GgaINT0086968 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009877 | KCNH1
Description
NA
Coordinates
chr3:23581047-23650208:+
Coord C1 exon
chr3:23581047-23581243
Coord A exon
chr3:23581244-23649359
Coord C2 exon
chr3:23649360-23650208
Length
68116 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGT
5' ss Score
9.35
3' ss Seq
AAATCTCTTTCCCCCTGTAGATT
3' ss Score
9.72
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
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A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]