GgaINT0077095 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011604 | SLC4A4
Description
NA
Coordinates
chr4:51791666-51802783:+
Coord C1 exon
chr4:51791666-51791845
Coord A exon
chr4:51791846-51802706
Coord C2 exon
chr4:51802707-51802783
Length
10861 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAATG
5' ss Score
5.46
3' ss Seq
TATTGGCATTGTTCTTACAGGCA
3' ss Score
7.99
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATGATTGTCGACAATCAGATTGAGACAGGGCTCTTGAAGGCAGACATGAAGGACAAAGTCACCTACACGCTGCTCAGGAAGCACCGGCACCAGACCAAGAAGTCCAACCTGCGCTCTCTGGCAGACATTGGAAAGACCGTCTCCAGTGCAAGTAGGATGTTTACCAACCCCGATAATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCAGTCCAGCCATGACTCACAGAAATCTGACTTCCACCAGTCTGAATGACATCTCTGACAAGCCTGAGAAAGATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011604:ENSGALT00000018945:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.213 A=NA C2=0.744
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075658=Band_3_cyto=FE(23.8=100)
A:
NA
C2:
PF075658=Band_3_cyto=FE(9.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]