GgaINT0081594 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009925 | MTA3
Description
metastasis associated 1 family, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23784]
Coordinates
chr3:23350282-23355835:+
Coord C1 exon
chr3:23350282-23350470
Coord A exon
chr3:23350471-23355760
Coord C2 exon
chr3:23355761-23355835
Length
5290 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTTGTAAGT
5' ss Score
7.4
3' ss Seq
GTTTGTAACATGTTTTTCAGCTC
3' ss Score
6.37
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCATGCAATGGATACGTTGCATAAACATAACTATGATTTGAGCAGTGCCATCAGTGTCCTAGTGCCACTTGGAGGACCTGTCTTGTGTAGAGATGAAATGGAAGAATGGTCAGCATCAGAAGCTAGTTTGTTTGAAGAGGCATTGGAAAAATATGGAAAGGACTTCAATGATATTCGACAAGACTTT
Seq A exon
GTAAGTACTGAAATAGATTACTTCTTTATTACTGTGACGCAGGTGAGCGTAACTACTTTCTGTAGGTTTTAAAGATTAGCTGGAGGATAAAATCGTGCAGTTAATATATGTAATTAATGTGTATGTTTTATCTACATGAAAGTAAATATTCTCTCTTGTTTGGAATTCTTCAGAAAGGTGTTGGCAGAAGATAATCCCCTGGCTAGATAAAGCATCTCATATGGAAATGTGTTTTGTTCAAGAATTTTACAAGGATCTTACAAAGATTTGTAAAAGCTCCAGAAGATTTTCAGAATTTCTTCACAATTTTGTGTGGAATTTATTAGATAGAAGAGTAAAGCATATAAGTGCTTTTGGACTCTGAGGTTCCTTTCTATGGGTAGCAGAGATAAAATCATATTCAGATAGCTTTCAAGTCCACTATAGCGAGTAACTTTGACATACCAGATATTTTGGCATTTCTAAGAAGTTTTCCAATACCTTCTGAATAGAGTTTTGTTTTGTTTTTTGTATAATTAAGCATCAGACTATAGGACAGCAAAGCTTTAATTTGCAGCATTCTACTGCTGAGTAATGAAATGAAATGAATTCTGACCCTGATTGCTGAAATTGTTAGTGATTTGTTTACAATTTTTTTCTTGCATGTTTCTTGAAGAATCTTCTTTTCAAGAAAAAGTATTTCCTTTGCTGTACTAAATTGTTCAAATTGGGTTTTGTGAAAAGGGTTAGGATATAAGCAAAAAAAAATTTTTAAAGGTTCAATTTAAGATTGAAGCTGAATGAAACATTTTCATGGCAATTTCAGTCTGAGAATTCAAATTTTACTTTTCTTTGTAGATGTTACTAATCACTTTTGGAAAGGAAAAGTGGTACTATGTAGTACAGTGTAGAAGTCCTTCTAAGTTAGTGTGTGGGACACTGGGAGGAGGCTAGGCACTAAGCTGTGCTGGAATGAAACAGATAATTGAATAAAAGTGGGAAGGGAAGGCTGTTGTTTTTCTTAAGAGCTGACATTTTAACAGGTGTATTATATGTGCATGCTTAATTCCCTGATTTCTAAGGGAGAAAATTAACTGTGTTTATCACATGAAGTTGAAAATTGCGTTGTGGACGAAAGAGCTCTCTTAAATTTGAGAAAATATGAGTGGAAAGGAGTTATAGAGAATTCTAGAACCTAAATCAATGTAAATTACATTTGGTTGTTAATTATCGTGCAGATAAATGGGACCTAAGCTGTAATTGTAGAGTAGCTGACTAGCTATGACTTCTAACTGAATGTCTTCTAATGCATAGTATTTGGCTCAGGCATCTACCATGCATTTTATGTGCTGTTTACAAGTTATGCCCTAATGCAACTTGTGAGCAAGGAAATCTAAGCCTTTTCTCTGTTATTTATGGAAAAGAAACTTCTATATAATTTTAATGTGTTATTACATGTAGTTAAATTCTGTTGATGTGCATATGTTAAATTGATACAGTAGAAGAATATGTTGCAGAAATAGCTTTTTCTTGTCTTAGTGTTCAAATATAGCTACTTTAGTGAGTTTTGAAGCTATTTAAAATAGCTTAAGATCTACCTGAATTTTTTCTCAGGTAGATATTTCCCAGTGCCCTTCCTCTTTCATCGAATATTAGTTCCCAAAGCACGGATGCGGATGCTTTATTTTCCCTTGCCTTTCTCCCAGACTGTGAGAGATCTAATGATAGGGTTACATAGCCTAAAGAGGGCACATAAATGATTAGCCTGAGTAGAGCAGAAATGAATATGGGATAGTAATCAAGTACAGTCCCTTAGTTAAAACAAGGATGTTATCTATCCTTGGTCACTTTTCTTTTAACCTTTGGAAAAATGACATGCCATCATTAAAGCACCATTAGAAGAAGATCTATTTTACATATTATTTCATACATTGTTGGTAACAGTTCGCATAACCTTGAGGTAAAATTTATGTAACTTGGAAGCTCTCCACTGCATTAATCATGTAATCTTGTGAGATACCTAAATTTCTCCAAAGTGAAAGTTATATATTTTCACTGGCTTTGTAATACTCTAAAGTTGAAGAGTGTTGAAAACAAGCCTTTATTTTCAAGTAATCGTCTAAAATAGACCTTCAAGATTTAGGTTGTGAATAATATGAGAAGACTCTGCATGCTGAGATAGCTGTACATTTCCAGTGCTCAGCAGTTAATTATTCGTTAGAATACTTTTATCGATTATCAGTTATCATACCTTGTAAGTTAGTCTTATATATGTGGGAAAAGCCTAGACAAAAGTTAATACACTGCTAGTCTGTGTGCTAACTTGTTTCAGCACCCATTTTGTATCTAATCCAATGCTGTCTGAGAACTTGAACCCCTAAGCAGCTTAGTTAGCATTGTGGTGCCACTGTGCAGGCAAGACTGTCCTGGAGTTGGTAGCAACACTGTGAAGAAGAGGGTTATGCCATACCCTTTTGAGTCGTTACATGCCAGAGGAGTTGTCTTCTGAATCAGCCCGGGTTTACAAGACAAGATGAAATTGCAACCCTTATATTATAGTTCTCTAAAGGGCAGGCTCATTTACTTTCCAGCAATTAGTAGGAACCAGCACTGTTTGACATTAAAGTTGCAGCTCAAACTGTGTGCTATAAACATTAAATATTAGGAAGCAAAATAATTATTATAAATTAAATGGTATAAAGGAGTTTACCTTTTTTAATAGACAGGAGCAGCTCATTTGTTATCAAATTACAGTCTAGTCTTTGAATAATCATTTTCATGTGCTGTTGACTCATCAACTGTTAAAGGAGCTCATTTGTTGAGGTTCTGCTGACTTTAAGGAGCTATGTGAATCCTAATCAACCTAAGACTTTTAACTTAATTAGAATTACTTAATTTTCTTGAATTACTTGAATTACTTCGCATCCCATGGTCGTAAATAGGAAAAGAGTGAATATTTTGTGTTCTCCAAATATATTTTCCTAAACAACATTTTAATTCTTAGTTTTTCATGATCATAATTTTTCACAAATATATGACATTTGTATCTCAAAAACCATGGGAAATGCCTTGAGAATCAAATTCAAACTATTTAAATAAAATAGGAACAAGATTCCAGTATCAGAAAATCATGGAAATATGCTTTTAAGTTAACACATTCATTTTAAAATTACTTATTCCTGTGGTTTTTCATGCTGGTCTGATTCGAGTGATCCATTTTTGCCCTATAGAAAACTCAAGAATCAAAAACTATCTCTTCCTGGTTTTGTACTGCTAACAACTTATTGTTAGTTTTGTCCTGCAAAAATGTCCATAAGGTGGTCATTTCTATGTCTTACAATTAATTTTTTATTATAATTTCATAATGGCAGTACATTATTCTGTATCTGCTTATGGTTTCTGTGGCAGTTAAGAGCAACCTAAGGAAAATTCTTGTGCCTCTACAGTGTGATATCATTTTGATGTGCAAGTAAACAAAATAAAGGCAATTCGTACTCAGTGTGTCAAACAGATTTTCTGGGAAGTGTGACTCTGTGTAAAAAAGGATTATAGTTGTCCAATTCAACCACCTCAATTATCTTTCATTAATTGCAGTTGCCAATTGAGTGAACAAACATAGTCATGTCACAGTCATAGTTGTAGCAGATGGAAGTTTAGAGAAATGGGAAACATATTCTGTGGCATGAATATATTAGTAGGATAAATGTTAAGGAAAGAAAATAGATATTGAGAAGTTAAAATGGACTAGTTGAAAACAGATAGTTAGGGTTTCACCTAGGTGTCGTGAAGTATGCGGACATGCTGAGAAGCAGCTTATTTGTCAACTCACAGCAAAGGTGTGTGTTACTCGCCAGCTTTTTCTTGGGCAGATTTTTCTTAAGGCATCATTTACCTGAGAAAGTAAACGAACTTCAGTAAACTGAATTGTGTAACTGTTTCTTTGCAGCATCAATTTATGTATTGCTGCACTGCTACTTGTTAAATGCAAATAGACAACCTTGCTGTTGTTTGGACCAGAGATTTATACACTGTGGTATACTGTCTGAAAAAGAGGACACAACTGAATCTGAACCACAATCATCTGAAATCAGAAATCATCTGAACCACAAATCTCCTGAAAGTAGAAATGGGAGCCAAACTCAGTTCGTCCGAGTGTCTACAAGCCAGCAGAGTGAGAAACTGGTTGTAAGCTCCTGTACACTGGCAGAGGCAGTTTGATATGGTTTTTCTTCTGCTGCTTTCAAGAAGGCTAAGGAAGTTATTTTTTTTATCTTAGGACATGGAGAAAGCCCCTAAAGTCAAATAAGTAAGATTACAAAGATAGGTTTTCACAGCAGGCTTATTATTAGCATTCATGCATGCCTCCATAAAATACTGTGCACAAAATACTAATGTCTTTCCAGGTTATAAGTAAAAATTGCATTAAATCTGTATGGGTCGTACTAATTTAAGTAATAGAGAATTGATAGAATTGAATTAGTATTTCTGTGAAGTAGATAATTCAGTATTAATTAGAAATAGCTGCTCTGTGCTTTTTTTCCCATAAACCTAGTCTGTGAATCTGTGATTTTAGCCTCATAGATTTTCACTTTACTGATGAATTTGTGCACCCAAAATTGTTAAGAAGGTCATAATAATAATATTTAACTACTCTGATCTTGCTCAGAAATTTTTGTGAAGTACTCTGTGTCAGTTTTGCTTTTATTGTGATTTGTCACTTGAATCCTTTTGTTTGGTGCTTAATGGTTGAGTACGTAGAGGTTGATGCAGAACCAGCAGTATTAGAAGAGCACCTGAGTTGCTATGGGACTTGAAAAACCTGTGAATTAAGTACTACAACCAGTGTATTTTTGTCTTATTTACTGTAAAACTATTATGAGACTTCAATGCAGTTATGTCAAGGTGATTTATTTTAGTCCTGATATCATTCTTAATCTGATGATTAATAACAGAGATTTAACTTTGTTTTAACTTTTTAAAACAAAGTTTTTTGTAACTTAACTTTTGTAAACCTGATGCACCTGCTTTTATTTTCGTCATTTAGTTTAAGTGTCTGGCTTACACATCCAAATCCATATGTCATTTATTTCATTTAATATCGATGCAATTCTGCATCTTTGTTAATTATAAAGAAAGATTGCTGGTGTTAGCAGTACATGCATTTATATGCATATGGATTTTTAAGGTAGGTATTTAATGCATATACATTTTAAAATTTCTATATAAGCTATATGTGATTTTAACACGTGTTGAATAAAATGTGAACACTGCAATTTCTTGGAACTACTTCAGTTTGTAACATGTTTTTCAG
Seq C2 exon
CTCCCTTGGAAGTCGCTGACTAGTATCATTGAATATTACTACATGTGGAAAACTACTGACAGATATGTGCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009925:ENSGALT00000016137:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.000 A=NA C2=0.067
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0024926=Myb_DNA-binding=PU(61.7=46.0)
A:
NA
C2:
PF0024926=Myb_DNA-binding=PD(34.0=64.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]