GgaINT0068421 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015538 | KIAA0232
Description
KIAA0232 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28992]
Coordinates
chr4:79403630-79415647:+
Coord C1 exon
chr4:79403630-79403767
Coord A exon
chr4:79403768-79415580
Coord C2 exon
chr4:79415581-79415647
Length
11813 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAGT
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9.82
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3' ss Score
10.02
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
AGCTCTGGGATTGAAACTTTAGTGGAGGAGCTTTGCTCCAAACTGAAAGACCTTCAGAGTAAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015538:ENSGALT00000025047:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.043
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF153761=DUF4603=FE(3.5=100),PF144001=Transglut_i_TM=FE(48.9=100)
A:
NA
C2:
PF153761=DUF4603=FE(1.7=100),PF144001=Transglut_i_TM=FE(23.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]