GgaINT0051920 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1NDV6]
Coordinates
chr5:15432339-15465002:-
Coord C1 exon
chr5:15464933-15465002
Coord A exon
chr5:15432530-15464932
Coord C2 exon
chr5:15432339-15432529
Length
32403 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
GCTCCTTGCTTCCTTTGCAGTGA
3' ss Score
9.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTTGCCAGCTCCCACATGCCAGTGAGGATCGTGCTCTGGCTCTTCGGAGAAGTCAGCGCTCTGAGCAG
Seq A exon
GTATGTTTGCAGTGCTCACTGCTCTTCCTGTGTGTGACTGTAGCCGCAATACTTGCAGGGTTGGTATTTGGTGTCAGAAGCACAAAGGTGTGCTGAGGATGTGCACTCTTCCAGCAGTGGGGTCTGGACCTGTGCAGAACCACCTGCATTGACTTTTGTTCATTTTCTTTTTTTTTTTTAATCCTTTCATGCTTTTATGAATTTCCCCCAAATCCAGCCTGTTTGTTGTTGCTGCTTTAGGGGCTTTGCTGACAGCCTTCTTGTTAGAAAACATGCCGTCGCTGCTGAGTGGACAGCCTTTCATCTTGATATCCCAACATGAGCAAATCTGCTCCCGTTTTCTTAATGTGTCTGTACTGACAGCCAGCACAGCCTGTAGCAGCTTATTCCTTCCTGGATAATTATTAATCTGCTTGGCCGCTGATTGCTGTCGGAAGCAGTGGAGTTGTGCCCAGTGCTACCCAGCGTGTCTTCCTGAGCTATTATGTTTTTATTGCTTCAATTGAAAAATCTCATATGCAGTCTCTGAAACTGTTTGGTGATGTGAGTTGCTTGAGTTGGTTTTAATTGCCGAGATGCTGTCAGTAATCACCCCCTGTATGTGAGCAGCAGGTCTGCGTGCACCTTGATTTCAATTACTGCATTGCCATGAGGGCTGTGCCATGCACTGCTTTTCAGTAACTGTAATTGGGTCCCAGCTAGCTAGAGGCATGTGTGCAGCCGTGGGGACCCAGGTGGAATATTTTGCTGCTTGTGGTCATTCAGGGAGGTCTGAGGAGTGGTAAATTGGCTGTGGGAGGACATAATCCTTAACTCTGTGCTCAAAGTGTTCTTGTTCTCTTAAAAAAAATAAGTGGATTAATTATGGGAGCCAATCTTTCTTGAAAACCTGGTTCATCCAGGATTGCCTGGGTGGTGCAGCAATGCACTGGAGGAGTAGGAGTTAGGGCGGAGCTGCTTCCATCTCATTCCTGGTATTTACTAGGACTGCTCATGCCCTGCAAGAAGACATGCTCTCTGCTTCTGAGCTGGTGACAGAGGCAGTTAGCAACAGTGTGTGCACTTCCTGTGCTAGCCTTCTAGGTGTACTTTCCATTTCTTAGGGTTATGTTATATCTCAGAGGATCTCTGTTTAAAGGCAGGAACACAAGGAAATGGCAACAGCAAAGAAGAGCACGGCCTCTTGTTTGCTAGCAGACTGCCTGAGGTGCGTCTATAGGAAGAGATGCTGAATCTGTGCCCCAGACTGCTGATGACAAAAAGCAAAAGTCATTTTCTTCCACACCTGAAATATCAAAGTAGATTTCCAGTAATGGGATTTTGCCTCCCACAGTGGCCATGCAGGGAACAGTTTGCCATCCTTGTCCTGAAGCAGCTTGGTTCTCAGGGAGCACAGGCTTGTGCTGCCTGGGGCACTTCTTATCCTTGCATCCTTTTCTGAGGGTCGATGGAGGCACGTGGGCTTGCCTGGCTTCTTGTTGGGCCAGACAGCAATGGTGCTGGGACAGGACAGAATAACCCTCCAGCTGTGTAAAAGTGATGCTTAAACTAGAAAGCAACAATAAACAAACGTAACTTTAGGACAAGAAAGAAGGTAGTGCCCAGGATTCAAAGGGGCCCAAAATGCTGACAGAACAGACGGAAACTTGATTTACCCAAGTGTGTTCATCCCTACCTCTCCCTTCTTTTTCTTTCTTCTGTCTTTCTTTCCTTCTTTCTTTCTTTTTTTGCAGGATGGGGCAGGTTATTGTAATTGCAGATGCTATCTACTGAGCTTGATGAGATTCTCATGCAAATCTGGAGACTGACTGTTCTTTTGTTGGGGCTGTTGCATACATTATCCAGTACTGCATCTTACCACACAGGGGTCTGTTTTCTGCCATTTGGTTTATTTTCAGACACGGCTTTCCCCATCTAATCAGCAAAGGTTCAGCAATCGCAGTGTGATTTGCAGAAGAAGCAATTCCACTGAATACACAGAATGGGGGAAGGGTGGGGAGGAGAGAGGAAATGTCGTATTAGTGAGTGATAAAAGTAAATACTGATTTGAAAAAATAGCTTGAGATGCAGTTTTGAGAGCATAAGGATGGTTAATCTCAGTTGAGAACGATGTTGCATTGCTGACATGTACAGTTCAGTTGCTGGTCAGGCAGTGGGTACAGGGGCTGGCAAGCTCACATGCCAGGCAAGTTTGGTGGCTGGGGTTTGGTTGCATGCATAGTTGTTGGCTTTTCTCTTACTGTCTGCCGCAGAAGTGAAGTGACAATGAATGGCTGGGCTTTGCTTTCCTGGAACATTTTAGATCTGATATGTCTGCCCACAGGAAGGTGTCTTCTGCTGGCTCAGAAGAAGCTACTTGATAAACAGCATCAGTCACCAGAGCCAAAGCAGTGTGTGCTTGTGCTAGGGGCCACTGCAGGCTCACTGAGAGTCGAGCTTCACCCTAATACAGATGGGCTTCATCACTGCTGTGTTTCAGTACCCCTGTCAGGCATTGGAGTGAATAGAGTCCTGTGGGGGAGTTTCCTGGGGTTGTGCTGCAGCTGTCCATTCCACTCCTGCCCAGCTGCTGCTCCAGGACAAATGTCTTCACGTGTCTCATTGCTTTCACCAACTGCCCATAGCCATTCCAGGCTTGTCGCATGAAGAACTATCCTTCAGAGATGCAGCCACCTTTTATTCTTCCATCTTCCCTGACATTTGTACCACTCCTTTTGCAGCGGCTTTGTCATTACAGTTACAGCTGTAATGCTGCAAACACGGGACTGCTGCGGGTGACACAGGAGGTGGATGGCTACGTTCAAAGCCTCTGATACTTCCTCCTCTGACAAATAAGCCTTGGCTTCACGTGTGTGCCTACAAATGATTTGTTTTCGGCTGCTTCTACTGAAGTAGTTGCCCTGCAGATTAACCCCTGCGGTTTGCTTTGCCCTTTTTTTGTTTTTCATAGCCTCTTGCAGACAATTGCACAGCAGGCTTGCTAAAGTTCCATTAGGAAAACAGAGAGAAATGTCTGAGTTTCAATTTGCTTCTGCATGTTTAGAAAACAGAAGAAAGAGGGGAAATAGCACTGGAATGCTATTTGTATTCTGTGTTTGATCGGAGCGGGTACATTTTGCTGCTTCTCTGCTCTGCTGAGCAGTGCAGCCTGCAGGTAACAGAACTGGGTCTTTGTGGGGGAATTAGGGATGAAACTCTGTAGTGCTGTTTGAGTCACTGGGAGAAAAGCGCCATGAGAACTGAAGTAGGAGCACCCCTTAACTGCCTAGAGCAGTAATCCTTCCTGGGGGCATTAATCTAATCTAACCTGATATAAGAATTTATGCAGAGAGAGAACGTTTCCATTCTTCCATTTCCTGCTGAGTTTTCTGAGAACATTCGAAAAAATTCAGTGCCAAAATGACCCTTTTCTCCCTGGGAGGGCTTGTGTTTTCCTGAGACGTGCTATTACCTTCCTGTTGAAAGCCATCTGTATCAGTTGGCAAATTAGGATTGTGTTAGTTACTCAGTTTTCTCTGGTTCCCTGCAGACTTGCTCACTGCAAACCTATTTGCAAGTTCTCCATGGGCATGGGATGCAGAATGTGTTGCCTAATGAGGAAGGATGCATGTGTGTCCATTTGGGTCCTTGTGTTGCTGCAATGCTTGGCCCCATGCCCCCAATGCCTCTTGTGGACACGGTGGCTGTGCCCTTGGTTTCCTGTTCCATTTTGTTCCTATGCTTAACCAAAAAGCCAAATGAAGGAAAGAAGTGGTCCTGGGGAGTGTATTCTCCAAGGCAGGGAAAAGCTGCTGCAATTAACAATGATCTAATAGAGCAGTGGATTCTGTGAACTTCAGTGGCCTTTGGATATATGGATTTCATAAACGTGAAGCCTTCCCTTAGGGAAAGTTGATGTTAGTTTTTCCTCTCGTACTGCTAATTATTTTGGGGGAACTCCTGTCTGATTGGTGTTTTCTTACTGAAAGGCATTTCTTTTCCTTTCTGTCTCCTGCCCTCAGAAGGCTGGGAAAACCTTATACACTAGGAAAGTGTTGGCCTTAAGCACGTGAATATTCAGCTCCAGTTCCTTTTACCATCAGCTTGTTACAAAATGAACAGGAATCTCAGGGCATCCCTGGATCAGCTCTCCTTTTGAGCCTTGGAAGAAAGCTCAGAATGTTTCATTCCAGTAGCTGAGTGCTTGGAGGAGATGTCCACCTCCTGCTTTGAGTGCTCTGTTAGGAAAATATTTCTCCTATCAGTGAATTTTTGCTGATGCTGTTGCTCTACGCTTGAAGTATGTGGGCATATATTGTAATCTGCTGGATAAGATAACGTGAAGACAGCCGTACCAGGTTGAGCCAGGGATACATCTGAAGTGATTCCATCTAAAGTGATACCCTGCCTCCAGAGACAGTAGTGGAGCTGCTCTAGAAGGAGCTGGATAGAGACTGAGCAGCCTAATTGTGCTGCTGGGGAATGTCAGAGCCCACCTGATTGGGAGGAGCAAAAAAACCCCTCTACCTTCTCAATCTCTGGTGTGACCTGGCTGCCCTCATCCTTGTCTCTGCTGGTTTAAATGGTCCTTTCCCAGTCAGCTGTGGGGGAGTTTCCTGATCCTGCTGGGAGCATGGAGCTGCAAGCACTGCAGGATGGTGAAGACCAATTTGTTGTAGCCTGAATTCCTCTTCTTTTTTTGTAAATTTTATGAGTTTTGAGCGGGCCAAGAGCTCCATTTGTACGGTAATCTATAGTCAGGCAGGCAAGGAGCAGCCATGTATGTGGGCAGGCTTGGAGCTGGAGGTGTGCATGTGTGCTTGCAGCAGTGGGAAGGCTGCATCTGGGTTACTGTGCAGTGAAGGACGTAGCTGACTTTCACAAGGCTCAGATCACAGCTTTTATGAACTCTGTTTAGAGCAGTTGTGACATGCAGGTCTGTTCCGTGGGTGCATAGCAGTTTGTGGTTAGCCAGCCCTCCGTAACCATGACAGCACAAATTTAAGTGTGTTTGAATTTGC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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
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C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
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NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]