GgaINT1017733 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000014699 | MEGF10
Description
multiple EGF-like-domains 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29634]
Coordinates
chrZ:56202075-56210186:+
Coord C1 exon
chrZ:56202075-56202175
Coord A exon
chrZ:56202176-56210093
Coord C2 exon
chrZ:56210094-56210186
Length
7918 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCCGTAAGT
5' ss Score
10.27
3' ss Seq
TCTGTTTCCTTCACTGACAGCTC
3' ss Score
9.49
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCAGCTACCGTACTGCCTACAGACATGGTGAAAAAACAATGTACAGGCGTAAATCCCAGTGCTGCCCTGGATTTTATGAAAGCAGGGAAATGTGTGTCC
Seq A exon
GTAAGTCTAGCTTTTTTTTTTTTTTGCTTTGATATTCTGTGTGTTTATTGCCTTGCTCGCTCCCTTTTGGTGGGTGACTTGCAGAAGGTGAGCTACCAGAGCCTCAGTTATTCAGAGACAGTCTTGTGAATGTGCTGTCATTTGCTGTATTGTGTATGTACATATACTTTTATTAATTTTGGGGAACAGAATTGGAATGCACTGTACGGGAAAATGCTGTTCCTAGTAGTGCCTCTCCAGCCAAGACATGGACTGGCTGGCCTCCACAGTGCAGCCCTGGATGAGGCCCTGGCCAAGGTAACCATGTCTGTCACCTCACACCTCCAGCCTAACCCCTTGCATTATACTGCTTTACCTAGTGCTTTTATCTCAAGATTGTGAGCAATGGAGATGTGTTCATTGCTTTATCATTTCCCTTACTGCTACGGTGACAGTGGTGAACCTCCTCCAGTGTTTGGAGGAGCAAAACCTCCTACAGCAAAACCTTCTGCAAAATCATGGGTGACGAGAGATTTGCCTTTGCCACTGGATTTTACTACCAAGTTTAGGAGAACACAGTGCAGCAGATAAGTCTTTAGTCTGAAAAATAATTATCAGTATGTACATGGAATTTATTTATTCAATATAAATGTGAGTTTCTTAATTTGTTCTACCTGATTCATATTTAAAATTACATAAGAATTAAAAATCTCCTGTGGAGCTAACTTTGCATTTATTTGATTCTGCAATCATTGACCCCGCATGAGCATGAGGGTCCTTCATTCCTCATGACTACCAGTTGTAGTGAGAACTCAAGGAAAATGGAGGAGCTCAGTATTTAACACAGTAAGGGAAACATTTTGTGCTTTACATTGTTTCGCCTAGCTTTCTTCACTTATACATTCTTGAGTACATTCTGCACTTACACATTCTGTGCTATACATTCTGCACTTACACATTCTGGAGTAGGTGTTACCTGCATACAGTGTGATATGGCTGGTTGTCCATTTTAACTTGGAAAATAAGTGTGGTGTTTTCAACTGGAATTAACCCATAAGGGATAGTGACATGAGGAAGACTCTTCTGTGTCACTGAAGCAGAAATATCACTGTCAAAAAGCCAACACCAATTGTTTCTCCAGAAGAAAATGATGACCATATTGAAAAACACACATACACTTCCTCTCTTTTTTTGTATGTAAAGACAAAAGGGAATAAGAGGCAAGTATTGTAGATATCTTCTTTTCTGTCACTGCTGCTCTGCAGTGCAGACAGGATTTCTGTTAGAGTTTCCATAGTGTGGATTATTTTTTACTTTGGGGAGGATGTAGGGTACATTTGAAGAGGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTAAAACAGTAAAATACTTGTGCTGTGGATATCTTGTTCTATATCTGCTCCTTTATTCGACTTTGCAATTTAAAAACCTCAATTAGAAAATTCTACTGGCAGATGATTTGGGTATTAGTCAACACTTCACTGCATACAGTGATGAACTGAAATACTGTGACTTCCTTTTAAAAATGCTAATTGGGGATTTACACCATGATCACTCAGAATTTGCTATTCCCCTAGAGTAACTGCTTACTAATGGTAGTGCTACTGCACTGCTTATTATGGGAAGAAAATTACTTATCACTGTATAAAGCCATTGTAAAAATGTGGTAGTCTTACATTGCTGAAGGCTCTAAATGTTGTATTCACACAGGAAAAGGATGACCAAACAGTCAGATAAAAGCGTAGTCTGAATTTTATGTGTTATACTTACATACTTTTCAGAATCTTTCTGAGTCCAGGATGAAAAGATTAATTTGAATTTATCTTAGGATAAGGTGAAAACTTTCAGTAGATGAGACTTATGTTAAACTCGACTTCTGGTGAGTTACATTTGTGTTTTGTCTTTGGATTCAGTAGGTAAACTTGTTTATGGAAAATATACAAACAGGCCTTTTATATAACTTACACAATATTTTTTTGTTTGTTTGCTTATTCTTCAATAAACAACAAATGACTGTTGTACTGTTAACTGTCCAAATTCAGAAACAGAATTTTAGCATAATCTTATTTTAGTTAAAGCCACCTAAAAGCTTATATAGCATATCGCAGGTAAAAATCAGCACTTTAAATACAGATATGGCCACTACTAATAGTCTGAAAAAAACCTGCGCACCTTTTTTCCCAGAAACAGTTGAGTAACACTAGCAGCAGAGACTATAACAGAAACAAATATTGTCAACAGTACTGTCATCAGCAGAAAAACAACATTAATATAATGTGTTTAGGTAGAGGTAGTTCAGGGAGGTTGTACTAAAACTCCCCAAAAGAATTACCATTTCTTCATTTTGCAACTAAAATTGAGGTGTCCTATCTCCTCACACAATCTTTGATCAGATAAGAAATGTGATTTTCAGAAGGCACTTACAGATGACTTCCCTAAAGTCAGTGGTGAAGCTGTGCTTAACTGGTACTGTGGGAGCAGGATCAGCATCTGATTAGAGTACCAAACATACAGAAATGCCAAATAAGCTGCTGCTAAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAGAAGTCTGATGAGTAACAAACAACTCAAATACCCATTCCTCCAGTGTTTCTGAGTTTGTGGAAATGGTAACACATTCGCAACACTCTTATTAAGCAGCACCAAAAGTCAGCCTCCATCTGTAGCCTTTGGAAGCTTTTCAGGGAACCTCTTGAAAAAGCTCAATATTTTAAATTATGTTAATAAATATCACAAAACTGTATTTTTTCTATGTAACCTTTGGCCAGTAGACAGATTATTTTGCAGACTAAGTTTATTACAGCAAGGAGCATTCAGCCATTCTGAACAAAAAATTTGCCACCCTTTAGTAGTTGTGCCACCTGAGTTTGCCTTCAGGTGGATAAAAATTCAATATTTTTACTTAAATTCTGGCACTGCATTAGGCATCAGTACTAGAATGTTTATGAGCAGGAGGATATCAGTACTCCCACTGTTACACTGTTCTGTGAACTCCTTATATAACTCCTGTTAAAAAAGGAGATAGAGTTTCTGATTTCTGGCTTCACTGTTGACAGCTGCAGAAGGGCAGGCCAACTGTAGCTTGGCTGTTTTTTTTTTCCCCCCTTTCTTTCTTTATTTTCTCTTAATGGTTGCAGTGCATTTTTTTTTTTGGTATATTTTTGTAGGTTTCCTTCAGATATAGCATGAAAGTAGTTCATGGTTAGACCTAGTGAACTTCCTAAGGAGATCTGAACTCTGCAGACAGATACAAAGGTAGATTCATTTTATTAAATTCTATAAAGCAATTCACACTTAGACTTAAAATCTCCATGCTAGGCTGTGGGATTGACTTAGTCTTTTATTTACCACAAATAATTTACTGTCTCTTTTGTCCTCATATTATGTGCTTTCGAGGAGATTTGTCCTATGGATTCTAGGCTGTGCTCCACACTGGGATGGTTTTACAAGAAACGTAATCATTTCTTTTTTTACATTTACAAAATCCATCCAATTTTTACCATCTTTCTGAAATGAAGGAGTTCAGGCATTAAGATATCTGTTGATTTGTTGTGTGTTGACAAAGTAGATTAATCCTTGCATCATTTCGGTAGCATGAATATTAACTTCACATACAATTCTGTGGTCTAACAGATTCCTAAGAACACTAAAGGAGGATTAAGCCTGTTGAATTTCCCTGAGACAGGAGGTGGAAGATAGGCAGACTACAGGGAGAATTAAGACTCTATCTTGATGTATGTAACTGAATACCACTCACCTTAACAAAAAAACAGACATCAAGCACAGAAAAAAAAGGATTGACCAAAAGGATTGCATGTTCTCACATGCAGTGTAGATGGGAAGACTTCATTTGAAAAAGCACATTTATAATGTGGTTGAAAAGGTACATGAATTTCATCTTGCACAAAATGTGCTGAGGGACCATACTTTAATTAACGTAAAGGAAGTTGAAGTTAATTGTTGTGCGATATCTAAGGATTCTTTTCCATTCTGAGTATAAAGTATTTATGCACTCAAACTTCACTCACAAAATTTTGAGAACTTTAACAGGCAAAGAAGCTTATTTGTTCCTGAAAAATGGGATGTAACTCTTCAAATTATTCTTTCTGAAGACTGTAGGTATCCAAATATAGTTAGAAAGGTGTTAGCAGAAATGGCAAAGCATGGAGTAATGCATTTGTTATGACTTCTTTTGTTGGAAATCATTTCTGTGAATAAATAATATGCAGATGTACTTAATGCCAAAAGTAGATCTCATTCAATCATCACTCTGTTCTGTCTAATATTAATTCACCTTGAAGTTGGTCAGAATTTCACTTAATAGGAGATTTCAGGTATGAAATCAGGTATGACTTCAGGGAACTGTTTATTTGATGATGTGACTCATTTACCTATGTGCATAATTACAATCAAAATATTTCAAGCTTTTGTTCATTTTAATTTTCAAGGGCTTTTTCAAGGGAATAAATGACAGATATAAAAATGCATGCATGAACTGTAATTAAAGGCAAGAATAGTCTTTTTCACATCTTATTACTGGAAATACTTTTCTATCTTTTTACATTAGGTAATGCAATGCACAGCTGTCTAGATGTTGTCAGTGGTGACTTATGATTAAATAACTACATAGCACTTTCTTAATCAAAGAGAACAGATTCATAACCATTCAGAAATTTCAAGTTTTATGTTCTACTCTTCATATACCAACTCAGAAGTGGTGCGAGATGCTGGAGTTACTCCTCTCAGCTATGATACTTAAAGTAGTAGGAGGAGCAGTCTGCATGTCCACGGCAGGTGTTATGCTGGTATATACATAGGTGTTTGAATTGCAGTCTTCTCTTGAGCTGATCGTCATCTCCTTCCTCACTCTGGTGTCGGTATGAGCCATATAATCAGTATGTAAAAATGGCATCTTGATCTAAAATTGCATTACATTCTTGTTTGTAATACGTTTCTTGTACATACCTACAAGAAACATTTCTTGTAT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Seq C2 exon
CTCACTGTGCTGACAAATGTGTCCATGGTCGTTGTATTGCTCCAAACACCTGTCAGTGTGAGCCTGGCTGGGGAGGACCCAACTGCTCCAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000014699:ENSGALT00000023694:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]