAATAGTGTTCCTCTGTGACAAAAACGAGCTTCAGAGCATCATTTTGCGGGCCTCGCTCCCTTCGACTGACTGAGTTATCCTGGCTTAGCTCTCCTTTTGTAAGAAACAAAATTGCATAAGTATGATACGGGAAATGAGAATTCAGCTCTGTGGCAGACTGTGATGACCCTAGGAAATGTTGCCATCGTTATTAAGAACGTCACATTTATTCAGTTCCGAAAAGTAACTGTCTTATGAGGTTGCTTTTGTCTTTCTTATTTTGATTTTAAGAGCACGTTGTTGAATAGCTAGCTCTGTAAAGCTAACTTCTGATCCATTTACACTTTAAACACCAACATATCCTGCAAATAATTTTCTGCGAGCATCCGCATCTATTTATTTGCATGAGGTTTACCAAATGGAAAATGGTATATTGCTCTTTTTTTCAGCCAACCAAGGTCAACATGACGGGCCTTAGGGTAAGGCAGTAATTGCAAGTATGGTTGAAGCAAGGTGTTTGTAAAATATAAGTTCAGAGTGCTGACAAGGTTATTAACAGTGGCTAGAGTGGCTCCTTGCGCTCTGGGGAGCGTACCACTTGTTTTGAGCAGCGTTCCAGCACAGAAGAGCAGGTTCTGACCTTTATCTAGGAGCGGCTTTCGCCTTTCAGTTACACAACCGTGTAATGCAACAGTAACGCTGGGTTGCAGTAGGGAATGTCCTCCATTTGCCATCTTTCTTTTCCACCTACAAAGAGTACTTAAAATATTAGCGTGCAGTTAGAGGAATACATTTTCTATTTTTTCTTGAGGGAATTTTGAGTAACAGAAACATCTGCATTCTCTTAAAAAAAAATATTATTTTGTCACTAGGAAATGTTCCTTAAATGTCACTGTGAAGACAATAGATGAAATTAAATGTAATAAGTAAGTAATCGTCTTGGAAATCACGTACCAATGCGTTACTTGTAGCTCAACTACCAAGCATAGGACTTTGCTGTAATCCTCAGGAGCTGCCGTTATTCAGTCAGCTCTGTCTGGGGATCCGTCATGTGGGGGCTGGAGGGCAACAGTATGATCTGGAAGTTCCCTTTATGCCCCTGGTAGCTAAGATGAGAGAATTATATTGATGGTACTATGCATCAATGCTTATGAAAATGTAGCATATAAAAAATGATATACAGTGCTTTGTATTTGTCCTGATAAAAATGCACCTGCCTTTAGGTGAGTGAAGAATTAAGTCAGCACTGGCCACTCCTAACATAAACCCATTCATTTCTTTTGTTAGTGAAGGCCTAAGGCTCGTGACTATTGTTCATTTATAGAAATACCTGTAACTGTATAACAAAGATGAAATCAGTATGTTCAGTCAGAAGTTTGGTTCTGAAACACGTTTTCTGAGATTTACAGAAATTTTCAAAATCATTCAAGTTTAAAACAGACAATGATTTGGACTGACCTTGGGCAAGACATGACTTTTGAAATCATAGCCATCCTCTAACATAACTACACTGCCCTTATTTCTTATTACCATCCACTGTGGTTTTTTAATTTCTTTGTCAGACTTCAGGGACTCAGAAAATAATTACACAATAAAATCAATAGACACTATTTTATTTGGGTTTTCGTACCTTTTCAGTTTCCCACATGATATCTTAGTATTTTATAAACAAAGATCTTGCTTAATATTGTGCACTTCTTGTGCAAATGCTGAAGTGTTTCGGGAAGTACATAGGGTGAACGTGCCAGGTTTCTAGATAAAATTCAAAATGCATTTAAACTGATGGAGAAAATCACGTTGACTTCAGTTTGTCTCATATATAGGCTACACTGTACACTGCTGAGCTCCTGTTGGCTTCAGCTGGGCATTCTGCCTAAATAAAGGTTGGAATGTGTATGAGATTTGCAATGTTTGAAAAAACACAGAACAAAATGAACTGTGGTGTTTTTTATACTGAGAAGGTTACAGACATCAACTGGTTTGTTAACATTATGTCTCTGTAGTCACTGGTAACACCCAAATTCCAGATTGGGATTCCTCTGCCTGTCTCTGACAGTTCTGATCATGATAAAAGCAAAAGGAATCATATTTTTGCTTCTCAAAATAGCAGTGACAGCTGTCAACAAAGATATGAACTTTAATATTTTAAACTAAACAGTGCAGACATAAGTGAAATACAAGCTTTCAGGAATAGCTTGTGCCCCTAGGGTCTGCCGTAATAATTCTCAGTGTCATTTTAGTATTAAAGAAACAACATGTAAATTGTGGTGAAATTATTTACGTTGAAAACAGAAATGATCATGCAGTTCCAAAGTGTCAGGGTGTCACCCTCCTAAAGATTCTGTTAAAAATCACAGCTGGAATGCTTAGTTTCTTTCTGCTCCTGCATTCTTTCCCTCCCCTTCCCCCCTTCCCACATTTACATAAATATTTTTAACCTTTATTGCTTTTTTTTTTTTATCTTGGCATACCCAACACTCAGCTTATTTACAGCAGTAGCATTTTATCCGTGTAGCTTCCTCCCTAGAAATGGTTGTATGGCTGTCACTTTCCATCCGCAGATCTGTCGGTGACATCATGGCACACCAGGCTATGCACTGCTTTTTGCCTTCATTAAATGGATACAACTGTTGACTGCTGTCTTGTATTTGTAATTGGTAATTAGAAAATCATCATTTATAATTACTCTTGACAGTTATTGATCACATGGTATTGTAGAAATAAGTTGTCCTTGGAGATCATCAACAGAATAAATCCACATAATTAATTGTATTTAGACTTCGGAGCCCTAGCTCAATAGTTCTAATTATGGCTGTGGTTAGCTCATTGAAGTTCACTGTTTTAATAAAGAATTGTCACTTTGGGAGACAAATGTGCAGCAACATAGCAGTCAGAAGCTCTGTGATGGTGAATATTGGGTCTCATGCTGGTTGTAATAGAAAAGTTATTGATGCTGAAGGTCTTTATTGACCAATATTTCACATATTGTGTTCTGAGGATATTTGCTTGCGTAACGTTTGCGATATCAGATCCTTGAGTTACAGGAAAACTTTTAGGAATCTGAAGCAATTGATTATGCTTTTTGAATCTGTATTTAATTTTGTTTGTTTTGTTTGCTTTACCCACACAG
Seq C2 exon
GTTTACGTATGAAATTGCCCCTGTTTTTGTCCTCATGGAACAAATAACACTTCGAAAGATGAGAGAGATTATTGGATGGTCGAATAAAGATGGCGATGGAATATTCTCACCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009589:ENSGALT00000015628:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0028214=Pyridoxal_deC=FE(8.0=100)
A:
NA
C2:
PF0028214=Pyridoxal_deC=FE(10.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]