GgaINT0088314 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016330 | ANGPT2
Description
NA
Coordinates
chr3:91403679-91426825:+
Coord C1 exon
chr3:91403679-91403957
Coord A exon
chr3:91403958-91426669
Coord C2 exon
chr3:91426670-91426825
Length
22712 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGGGA
5' ss Score
6.03
3' ss Seq
TTTTTTCCTTTCCCATGTAGCTT
3' ss Score
10.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016330:ENSGALT00000026341:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.038 A=NA C2=0.096
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF041569=IncA=PU(38.8=83.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]