MmuINT0147200 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000060961 | Slc4a4
Description
solute carrier family 4 (anion exchanger), member 4 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1927555]
Coordinates
chr5:89475238-89513743:+
Coord C1 exon
chr5:89475238-89475417
Coord A exon
chr5:89475418-89513666
Coord C2 exon
chr5:89513667-89513743
Length
38249 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAATG
5' ss Score
5.46
3' ss Seq
GTTCACTTATGTTTTTCCAGGCA
3' ss Score
8.02
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075658=Band_3_cyto=FE(21.0=100)
A:
NA
C2:
PF075658=Band_3_cyto=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: