RnoINT0091325 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000013674 | Megf10
Description
multiple EGF-like domains 10 [Source:RGD Symbol;Acc:735084]
Coordinates
chr18:52269469-52288987:+
Coord C1 exon
chr18:52269469-52269569
Coord A exon
chr18:52269570-52288894
Coord C2 exon
chr18:52288895-52288987
Length
19325 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCCGTAAGT
5' ss Score
10.27
3' ss Seq
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3' ss Score
11.78
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCACTGCGCTGATAAATGCGTCCACGGTCGCTGCATCGCTCCAAACACCTGTCAGTGTGAGCCTGGCTGGGGTGGGACCAACTGTAGCAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000013674:ENSRNOT00000037901:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075468=EMI=PD(39.7=82.9),PF0236314=C_tripleX=PU(22.2=11.4)
A:
NA
C2:
PF0236314=C_tripleX=PD(72.2=40.6),PF126612=hEGF=WD(100=40.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]