GgaINT0056353 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011432 | CDC42BPB
Description
NA
Coordinates
chr5:52467974-52478784:-
Coord C1 exon
chr5:52478693-52478784
Coord A exon
chr5:52468058-52478692
Coord C2 exon
chr5:52467974-52468057
Length
10635 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGG
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
AAGACATGTTGTTATTTCAGGTT
3' ss Score
6.25
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAGACCATTCACAAAATTGGTAAAGGAGATGCAGCTTCATCGCGATGACTTTGAAATTATAAAAGTGATTGGAAGAGGTGCATTTGGTGAG
Seq A exon
GTAAGGTGCTTTGTAACATAACTCTCATCCTTTGTTCTTCTGATTTCTTGGTGCAGTTGACCTGCATTTGTCCTAAAGACAAAAGATTCACACAGATAAATTAAAATATTAGCAAACGTGGGATGCTAGCTACTTACTTTGAAGCAGGGCTTCTGGTGTCTACTTCTGCTGTTCATGTGATTATCTGATTCTGACTTCATTGTAGCAAAGTACCTATTCAGTGTGTGAGAGCTGAGTGGTCCCATCTAGCAGCTGCACAGCTGACTTTGGGATCCTTTCTCCCACTTGCCATATGTACTAACTCTTCTGTGCTGCTGTAATTTAACACAACTGGGCTGCCTCTATGGTAGGAATGCAAAGGCTGCTCCACCCATCTGCCCGTCTCTGTAGCAATCTGGTAATGCAGAAAGACGCATTAGGCTGCCTCAGAGGCTGTTCCCTGTCATCTTTGAAGATCAAAGGCTGCTGGATCTGTTTTTTGGACAGCAAGTTGAATCATGCTGGGATGATAGGAACGCCTTGTGTTTTGAGGACTTGCCAGGCCCAGAACCCTGGACTGAAGTTACACTTCTTAATATGCTTAATGAAAGTCTCATCAATCACAGAAGTCTGAGAGGGCCTGACCCTGGCAGAAGCGTTCATGAGCATATACCCTGTAGGAGGCACAGGATACCTGAGCCTGCTGGAGAAGCTCAAAACAACACTTTCTGCATTTGAGTACACATAACTAAGGGTATAGCTGTCAGCAAAACAGATGATTACGTAGAGGATTTCTGGAAGTAAAAAATTTAGATTTCTTTCAAGAAGATTCTTTTGTTGTACAACAGTAAAGTCACATGTAGTGACAGCCATTATTGGCTCACTCTGACCCATTAGCACTTGGTTGCAACCTCTGTTGCCATTGGCTAAGGCTTATCTTCAACTGCTGTCTCCACAGAGAGCAGGACTGTGAACTGTGCAGGGCTTTCCTTTCAAGCACGGTGTGCCCTTTATACGTCAGACTTTCACAAAGTGTTTGATTGTGGGGTAGAGTTATCATAAACAGACTAGGAATGGAGCTAGAAAAATGCTGGGACCTCACTCAGCCTTGGTTCAGAAAGCAGTGAGGTTTCTGTGTGTATGTGGACTTGATAGTAGATGAAGTAATACCTTTAGATCAACAAAATTTTAAACTCTTCAGGGACTGCTTGTGAAAAAAACAGACACCTACAGAGACAGAAATTCATGTTGCAGGAATATATTCTAATCTTTACCATCCTTTAACAGTGTAGTGCTGTAGTTTGTGTGTAGTCACAGTGAACATAGCTGTTCAAAATACTTGAGTGTTCTAAGTAAAATGTCCAGGTAGGTACTAAGATCTTGATGAGTAAAATAAAAGTTAACTTTCTAGTGCAGTTTGAACTCCATGAGTTGCAATATTTGTTTAAAAAAAATAATTACAATCAATTGGTTGTTTCATTTAAGTGTTAGGTTTTGTCTGGAATATGTTACTTGGACACAGTTTTTAGGCAAAATGGTTCTGCAAGAGCTCACATGAGAAGAACAGAAATGGGAAACACAAGTTGGTAAGTCCAAGGAAGGACTGAAAGCACAAATTAAGCGTAGAATAGAAGTCTGAGCAAAAAGGTGTAGGGGCAGATAAAAATGACCCAAAAAATCAAGGCAGTAATAAGTAACTGTCTATATGTCTGTTAAGAGTTTTGATTCAAAGCAGTAGCATAGTGCAGTTTTGAAGACAGCGAACCCACTGTAGAATGGTTTTGCTATGTGTGACCTGGATTTCTTTCGGAGGAAACTAAATGAGAACCTTTGTTCCAGGTATACACAAAATGTGCTTCTGACCGCAATGAGTACGTAAAAATCAGTCACTGGTCTTAACTCTTCTAGCAGCATCAAAGCATGTTTGGTCCAGGAGACCAAACTGGATACACGCTGAAGAAAAATTCCTGAACCGCATATAGTATTGATGGAAGGCTCAGCATGAGCTACTTTGATCTGCTTTTTTTGGTCCTGCTGTGCCAAATTACTTGCTGTAGTGACTGTGACCAGATCTGATATCTAAAGAATTTTAGATTAGTGTTTTGGCGGTTTGTCTTTTGGTGGGATTAGAGGGGGTTTCTGGATCTTTTCAGAGCTAAACTTGTGAATGCTATAGCTATCAAAAATGATTTCAGGACAAGGGAACCTTTCATTAGTGACTTGCAGATGGAGCCAGAATTAGGAACGCCTTTGCCAGAATATTCCTCTTAATCCTAAAATCAATGAATATATAACAGTAAACTCTTTTCACATTGCTCTGTAACTTGCACACAGAAACAGAATTCATTTCCTGATGCTTTTTCAAGTTCTGATATCTAGCAGGAGAGGAGTTGTGTGGTAGAATGCTTCTGAAGGCAACCTTGGACTTATAGGCAAAGTGCTCAGACAGATGTTGATAATTTGCATGTTTTGCATGATGAGGTAGAAGTCTTGTGTGATGTTGTAAAGCTCTAAAGCCTTGTTACAACTTTAAGGGAGGACTTGCTCTGTGCTTTTCAAAATGATGATCTTTTCTGCTTAGGGTTTTCCCCAACTGGAAATCTCAATACAGCAGCAGATTAAGAATGACTGCTAACTTTTCAGGGATTTCTGTTTATACTTGTTAGGAGGTTTAGGATGGCTTTTCTTAGCTTTTGATCAGGAGGTGTATAAAAGGTACAAATTCATTGTGGAAACTTTTGCTAATACTATTTGGGGTGCATGAATTAATGTCTTCCATATTATTTCACTTGGAAAAGCATGACATGACTAAAGCAACAGTAGATTCTGCCCCTTCCCACTTCATCTCAGTGAAAATGAAATTTCAAAGAAGTGCAGTGATAAAGCATCTTAATTCCATCTTTCTGGAGCTGTGAGAGCTCACAAAGTAGGTGCCTTAGTTATCTGTCAGCTTTACATTGTCTTGTTTGTCTTTTAAGTAAAAGGTTTATAGTTGTAGCAGCTTGAAAGTTTTTGATCAGCTCAAATTATGCAGGAATCATTGATCTGAAGCTCACTGCTCTTCATTCCCACTTGCCAGAAAATAATTTTCCCATGGTATGCTCATACACATATAGGAACTGTGTTATAGATTAGTTAAGGGGATTTTAGTGGTTATTCATAAGGTTACTCTTTTGTTCTTGATTGCAAACAAACAAAAACCCATTTGCTCAAAATGCAGTTGTAAAATATTATATTTGTTGAAGTGCATAAAGAATTTAATCAAAATTAAACTAAGCATATTCCTGCCAGAAATAAGTAGTTTAAATTAACAAGCTGAACACCTAAATAAGCCAGATGTCAAAAAGGTTGAAAGCTACGTTCCATTCTCCTCAATGTCTATAGCAGCTATATCCACAGTTCAGCTACTTTAAACTTCTTTGAGAACCTCGGGGGTTTTCAGTCTTACCAGAGAACTTCTGCATAAATCAGTAGCTTTGAAGAAAGATAGCTTAACCCAAATGAAGACATAATAATAGTTATTAGTCAGGATCGATTTTGCCACACAACACATAAAGCCAAGAAAACACAGTCCTTGACCAAAATGTGGATTGAGATGGCATATGTGTGTCCCTCCATACAGAGCAGTATCTAATTTAAGGCGGATTGATAATCCCCGGTGCATAACTTCTCTGCCAGTGTCTTTTTCTTTCCTTTTCCTTTCCAAAACCACAAAACAGTCTGATTCTTTACGCTTTTTCCAGCAATATGAGAAGAAGAAAACAGCTGGTAATCCAAAACCACCTGAGTGAAAGTTCTTAGAGCAAAGGAGAATTGAGAAAGCAAAAGAAAAAATATTTCTTAAAGTTCTCATTATTATGCTAAGACAAAAATAGCCTAGCCCAGGACCTAGAGATTTCTTCTGAAGCCACCTGCCAAAACACACAGCTCTCCTTTTCTCATAAACTTAGCCAGCTACTTTGCATGCATGGTAAACTACATGTCTGAATATCCTTTATGTGAATATTCAAGGCTCTGAGTCCTGGAGTCACTGGCATAAGAACTTCATTAATTTTCTTCAGAAGTTTCATAGTTATGAAGAGTAGCTTGAAATAGTTTGACTTTGAGTCCATGACAGCTAGAATGGTATTGTAATCTGAAATGTTAACTGTAAGGTGGATAAACTACTCATGGTTCTTAGCCATCTCATATGGTGTATGCAGGTGTATACACCTGGCTGGAACATTTTTGAGTGCCCACATATTACTTTCACTCTTTTTTTTTTTTTTTGCTCACATGCAGAGGGGAAACTTCCAGAAGGAATAAAATAATAGAAAACCTCTCTGAAATAAAATCAGAACTAAAATGATTTTCTGAAATCTTAATTCTCATTTCTGTTCACGATTTCAATGTCCTATATTCGTGAACAAGAATGAGTATACTGTGCAGGGTCAGGTGTCTTGTTAACCAGTGAAAATGCACCTTGTTTAGGAGAAAGTGCGAAGACTGTAAGAACAGAATGGAAAACTATTTCAGTTCTTAGACTTTTAAAAATACATATATCTCTGTAGCTTGAAATTTGCATGTGGCTGTCTGCTCCTTTTGTCAGGAAACAGTGTGGACCATTATTTGAAAGGAAATGGCCTAAGAAACTGGGCTTTGTGGGATTGTGCCTACCTGAGAAATCTAGACCCACCTAGGATGTGCTGTCTGTGTGCTTGGTGCTGCCTCTGCCCGCCAAGGAAACCTGGATTCCTAGTGCTGGAATGTGGTTAAGGGATAGATAGGACGAGTGTATGGGGACTGTGGCTCGAAATACTTGCACTTGCTCCTTTGCAAGCTTCAGCTAACCTCATTAGTAATGTAGTCTTTAACATCACTTTTCCGTATTTTGTATAGAGGGCTATTTAGACACTTGGCAGTAGATTAACACATTTCAATAGCAAGCTGCTGTTGAGGGAAGAACTGTGTCAAGATGTACATTGTTGGAGAACTTGCATTGTATAAAGTGGCTGACACCTCCTGGAAATTTGGCAGTATCG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Seq C2 exon
GTTGCAGTTGTTAAAATGAAGTGTACAGAGCGCATTTATGCAATGAAAATTCTAAACAAATGGGAAATGCTCAAAAGGGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011432:ENSGALT00000018644:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=PU(4.9=41.9)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(10.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]