BtaINT0091662 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000000329 | MEGF10
Description
Bos taurus multiple EGF-like-domains 10 (MEGF10), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046451]
Coordinates
chr7:27904015-27940714:-
Coord C1 exon
chr7:27940614-27940714
Coord A exon
chr7:27904108-27940613
Coord C2 exon
chr7:27904015-27904107
Length
36506 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCCGTAAGT
5' ss Score
10.27
3' ss Seq
TTGATTTTTCTCTCTGACAGCCC
3' ss Score
9.83
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCAGTTATCGGACCGCCTATCGACATGGAGAAAAAACTATGTACAGACGCAAGTCCCAGTGTTGTCCTGGATTTTACGAGAGCAGGGAAATGTGTGTCC
Seq A exon
GTAAGTAAGACTAACATTTCTTGGAAGTTCATTTACTTTTCCCAGTGTTGGTTTGCATCTGTTAATGGCAGCCTGTGGAGATGGAGACTGAGGCCTGTGGAGACTGAGGCCTGTGGCATCTTGGATCCTTCCCTTATGCTCACTGCTGCTATCTTGGCCTGTGTAAGCAGGGAAGCATTCACTATGTCCCTCTGTCCTGTCACAAGTCTCCACATGAAAGTCACTTGAGGAGAAAGCAGAAGTTGTAGAAAGATGATTCAAGGTTGGATGCTGCAATGTTTGTTACAATTCTTCAAGAAAAGTCTGTTTGGAAATCAGTCAGGGAGTCATCAGAGAAGAGAACAGAGATGTAAGCTTCCTGCAGCAACTCACCAGAGTCTTGAGTCAACTTTCAAGGGGCCAGCATGTTCTTTTCTGGTACATAGACTGAAAGGCTTATTAAGGAGCTTTCACAATATGAAATGGCTGTAAGTCTGAATCACAAAGTAGACCTTTTTTCATTGTCATTTCTATCATCCCTCCCTTCCCCACCTCACTGATTCATTTTAAGATGTCTTGAGAGAAGTTTGATGTTTTATGATACACTTTAGGAAATCTTAGAATATCATGTGCAATGTAGTTTGCAATTGTGCTTTCTAACTATTGTGTGTAGGACTCTTAGAGACACTTCAGATCAGATCAGATCAGATCAGATCAGTTGCTCAGTCGAAGTGGGCCTTAGAAAGCATCACTACGAACAAAGCTAGTGGAGGTGATGGAATTCCAATTGAGCTATTCCAAATCCTGAAAGATGATGCTGTGAAAGTGCTGCACTCAATATGCCAGCAAATTTGGAAAACTCAGCAGTGGCCACAGGACTGGAAAAGGTCAGTTTTCATTCCAATCCCAAAGAAAGGCAATGCCAAAGAATGCTCAAACTACCGCACAATTGCAATCATCTCACATGCTAGTAAAGTAATGCTCAAAATTCTCCAAGCCAGGCTTCAGCAATATGTGAACTGTGAACTTCCTGATGTTCAAGCTGGTTTTAAAAAAGGCAGAGGAACCAGAGATCAAATTGCCAACATCCGCTGGATCACTGAAAAACCCTTAAGATAGGTATTATTAAAAATGATTTTATTCAAATATTTTGGCTCAACAAAAAGCTAGAAGGACATCTTTGCTTTCTGAGATGGGATGCTGGTATTGAGTAGTAAAAAGAGACAGAGTTCTGTTCTAACGTGGAGGCACTAGAAACTTCTGATCATGTCTGGGCTTAAGACTCCACAGAACTGAATGATAGCACTGACTTGGCCACCGCTCAACTGGGTGGGCTTGGATAAACCATTTATAAATGGGTTTATAATTTTATTTGAGGCTGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCCCTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGACAGCAGCCCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGCAAATTTGAGGCTGCTGCTGCTAAGTTGCTTCAGTCGTGTCTGACTCTGTGCTACCCCATAGACGGCAGCCCATCAGGCTCCACCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGTATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCACTCAGTCTTGTCCGACTCTTAGCGACCCCACGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCGTCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGCACATTTGAGGCTAATTTGCTCTAAATAGAGAGAGAGCTTGGACCAGTATATGTATCATCTTCCTTCTACCCTTTGGAGTCTATTCTTCATATAGAAAGGGTGTAGTGTTAGTTACTCAGTCATGTCCAACTCTTTGTGACCCCACAGACTGCAGCCCTCCAGGCTCCTCTGTCCATGGAATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCATTCCGTTCTCCAGGGTATATAGAAAGAGTGATATCTCAAATTTGATTCAAAACCAAAGCTATATATGATAATAAATGTTCATTGAAGAGAAATTAGAAAATGTAACTAAGCAAAAAGAAGAAAATACAAATATATTGTGACTGTCTTTCCTGGTCAGTAAATATACTTCTGCAACAATTTACAAATGCCAGTGTTTATTGGATTATGCTGCTACTGCTAAGTCACTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGAGACCCTGTAGATGGCAGCCCACCAGGCGCCATCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTAGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTAGCGACCCCATGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCATCCATGGAATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCACTGCCTTCTCCGTTATTGGATTATAGATGTTTATTTAACTGATCTCAGCTCTTGAATATTTACATGATTTCCAAGTTATAACTATTATGGACTACTTTAGAAGATGTCATTGTGATTAAATCTTTGTTCATCTATATAATTACTAGGTAAGGATACCTTCATAGACGTAGAATTTCTGGGTTAGAGGCATTCACATATTCCTAGAATGTTTGGTGTGTTTTCAATTTATACCCCCACCAGCAGTGTAGAATGTCTTTTTGCTTATATGGTGGTGGTGATTTAGTCGTTAAGTTGTGTCTGACTCTTTGCAACCCCTTGGACTGTAGCCCCCATGCTACTCTGTCCATGGGATTTCCCAGGCAAGAATACTGGAGTAGGTTGCCCTTTCTTTCTCCAGGGGATCTTCCCAACCCAGGGATTGAACCCAGGTCTCCTGCATTGCGGGTGATTCTTTACCAACTGAACCACCAGGAAAGCCCATCTTTTTGCTTATACCTTGTGCCAATTTTTCTTTTGCTATTTTTCTTAATTTGCATGTGTTTGATTAATAATGGTGTGGAATAAGAAAAATTATGTTTATAATCAAACATCTTTGAGAATAATCATGAACTGATCTCTGTGGCCTAGGCTGATGGGAAATTTTCAAAGGAGGGCCTTGAATACACACAGCCTGGAGAGTGGGGAGGCCTGGCTGGTCGGGCTGGCCACTTCCCAGATGCTTCAAGGAGACATTATCTTGGTGTACTTGCCAGGGTTCAAACCTACAAGCCTAGTTGTCAGCACCCTGAGAAAATAGCTCTATCTATTGGGGATTGTTTTGTTAATCCAAGTCCTAAGAATCATATAAAGTCGGGGTGCTAATTCATTGTTACACAGAACTTGGAGAGGCGCTGACACAGTATCCTGGTCCTACCTTCTCTCCTTGAAGATCTGGCGTGTGGCAAACAAAATTTTATTGGCAGCTGATGTAGGGATTGTGGATCTGAGCAAGGTTAGTTAGAGAGAAATTTCAGTGCTTCATGGTTCTAGCCTTCTAGAGCCCAGTGCCTCCATCAGTAGTACAGCTCATCTCAGAAAGCAGGGCAATCCCACAGGACCGTCATACCTGGTAAAAATTATTGCCATAATGTGATGGTAAAGATATTATAACTCTTCCTTGAGATAAGTCTCATACCAGCCAATATGACTCCTGAATGCTTGGATGGCCATCTCTAGCATTTGTCACTAAAATTTTCCTTTTCTTGCAGTTTTCCTTTAGATATGTTAATACATTTAATCAGCTCACTGTCTGGTCTCCGAGGCCTGGGAGCTATTTGGTCTCTTTAAGGGTATTTTTGTATCTCTCCACTCTGATGTCTTGATTTCATAGCTTAACCCCAGAGGACAAGCATGCTTCCGTTACTTCCTTGTTCTCAGGGATGCCTCTGGTACATCTTCTGTTCTCTCAACAGCTGGCACTAGTGAGACACCCTTGTGGATAGAGAAGGAAGAGAGAACACATGATTCTTGTTTCTGCTTTCATAATCTTTTTTCTTTCCAACTAGGTTTTGCTGCCAGGCACCCAGCACAGTCACCATTTTAACTGTTTCCAGCAAGTTATCAAAAAGAATTGAAACACACGAATTGATTATAATTTTGGTTTAATTTTGTTAATCAGTTTACCTAGAAGGCAAAAAAAGGATGGTTTCACATAACAACCTATATTAGAAAAAATAGTTTCTTTTACGTGGCTAAGGTAGCTCCCCTGGAGAGCAAGTCCCGTCTTCCCATCCCTCCCTCCCCCTGCTTCATCCTGCCCAAGATTATTCATTTCTACTAAACTCTCAGGCTGTACAGAAGCTGCTGGTCCACAGAGCACACTTCGGGTAATAAGGCTCTGTGTTCAGAAGACAGATATTTACCATCAGGCAGAAAGAGCCAAAACAAAAAATGTGGGGAGTAGTGTGGTTAGAAGCCTTTCCTAAGAATCTGGCTGGAAAAGAGAATGGATTGGAAAATTCTCCAAGAAGAAAATATTGCGGGACATGAAGATGTCTGTAATTCCTTTGTGAGGTTTTAACCTGTTCATAAAATTACACTTGTACGGTTATTCATTTTTCAAAGTTCCTATTATTGCCTGATTGTGTTTCATTATTTTTAAAAACTGGAATGTCATTTATTTTCTTGACTTAAAAAATTGAAATAGAGTCGACATAAAATATGTTAGTTTCAGGTTAGTGATTTGACATTTGCATATATTAACAAATAATCTCCAGGATAAATCTAATAACTACCTGTTAAAATCATTACAAAGCTATTATAATATTATTAACTGTATTCTTTGTGCTGTATTCGTATTATATCTGTGTGGCTTATTTTATAACTGGAGGGTTTTGCTTCTTAATTCCCTTCACCCATTTCACCCTCAACTCCCAATGCCAGAAACCACTCATTTATTCTCTGTAGCTGTGATTCTGTTTTCATTTTGTTTTTAGATT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Seq C2 exon
CCCACTGTGCTGATAAATGTGTCCATGGTCGCTGCATTGCTCCAAACACCTGTCAGTGTGAGCCTGGCTGGGGTGGGACCAACTGCTCCAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000000329:ENSBTAT00000000434:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]