HsaINT0105871 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000057935 | MTA3
Description
metastasis associated 1 family, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:23784]
Coordinates
chr2:42909541-42922979:+
Coord C1 exon
chr2:42909541-42909729
Coord A exon
chr2:42909730-42922904
Coord C2 exon
chr2:42922905-42922979
Length
13175 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTTGTAAGT
5' ss Score
7.4
3' ss Seq
TTGATTTTTTTTTTTTTCAGCTT
3' ss Score
10.06
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCACGCTATGGATACATTGTATAGACACAGCTATGATTTGAGCAGTGCCATTAGTGTCTTAGTACCACTCGGAGGACCTGTTTTATGCAGAGATGAAATGGAGGAATGGTCAGCCTCTGAAGCTAGCTTATTTGAAGAGGCACTGGAAAAATATGGCAAAGACTTCAATGACATACGGCAAGATTTT
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTCCTTGGAAATCATTGACTAGCATCATTGAATATTATTACATGTGGAAAACTACTGACAGATATGTGCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000057935-MTA3:NM_020744:9
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.057 A=NA C2=0.149
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0024926=Myb_DNA-binding=PU(61.7=46.0)
A:
NA
C2:
PF0024926=Myb_DNA-binding=PD(34.0=64.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)