RnoINT0138512 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000003134 | Slc4a4
Description
solute carrier family 4 member 4 [Source:RGD Symbol;Acc:68936]
Coordinates
chr14:20619252-20655494:-
Coord C1 exon
chr14:20655315-20655494
Coord A exon
chr14:20619329-20655314
Coord C2 exon
chr14:20619252-20619328
Length
35986 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAAT
5' ss Score
7.76
3' ss Seq
GTTCCCTTGTGTTTTTCCAGGTA
3' ss Score
11.36
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAGCCCAGCTATGACCCACAGGAATCTGACATCCTCCAGTCTCAATGACATTTCTGATAAACCAGAGAAGGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000003134:ENSRNOT00000004391:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075658=Band_3_cyto=FE(23.8=100)
A:
NA
C2:
PF075658=Band_3_cyto=FE(9.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]