GgaINT0060903 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000014699 | MEGF10
Description
NA
Coordinates
chrZ:55248417-55256528:+
Coord C1 exon
chrZ:55248417-55248517
Coord A exon
chrZ:55248518-55256435
Coord C2 exon
chrZ:55256436-55256528
Length
7918 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCCGTAAGT
5' ss Score
10.27
3' ss Seq
TCTGTTTCCTTCACTGACAGCTC
3' ss Score
9.49
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCAGCTACCGTACTGCCTACAGACATGGTGAAAAAACAATGTACAGGCGTAAATCCCAGTGCTGCCCTGGATTTTATGAAAGCAGGGAAATGTGTGTCC
Seq A exon
GTAAGTCTAGCTTTTTTTTTTTTTTGCTTTGATATTCTGTGTGTTTATTGCCTTGCTCGCTCCCTTTTGGTGGGTGACTTGCAGAAGGTGAGCTACCAGAGCCTCAGTTATTCAGAGACAGTCTTGTGAATGTGCTGTCATTTGCTGTATTGTGTATGTACATATACTTTTATTAATTTTGGGGAACAGAATTGGAATGCACTGTACGGGAAAATGCTGTTCCTAGTAGTGCCTCTCCAGCCAAGACATGGACTGGCTGGCCTCCACAGTGCAGCCCTGGATGAGGCCCTGGCCAAGGTAACCATGTCTGTCACCTCACACCTCCAGCCTAACCCCTTGCATTATACTGCTTTACCTAGTGCTTTTATCTCAAGATTGTGAGCAATGGAGATGTGTTCATTGCTTTATCATTTCCCTTACTGCTACGGTGACAGTGGTGAACCTCCTCCAGTGTTTGGAGGAGCAAAACCTCCTACAGCAAAACCTTCTGCAAAATCATGGGTGACGAGAGATTTGCCTTTGCCACTGGATTTTACTACCAAGTTTAGGAGAACACAGTGCAGCAGATAAGTCTTTAGTCTGAAAAATAATTATCAGTATGTACATGGAATTTATTTATTCAATATAAATGTGAGTTTCTTAATTTGTTCTACCTGATTCATATTTAAAATTACATAAGAATTAAAAATCTCCTGTGGAGCTAACTTTGCATTTATTTGATTCTGCAATCATTGACCCCGCATGAGCATGAGGGTCCTTCATTCCTCATGACTACCAGTTGTAGTGAGAACTCAAGGAAAATGGAGGAGCTCAGTATTTAACACAGTAAGGGAAACATTTTGTGCTTTACATTGTTTCGCCTAGCTTTCTTCACTTATACATTCTTGAGTACATTCTGCACTTACACATTCTGTGCTATACATTCTGCACTTACACATTCTGGAGTAGGTGTTACCTGCATACAGTGTGATATGGCTGGTTGTCCATTTTAACTTGGAAAATAAGTGTGGTGTTTTCAACTGGAATTAACCCATAAGGGATAGTGACATGAGGAAGACTCTTCTGTGTCACTGAAGCAGAAATATCACTGTCAAAAAGCCAACACCAATTGTTTCTCCAGAAGAAAATGATGACCATATTGAAAAACACACATACACTTCCTCTCTTTTTTTGTATGTAAAGACAAAAGGGAATAAGAGGCAAGTATTGTAGATATCTTCTTTTCTGTCACTGCTGCTCTGCAGTGCAGACAGGATTTCTGTTAGAGTTTCCATAGTGTGGATTATTTTTTACTTTGGGGAGGATGTAGGGTACATTTGAAGAGGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTAAAACAGTAAAATACTTGTGCTGTGGATATCTTGTTCTATATCTGCTCCTTTATTCGACTTTGCAATTTAAAAACCTCAATTAGAAAATTCTACTGGCAGATGATTTGGGTATTAGTCAACACTTCACTGCATACAGTGATGAACTGAAATACTGTGACTTCCTTTTAAAAATGCTAATTGGGGATTTACACCATGATCACTCAGAATTTGCTATTCCCCTAGAGTAACTGCTTACTAATGGTAGTGCTACTGCACTGCTTATTATGGGAAGAAAATTACTTATCACTGTATAAAGCCATTGTAAAAATGTGGTAGTCTTACATTGCTGAAGGCTCTAAATGTTGTATTCACACAGGAAAAGGATGACCAAACAGTCAGATAAAAGCGTAGTCTGAATTTTATGTGTTATACTTACATACTTTTCAGAATCTTTCTGAGTCCAGGATGAAAAGATTAATTTGAATTTATCTTAGGATAAGGTGAAAACTTTCAGTAGATGAGACTTATGTTAAACTCGACTTCTGGTGAGTTACATTTGTGTTTTGTCTTTGGATTCAGTAGGTAAACTTGTTTATGGAAAATATACAAACAGGCCTTTTATATAACTTACACAATATTTTTTTGTTTGTTTGCTTATTCTTCAATAAACAACAAATGACTGTTGTACTGTTAACTGTCCAAATTCAGAAACAGAATTTTAGCATAATCTTATTTTAGTTAAAGCCACCTAAAAGCTTATATAGCATATCGCAGGTAAAAATCAGCACTTTAAATACAGATATGGCCACTACTAATAGTTTGAAAAAAACCTGCGCACCTTTTTTCCCAGAAACAGTTGAGTAACACTAGCAGCAGAGACTATAACAGAAACAAATATTGTCAACAGTACTGTCATCAGCAGAAAAACAACATTAATATAATGTGTTTAGGTAGAGGTAGTTCAGGGAGGTTGTACTAAAACTCCCCAAAAGAATTACCATTTCTTCATTTTGCAACTAAAATTGAGGTGTCCTATCTCCTCACACAATCTTTGATCAGATAAGAAATGTGATTTTCAGAAGGCACTTACAGATGACTTCCCTAAAGTCAGTGGTGAAGCTGTGCTTAACTGGTACTGTGGGAGCAGGATCAGCATCTGATTAGAGTACCAAACATACAGAAATGCCAAATAAGCTGCTGCTAAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAGAAGTCTGATGAGTAACAAACAACTCAAATACCCATTCCTCCAGTGTTTCTGAGTTTGTGGAAATGGTAACACATTCGCAACACTCTTATTAAGCAGCACCAAAAGTCAGCCTCCATCTGTAGCCTTTGGAAGCTTTTCAGGGAACCTCTTGAAAAAGCTCAATATTTTAAATTATGTTAATAAATATCACAAAACTGTATTTTTTCTATGTAACCTTTGGCCAGTAGACAGATTATTTTGCAGACTAAGTTTATTACAGCAAGGAGCATTCAGCCATTCTGAACAAAAAATTTGCCACCCTTTAGTAGTTGTGCCACCTGAGTTTGCCTTCAGGTGGATAAAAATTCAATATTTTTACTTAAATTCTGGCACTGCATTAGGCATCAGTACTAGAATGTTTATGAGCAGGAGGATATCAGTACTCCCACTGTTACACTGTTCTGTGAACTCCTTATATAACTCCTGTTAAAAAAGGAGATAGAGTTTCTGATTTCTGGCTTCACTGTTGACAGCTGCAGAAGGGCAGGCCAACTGTAGCTTGGCTGTTTTTTTTTTCCCCCCTTTCTTTCTTTATTTTCTCTTAATGGTTGCAGTGCATTTTTTTTTTTGGTATATTTTTGTAGGTTTCCTTCAGATATAGCATGAAAGTAGTTCATGGTTAGACCTAGTGAACTTCCTAAGGAGATCTGAACTCTGCAGACAGATACAAAGGTAGATTCATTTTATTAAATTCTATAAAGCAATTCACACTTAGACTTAAAATCTCCATGCTAGGCTGTGGGATTGACTTAGTCTTTTATTTACCACAAATAATTTACTGTCTCTTTTGTCCTCATATTATGTGCTTTCGAGGAGATTTGTCCTATGGATTCTAGGCTGTGCTCCACACTGGGATGGTTTTACAAGAAACGTAATCATTTCTTTTTTTACATTTACAAAATCCATCCAATTTTTACCATCTTTCTGAAATGAAGGAGTTCAGGCATTAAGATATCTGTTGATTTGTTGTGTGTTGACAAAGTAGATTAATCCTTGCATCATTTCGGTAGCATGAATATTAACTTCACATACAATTCTGTGGTCTAACAGATTCCTAAGAACACTAAAGGAGGATTAAGCCTGTTGAATTTCCCTGAGACAGGAGGTGGAAGATAGGCAGACTACAGGGAGAATTAAGACTCTATCTTGATGTATGTAACTGAATACCACTCACCTTAACAAAAAAACAGACATCAAGCACAGAAAAAAAAGGATTGACCAAAAGGATTGCATGTTCTCACATGCAGTGTAGATGGGAAGACTTCATTTGAAAAAGCACATTTATAATGTGGTTGAAAAGGTACATGAATTTCATCTTGCACAAAATGTGCTGAGGGACCATACTTTAATTAACGTAAAGGAAGTTGAAGTTAATTGTTGTGCGATATCTAAGGATTCTTTTCCATTCTGAGTATAAAGTATTTATGCACTCAAACTTCACTCACAAAATTTTGAGAACTTTAACAGGCAAAGAAGCTTATTTGTTCCTGAAAAATGGGATGTAACTCTTCAAATTATTCTTTCTGAAGACTGTAGGTATCCAAATATAGTTAGAAAGGTGTTAGCAGAAATGGCAAAGCATGGAGTAATGCATTTGTTATGACTTCTTTTGTTGGAAATCATTTCTGTGAATAAATAATATGCAGATGTACTTAATGCCAAAAGTAGATCTCATTCAATCATCACTCTGTTCTGTCTAATATTAATTCACCTTGAAGTTGGTCAGAATTTCACTTAATAGGAGATTTCAGGTATGAAATCAGGTATGACTTCAGGGAACTGTTTATTTGATGATGTGACTCATTTACCTATGTGCATAATTACAATCAAAATATTTCAAGCTTTTGTTCATTTTAATTTTCAAGGGCTTTTTCAAGGGAATAAATGACAGATATAAAAATGCATGCATGAACTGTAATTAAAGGCAAGAATAGTCTTTTTCACATCTTATTACTGGAAATACTTTTCTATCTTTTTACATTAGGTAATGCAATGCACAGCTGTCTAGATGTTGTCAGTGGTGACTTATGATTAAATAACTACATAGCACTTTCTTAATCAAAGAGAACAGATTCATAACCATTCAGAAATTTCAAGTTTTATGTTCTACTCTTCATATACCAACTCAGAAGTGGTGCGAGATGCTGGAGTTACTCCTCTCAGCTATGATACTTAAAGTAGTAGGAGGAGCAGTCTGCATGTCCACGGCAGGTGTTATGCTGGTATATACATAGGTGTTTGAATTGCAGTCTTCTCTTGAGCTGATCGTCATCTCCTTCCTCACTCTGGTGTCGGTATGAGCCATATAATCAGTATGTAAAAATGGCATCTTGATCTAAAATTGCATTACATTCTTGTTTGTAATACGTTTCTTGTACATACCTACAAGAAACATTTCTTGTAT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Seq C2 exon
CTCACTGTGCTGACAAATGTGTCCATGGTCGTTGTATTGCTCCAAACACCTGTCAGTGTGAGCCTGGCTGGGGAGGACCCAACTGCTCCAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000014699:ENSGALT00000023694:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]